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余杭良渚遗址群，位于杭州市北郊，地跨余杭区的良渚、瓶窑、安溪三镇，1994年经计算机测算实际面积为33.8平方千米。1936年，施昕更先生最先调查和发掘良渚遗址12处，其中9处在他的家乡良渚镇。1959年，夏鼐先生命名了良渚文化。1981年年底至1982年年初，浙江省文物考古研究所在良渚遗址群周围地区发现史前遗址20余处。1986年发掘反山遗址，面积约660平方米，并清理良渚文化显贵大墓11座，出土玉、石、陶、象牙、嵌玉漆器等珍贵文物1200余件（组）。占随葬品多数的玉器种类丰富，制作精良，雕琢大量神人兽面纹。反山墓地是迄今为止等级最高的良渚文化显贵墓地，堪称“王陵”。
1987年开始发掘瑶山遗址，发现良渚文化高等级祭坛1座，祭坛依托自然山体人工堆筑，方形呈梯级状向上收缩，顶面以灰土围沟分成内外三重。祭坛顶面南部清理良渚文化显贵墓葬12座，其墓葬规模、随葬品种类和精致程度接近反山墓地。1991年发掘汇观山遗址，揭露面积逾1600平方米，发现良渚时期覆斗状方形祭坛1座，其结构和规模与瑶山相似，祭坛西南部清理残存的良渚显贵墓葬4座，其中M4墓坑超大，棺椁齐备，玉器器种较全，石钺达48件。1998年4月至1999年1月，再次对良渚遗址群进行普查，新增遗址一倍，遗址群内的遗址数量达到100多处。根据最新的调查资料，遗址数量又有增加，遗址群的范围有所扩大。比较重要的遗址有吴家埠、反山、瑶山、汇观山、莫角山、庙前等。
2006—2007年，发现、确认了良渚古城，开启良渚文化都邑考古的新阶段。2009—2015年，确认了岗公岭、鲤鱼山等10条水坝遗址，与塘山遗址一起构成中国最早的水利系统。良渚遗址范围由此扩大到100平方千米。
经过多年不间断的考古勘探、调查和发掘，对良渚古城的结构布局和格局演变得出一个基本认识：良渚古城的核心区可分三重，最中心为莫角山宫殿区，其外分别为内城和外城，堆筑高度由内而外逐次降低，显示出明显的等级差异。
2006年发现的良渚古城，位于瓶窑镇的东面，即今东苕溪的东南岸。古城的南面和北面都是天目山脉的支脉，西面是以瓶窑窑山为主的一组小山。后陆续对良渚古城内外约10平方千米的范围进行了详细的考古钻探，初步明确了古城内外的遗址布局、水系环境以及城墙的分布情况。
良渚古城略呈圆角长方形，正南北方向，南北长约1910米、东西宽约1770米，总面积达300多万平方米。古城城墙充分利用自然地势夯筑而成。在城墙设计选址时，有意将凤山和雉山两座自然石山作为城墙的西南角和东北角，北城墙西端也利用了原来的黄泥山作为墙体的一部分，进行裁弯取直。城墙宽20—145米。保存最好的北城墙部分地段高约4米；其他地段多呈断续台地状态保存，一般残高2米多；西墙北段由于靠近东苕溪，早年修筑大堤时被取土挖掉，残高约0.3米。城墙内外均有护城河，水路为主要交通方式。
良渚古城共有8座水城门，每面城墙各2座；在南城墙的中部还发现1座陆路城门。城墙由主体和内外马面以及护坡组成，共发现内马面25处，外马面27处。墙体主体底部普遍铺垫石块，大部分马面底部也同样铺垫石块。经勘探和发掘，北城墙、东城墙、南城墙、西城墙形制相同，墙体均由取自山上的黄色黏土分层夯筑而成，城墙内外均发现有良渚文化晚期地层堆积。
城内中心区域为莫角山宫殿基址，占据了古城1/10的面积。江家山、皇坟山、桑树头（双池头）等人工堆筑的高台为城内重要的建筑基址。位于莫角山遗址西北部的反山遗址为王和贵族的墓地。
莫角山遗址位于古城中心，整体由古尚顶（当地人称莫角山为古尚顶）土台和上面的三个小土台大莫角山、小莫角山和乌龟山组成。古尚顶土台整体呈长方形覆斗状，台体底面东西长约630米、南北宽约450米，顶面东西长约590米、南北宽约415米，顶面积约28万平方米。莫角山是具有宫殿等级建筑的基础。在良渚古城所有遗址中，莫角山以其超大的规模、庞大的体量成为最瞩目的中心遗址。莫角山遗址于1987年被确认，并于1987年大面积揭露，发现数万平方米考究的人工夯筑基址，并清理出数排大型柱洞，表明遗址上曾有极高规格的建筑群矗立过，是遗址群内的中心遗址。2010—2013年，考古工作者对莫角山遗址进行了基础性钻探，对遗址的堆筑过程和堆筑范围有了基本的了解。现在地面上可以看到的东西长约670米、南北宽约450米、高约10米的形态规范的莫角山遗址，当初它的西半部是利用了一座自然的小山，这使人们更精确地认识这一大型遗址营建时的工程量。莫角山堆筑时，底部用青淤泥，上半部用黄色黏土，中部则有大面积的沙层。宫殿的基础高台应该是在短时期内堆建起来的，因为十几米的高台中土层之间并没有间歇的现象。
对良渚古城城内宫殿区的钻探和解剖发掘显示，良渚人在规划修筑城墙的同时，对城内也进行了统一的规划和建设。靠近城内的西侧与南侧原来有几座断续相连的小山丘，即现在的江家山、桑树头、皇坟山。江家山的北面原来有一片水面和浅滩，与西北面的内城河相连，形成一个小小的港湾；江家山的南面也有一块低洼地通向西面的内城河；江家山东面的山坡下连着一片湿地，向东一直延伸出800多米，然后是一条连通南北的小河。这片位于城中心的平地正是修建宫殿区的理想位置，且江家山南北的水系还可以作为运输的码头。
1987年在遗址东南部揭露出大型坑状烧土遗存的西半部，大量的人工烧土残块夹杂于烧土灰烬之中，斜势向内层层积淀，考古人员推测这是一次进行大型政治性或宗教性活动后留下的遗存。1993年又在遗址北部两个发掘区揭露出1000多平方米的夯土建筑基址，这一基址由细腻的黏土和经过筛选的沙土相间夯成，夯窝明显，夯层多达13层，最厚处达0.5米。根据调查钻探资料，这一建筑基址的总面积超过3万平方米。基址还发现3排大型柱洞，表明在这片基址上有过大型建筑。如果确认遗址平台上的3处土丘是良渚时期的遗存，那么它们应该是这一建筑群的主体建筑。经过多次调查和钻探，进一步发现遗址边缘有夯筑的迹象，一些学者认为这就是台城的佐证。莫角山如此丰富的内涵中透露着独一无二和至高无上的权威，称作“王城”并不为过，它无疑是良渚时期金字塔型社会结构中最高权力的物化形态。
在良渚古城内，规模宏大的莫角山遗址东西长约670米，南北宽约450米，总面积约30万平方米。1993年经浙江省文物考古研究所发掘证实，这是一处人工堆筑厚度可达10余米的超巨型礼制性建筑基址，面积约30万平方米。在莫角山遗址上，还有3个人工堆筑的土墩，呈三足鼎立之势。南为乌龟山，面积约300平方米，高5米；北名小莫角山，面积约1500平方米，高4.5米；东谓大莫角山，面积约1200平方米，高4米。考古推断为宫殿（或宗庙性质的大型礼制性建筑）基址。