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新中国成立以来，中医儿科学科在小儿温病防治方面取得了显著的成绩。随着社会经济的发展，在“预防为主，防治结合”的卫生工作方针指引下，围生期保健工作不断加强，免疫接种覆盖率逐年提高，天花早被消灭，脊髓灰质炎已接近被消灭，流行性乙型脑炎、麻疹、白喉、百日咳和新生儿破伤风等的发病率明显下降，儿科疾病谱从古代的“痧、痘、惊、疳”四大证已发生明显的改变，小儿传染病的发病率、病死率总体显著降低。但是，传染病的病死率仍然占儿童病死率的相当比例，同时，在一些原有传染病减少的情况下，另一些疾病仍然在儿童中高发和造成流行，新的传染病还不断发生和流行，其中有的病种的危害性更甚于传统的传染病，有的疾病的治疗难度甚于以往的温病。中医药秉承几千年防治传染病的丰厚积淀，面对新型传染病，以中医药理论认识、中医药方法防治，继续显示出了自己的特色和优势，也使中医儿科温病学的理论和实践体系不断充实和发展。
1954年石家庄地区流行性乙型脑炎流行，郭可明中医师运用温病学理论分析本病为外感毒邪，暑病与瘟疫并至，燥热伤阴，采用“清热，解毒，养阴”的治法，以白虎汤和清瘟败毒饮为主方，治疗34例患者，治愈率100%，得到卫生部表彰，其经验在全国推广。此后，全国各地中医工作者积极参与了当时每年流行的流行性乙型脑炎救治工作。江育仁教授在121例急性期乙脑和135例恢复期、后遗症期乙脑治疗的实践中，提出本病以发热、昏迷、抽搐为主症，可以归纳为“热”“痰”“风”三大证，采用热、痰、风的辨证方法，不仅可以用于本病初热期、极期补充卫、气、营、血辨证的不足，还可以用于指导恢复期、后遗症期的辨证治疗。他运用这一理论为指导救治患儿，与同期使用其他疗法相比，取得了较高的疗效，降低了病死率，减少了后遗症，1966年由国家科学技术委员会以《研究报告》形式向全国推广。
20世纪70年代之前，麻疹是儿科发病率最高的急性传染病之一，位居四大要证之首，麻疹三大合并症肺炎、喉炎、脑炎在当年儿科住院患者中占第一位，其中麻疹肺炎又是最为多见的逆证，是导致麻疹患儿死亡最常见的原因之一。关于麻疹肺炎的分类，开始各地缺乏统一的认识。江育仁教授在1960年就通过591例麻疹肺炎中西医结合的临床治疗观察，提出本病可分为肺闭型、毒热型、内陷型、虚脱型、虚弱型五个主要证型，并分型论治立法选方。于1964年11月卫生部麻疹肺炎经验交流会上做了交流，以之为基础制订了“中医治疗麻疹合并肺炎临床分型诊治草案”，发表于《中医杂志》1965年第一期，成为麻疹肺炎诊断标准、分型证治、疗效标准的中医药规范化方案。
1996年开始的小儿病毒性肺炎研究，开启了中医儿科急性感染性疾病多中心、大样本、随机、对照临床研究的新时期。南京中医药大学汪受传团队通过四中心480例住院患儿的调查分析，提出了小儿肺炎从热、郁、痰、瘀论治的学术观点；通过江苏省社会发展计划3中心147例和“十五”国家科技攻关计划4中心360例的临床观察，证实清肺口服液治疗肺炎喘嗽痰热闭肺证有效性、安全性均优于对照药利巴韦林注射液（ P ＜0.01）。在第二项“十五”国家科技攻关计划5中心的临床研究中，清开灵注射液静滴与儿童清肺口服液口服联用中成药组108例，利巴韦林注射液静滴与复方愈创木酚磺酸钾口服液口服联用西药组98例，治疗小儿呼吸道合胞病毒性肺炎痰热闭肺证，中成药组综合疗效、主症疗效起效时间均显著优于西药组（ P ＜0.05），安全性、经济性亦好于对照组。
在新冠病毒（2019-nCoV）疫情期间，武汉及全国多省市的中医儿科专家积极参与，救治新型冠状病毒肺炎患儿。作为儿童新冠肺炎定点医院的武汉市儿童医院中西医结合科认为：本病发病急骤，传染性强，具有湿毒特性，主要病位在肺脾二脏。可分期辨证治疗：①急性期：疫毒犯表证，治以宣肺解表、解毒除湿，偏寒者三拗汤合香苏散加减、偏热者麻黄杏仁薏苡甘草汤合银翘散加减。疫阻中焦证，治以宣肺透邪、化湿和中，三拗汤合藿香正气散加减。疫毒郁肺证，治以宣肺透邪、清热利湿，三拗汤合三仁汤加减，咳嗽喘息明显者加苏葶定喘丸。疫毒闭肺证，治以清肺开闭、解毒利湿，麻黄杏仁甘草石膏汤合甘露消毒丹加减，或三黄石膏汤合大青龙汤加减。内闭外脱证，治以开闭固脱、解毒救逆，参附汤合生脉饮加减。②恢复期：肺脾气虚证，治以补肺健脾，六君子汤加减或玉屏风散合二陈汤加减。气阴两虚证，治以益气养阴、清除余邪，生脉饮或沙参麦冬汤加减。另外，江苏、山东、北京、辽宁、广西等多省市的中医儿科专家积极参与了新型冠状病毒肺炎防治方案的制订，指导了本地的防疫工作。中国科学院上海药物研究所和上海科技大学免疫化学研究所抗2019-nCoV病毒感染联合应急攻关团队，综合利用虚拟筛选和酶学测试相结合的策略，发现植物药活性成分虎杖苷和脱氧土大黄苷等可能对病毒有抑制作用。南京中医药大学儿科团队通过网络药理学和分子对接法探寻了清肺口服液、清宣止咳颗粒等中成药治疗儿童新冠肺炎的活性化合物，为进一步研究打下了良好的基础。
