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人类属于杂食动物，所以胃肠道功能很强大，既能消化肉食又能消化素食。通过口腔的咀嚼和胃肠道的蠕动与消化，能有效地吸收糖分、脂肪和蛋白质等，将之混合成均衡的营养素，并将它们转化成人体自身需要的糖类、蛋白质、脂肪和微量元素等。
食物经过口腔的咀嚼，被切割和研磨成碎片，同时与口腔内的唾液充分搅拌混合，唾液中的一些酶能消化其中的部分碳水化合物（糖类），生成有甜味的单糖等。大家可以感觉到咀嚼米饭的时间长一些，就会产生甜味，这就是唾液酶的作用。口腔内混合湿润的食物（食糜）很容易通过咽喉部，同时借助较长的食管肌肉的收缩和舒张作用，将食物（食糜）推进胃腔。不同食物在胃内滞留的时间不同，一般需要1~2小时。通过胃部肌肉的收缩，可将食物进一步与胃酸和消化液充分混合，进而有助于消化。
经胃部作用后的食糜，通过胃的收缩蠕动，被推送到小肠。人体的小肠一般长3米左右，可通过小肠的作用将食物中的营养消化吸收完全。在食物的消化过程中，胰腺和小肠分泌的消化酶起到最重要的作用。肉类如猪肉、鸡肉和鱼肉中的蛋白质被分解成短链氨基酸，并最终分解成为单个氨基酸而在小肠内被吸收，进而经过一系列复杂的生化反应后被转换成身体的一部分。而淀粉类食物，如大米、面包、红薯、土豆等，逐渐被消化分解成简单的糖，进而被吸收。糖类被吸收后主要用于各种活动时的能量消耗，但剩余的糖会转化成氨基酸和脂肪用来储存能量。而脂肪不同于糖类，其自身不能溶解在水中，所以消化起来比较复杂。此时肝脏分泌的胆汁就发挥了重要作用，它通过胆道排入肠道后与脂肪结合，进而把脂肪分解成脂肪酸和甘油三酯后被吸收进入人体。脂肪被分解吸收后，胆汁中的胆汁酸在小肠末端，也就是回肠最后一部分中被重吸收，再进入肝脏合成胆汁，这种循环在进食时消化脂肪中起到重要作用。食物中不能被消化的部分如纤维素，或没有得到有效消化的糖类、脂肪等，就直接被排入大肠。原来人们认为大肠在消化道中并不特别重要，只是吸收水分，有利于排出成型的大便。但其实事情并不是那么简单，相较于有大量消化酶存在而相对无菌的小肠，大肠中存在大量不同种类的细菌。在每克大便中就有超过500种、数百万个以上的细菌。通过细菌的新陈代谢，能辅助消化吸收一些营养成分如短链脂肪酸、B族维生素、维生素K等，同时处理一些潜在的对机体有害的物质，如一些致癌物，通过细菌的作用将其分解。并且肠道菌群的紊乱也会引起一系列的代谢性疾病，炎症性肠病也应该包括在其中。
小肠传输过来的没有被吸收的消化残余物，通过细菌的作用，在大肠中形成大便，正常成年人一般每天解大便一次。大便在大肠中是通过结肠肌肉的收缩形成蠕动，被运送到直肠，这个过程人自身无法控制。在直肠的最下端存在肛门括约肌，条带状的肌肉形成环状，能控制关闭肛门，不让大便漏出。而排便是一个复杂的过程，需要通过腹部肌肉的收缩加压，使肛门下移，并且盆底肌的收缩使直肠与肛门拉直，同时放松肛门括约肌，让大便顺利通过肛门而被排出。