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清圣祖康熙十二年（1673 年），康熙帝力排众议，下令削藩。同年十二月，平西王吴三桂自恃兵强，悍然叛乱。清初，清廷任王辅臣为陕西提督，驻守平凉。康熙十四年（1675 年）年初，王辅臣接受吴三桂“平远大将军印”，陈彭、定边副将朱龙分别被封为巡抚和招抚总兵。三月，王辅臣派总兵李国良等领兵 8000 余人，分别攻占定边、靖边、花马池、惠安堡、韦州等地，并进攻灵州和兴武营，今宁夏南部和东部，均沦为“三藩”叛乱势力范围，战祸殃及今红寺堡地区。此时，清廷提升宁夏总兵陈福为陕西提督，驻兵宁夏灵武，陈福遂率军抵御王辅臣叛军，并在甘肃提督张勇、左都督孙思克和都督同知王进宝等将领率军配合下，各地平叛进展顺利，先后收复花马池、惠安堡、韦州等地，斩叛将朱龙、倪五等人。
康熙十四年八月，陈福疏报，与副将泰必图统领官兵，前赴平远，“击败贼众，擒斩伪官二十二员，贼兵二千有余，获器械等物无算”。十月，陈福和副将泰必图率兵南下攻固原，遭到叛军死守顽抗，攻城一月未克，泰必图战死，清军旋即退保灵州。其间，贝勒洞鄂等率领清军进击平凉，要求陈福南下配合。十二月，提督陈福为先解除中途遭受袭击之危，再度发兵进攻固原。因寒天飞雪，将士非常劳苦，加之前次进攻固原失败，军中士气低落，大部士兵不愿出征，陈福强令军队进驻惠安堡。
康熙十四年十二月二十二深夜，宁夏参将熊虎、刘德等鼓噪而起，清军发生兵变，杀死陈福。陈福被杀后，清廷认为宁夏已全部叛归王辅臣，准备发兵清剿。其间，时任天津总兵、宁夏籍将领赵良栋竭力辩解，担保宁夏不会叛乱。康熙十一年（1672 年）十一月，赵良栋从大同调任直隶天津总兵官。康熙十二年二月，甘肃提督张勇上疏：“天津总兵官赵良栋向随臣征剿，著有功绩，精明历练，才略过人，臣所深悉，请调补宁夏总兵敕由边路兼程速赴。”康熙帝谕：“宁夏腹地，职任宜重，其总兵官缺，著改为提督，即以赵良栋升补，令其兼程速赴。”又谕曰：“赵良栋抵宁夏之日，一切军务机宜，着塔拉笃祜（满旗驻宁夏官员）等，俱与赵良栋会商行事。”并谕兵部：“赐新授宁夏提督赵良栋鞍马、弓矢、甲胄及貂衣一袭，白金五百两，并御馔一筵赐之。”康熙十五年（1676 年）五月，宁夏提督赵良栋，由天津驰返宁夏，宣布清廷安抚之意，捕杀了熊虎、刘德、阎国贤、陈进忠等，散其党羽，其余兵士未受牵连，并招抚河东二十余，很快安定秩序，制止了叛乱势力的蔓延。同时，清廷加强军事控制，调塔拉笃祜领蒙古土默特兵驻防灵州、定边等地，又以都统毕力克图为平远将军，统辖驻守宁夏的满、蒙八旗兵。是年三月，王辅臣派平凉总兵陈甲率步骑 1.5 万余人，再度围攻灵州（今灵武市），被清副都统恰塔等率兵击败。五月，宁夏河东诸堡叛军相继投降。同月，八旗将领、抚远大将军图海统领蒙、满、汉大军，于平凉城北虎山墩击溃叛军。六月十五日，王辅臣领固原巡抚陈彭、周杨名等叛将率众向清军投降，红寺堡地区与西北地区社会秩序渐趋安定。
《平远县志》
清初，清廷撤销明代藩王王府牧场。不久，在下马关设置参将，先后有 8 名参将镇守。韦州、同心为宁夏府之灵州属地，今红寺堡地区得到一定的开发。但清廷重视武装控制人民，忽略地方和文化建设，造成驻军过多，带兵武将集中。北有宁夏将军率八旗军驻满营、宁夏镇总兵驻府城，南有陕西提督驻固原，灵州、韦州等中间地区驻扎中下级武将更多。由于整个宁夏处于“腹地”战略后方，战事较少。
清末，官腐吏贪，官逼民反。西北回民起义爆发。同治十三年十月己丑（1874年 11 月 28 日），清廷在镇压金积堡回民反清运动后，穆宗从总督左宗棠之请，“以平（凉）、宁（夏）之间，土地辽阔，宜建置”（《光绪平远县志》），在平远所下马关设置平远县。下辖在城里（今下马关镇）、豫旺堡里（今预旺镇）、毛居士井堡里（今甘肃环县毛井）、元城子里（今甘肃环县元城子）、白马堡里（今甘肃环县白马堡）、可可水里（今同心县王团镇张二水）、夹道堡里（今同心县王团镇）、同心城和韦州城。平远县仍隶固原直隶州统辖，红寺堡地区属于平远县管辖。平远县位于灵州与固原之间，“幅员割之盐、固、灵州地”，平远建县可谓意义重大。