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时疫邪气从口鼻而入，郁闭肺气，中焦受困，累及脾胃、大肠，甚则全身，传变迅速。正如吴鞠通《温病条辨》所载：“温病由口鼻而入，自上而下，鼻通于肺。肺者，皮毛之合也。”无论是危重症患者还是轻症患者，不管舌苔偏黄还是偏白，总体呈现厚腻腐苔，湿浊之象非常重。疫疠之邪夹湿是本病的主要病理因素。“湿浊疠气”与寒相合，犯于肺气，伤及脾阳，运化失常，三焦失司。临证表现，在上焦则胸满憋闷；在中焦则脘痞不食，恶心呕吐；在下焦则小便清长，便溏，舌淡苔白脉沉细。“湿浊疠气”与热相合，造成湿热疠邪壅遏肺气，肺失宣肃，进而郁闭阳明，化火化毒。临证表现，在上焦则肺气郁闭，咳痰喘促；在中焦则阳明火毒，腑实不通；在下焦则湿热，小便色黄。
总之，该病的病因病机为“湿浊疠气”从口鼻皮毛而入，犯于肺，伤及脾，波及五脏六腑，导致卫气郁闭不通，上、中、下三焦失司，气机升降失常，血脉瘀滞不通，阴阳失调格拒。