手足口病最早于1957年由新西兰Seddon描述，我国1981年上海首次报道，此后全国各省市陆续报道。中医药治疗手足口病文献报告首见于1985年，逐步积累了中医药对于手足口病的认识与辨证论治方法。2002年汪受传首先将本病写入《普通高等教育“十五”国家级规划教材·中医儿科学》。经过多年临床研究，提出本病是感受手足口病时邪引起的急性出疹性传染病，病因为湿热邪毒，轻证可分为邪犯肺脾证、湿热毒盛证，以清热祛湿解毒为基本治法；重症病例发生脑膜炎、脑炎、脑脊髓炎、肺水肿、循环障碍等严重合并症，属于中医学变证，可分为邪陷心肝证、邪毒侵心证、邪伤心肺证、湿毒伤络证，分别以清热解毒、利湿化湿为基本治法，配伍息风开窍、宁心通络、泻肺逐水、活血通络等治法。建立了手足口病中医药辨证治疗规范。
近30多年来，流行性乙型脑炎发病率显著下降，但其他病毒性脑炎如流行性腮腺炎脑炎、手足口病脑炎等仍时有流行。各地采用治疗流行性乙型脑炎的经验治疗病毒性脑炎同样取得良好的效果，并有采用中成药治疗病毒性脑炎的研究总结。如李志山教授团队采用清开灵注射液静脉滴注，必要时随证加用羚羊角粉、安宫牛黄丸、紫雪、醒脑静注射液、猴枣散，对照组用利巴韦林注射液等，对于脑水肿、高热、惊厥等的对症处理两组相同。同期治疗试验组81例、对照组30例，共111例。治疗结果，试验组疗效、疗程均显著优于对照组（ P ＜0.01）。
经过大量的临床积累，在国家中医药管理局组织下，数百位海内外中医及中西医儿科专家参与，2012年7月出版的《中医儿科常见病诊疗指南》，由中华中医药学会颁布实施了麻疹、风疹、水痘、手足口病、流行性腮腺炎、流行性乙型脑炎、小儿艾滋病、皮肤黏膜淋巴结综合征等小儿温病的临床诊疗指南。通过2014年中医药部门公共卫生服务补助资金中医药标准制修订项目，又修订了水痘、流行性腮腺炎、手足口病临床诊疗指南，制订了小儿细菌性痢疾临床诊疗指南，2020年纳入《中医儿科临床诊疗指南》出版。这些小儿温病诊疗指南作为全国性团体标准发布实施，对于规范小儿温病中医临床诊断治疗，推进其标准化、国际化发挥了积极作用。
几十年来的临床研究，为在现代条件下发挥中医、中西医结合治疗小儿温病的特色和优势积累了大量的资料。中医药不仅能治病毒感染性疾病，也能治细菌感染性疾病，而对于疾病的治疗效果，不能仅用抗菌、抗病毒的作用简单理解，还有在中医学整体观点的理论指导下辨证论治、处方用药所产生的发表、清热、解毒、调气、理血、止咳、化痰、平喘、止痉、醒脑、温阳、益气、养阴等等作用所产生的多靶点效应。这些作用不单在临床症状改善方面得到体现，并且通过临床检验、模型动物和细胞的实验研究得到证实。
70多年来，随着临床检验技术、病理学等的发展，对于古代只能“司外揣内”认识的若干温病，如麻疹、丹痧、顿咳、各种病毒性脑炎与细菌性脑膜炎等的病因病理、临床演变规律等有了更清楚的认识，也带来了中医药对这些疾病认识的深入和临床治疗方法规范化方案的产生。而对于另一些现代临床新出现的温病，如手足口病、艾滋病、皮肤黏膜淋巴结综合征、各种新型病毒性疾病等的发生和流行，应用中医理论分析其病因病机，采用中医药方法辨证治疗，取得良好的临床疗效，扩大了中医儿科应用范围，提高了相关疾病的治疗水平。小儿温病学科在现代取得了历史上从未有过的高速度、高质量发展。
为适应临床需要，在充分应用传统丸、散、膏、丹于小儿温病的同时，应用现代制剂技术，开发生产了一大批新的中成药应用于临床。如小儿豉翘清热颗粒、金莲清热泡腾片、黄栀花口服液、连花清瘟颗粒、双黄连口服液、蒲地蓝消炎口服液、喉咽清口服液、板蓝根颗粒、清宣止咳颗粒、麻杏甘石合剂、儿童清肺口服液、葛根芩连口服液、生脉饮口服液、清开灵注射液、热毒宁注射液、痰热清注射液、喜炎平注射液、醒脑静注射液等等。这些新型中成药上市，方便了儿科临床应用，大大促进了中成药在小儿温病的推广使用。
伴随着临床实践的积累，关于小儿温病的新理论、新观点也不断产生。如江育仁教授“流行性乙型脑炎从热痰风论治”，汪受传教授“清瘟解毒法论治儿童流行性感冒”“流行性脑脊髓膜炎从卫气营血、肝经邪火论治”“从热郁痰瘀论治小儿肺炎”，俞景茂教授主编《儿科各家学说及应用》阐述胎毒学说、寒凉学说、温阳学说等在小儿温病中的应用，丁樱教授将温病学理论运用于肾病、从风热湿毒瘀论治小儿过敏性紫癜及过敏性紫癜性肾炎等等。