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目前，有研究者认为炎症性肠病，无论是溃疡性结肠炎还是克罗恩病，最早都是由细菌感染的急性胃肠炎引起。我们曾收治这样一位患者，原来身体很健康，在大学读书时，参加了在火锅店的一次聚餐，结束后所有同学都发生了上吐下泻的急性胃肠炎症状。几天后，除该患者外，其他同学都陆续恢复了健康。而该患者继续腹泻、腹痛，后又发生了肠穿孔，诊断为克罗恩病可能，急诊手术做了肠造口治疗。当然，该患者可能存在炎症性肠病的易感性，而其他同学则没有。所以胃肠道感染后可能会诱发炎症性肠病。也有报道在胃肠道感染后，导致已经缓解很长时间的患者又出现了复发。也有患者在使用抗生素后，炎症性肠病的发作或复发次数都有所增加，可能是因为抗生素的使用破坏了肠道菌群。近期，有报道认为炎症性肠病的发病与冰箱的使用有关，特别是食用冷藏食品后易引起发病。如果这是事实，那么这也应该与致病微生物的感染有关。
顺便介绍一下，伟大的细菌学的奠基人和开拓者罗伯特·科赫（图1），作为19世纪德国著名的微生物学家，他曾明确提出，如果是微生物引起的疾病，应该包括以下几点：每个原发患者中都存在这种细菌；从原发患者中分离出来的病原菌，能够感染其他人；而被感染的其他人中提取的病原微生物，能再次感染原发患者。
图1
毫无疑问，细菌感染是导致炎症性肠病的原因之一，也有证据表明一些明确的细菌可能发挥了重要作用。但到目前为止，还没有发现符合科赫原则的某一种病原微生物是导致炎症性肠病的主要原因。但这并不表示炎症性肠病不是由微生物导致，也有可能是我们尚未发现它们。现在我们知道幽门螺杆菌是导致胃炎和十二指肠溃疡的重要因素，但该细菌直到1983年才被发现并培养出来。在这以前，人们一直认为紧张情绪是引起十二指肠溃疡的主要原因。自从幽门螺杆菌被发现并清除后，十二指肠溃疡就很少发生了。
炎症性肠病也有可能并不是与单一肠道细菌有关，而是机体不能耐受肠道内的正常菌群。我们知道减少肠道菌群的治疗，如抗生素的使用具有一定治疗作用。肠液的组成主要包括食物、肠道分泌物和细菌，其中食物和细菌最容易引起疾病。人们一般认为食物引起的会少些，而最可能是肠道细菌导致疾病。到现在为止，克罗恩病患者肠道内的细菌仅有60%得到精确的鉴定和分类，所以在其他30%～40%的细菌中可能存在着致炎症性肠病的细菌。下面就常见的细菌群做粗略的介绍：
（1）大肠埃希菌：大肠埃希菌能导致胃肠炎，在肠道内也能发现它们的抗原。研究证明，65%的克罗恩病患者的小肠黏膜中可发现这种细菌。但后来又有学者发现大肠埃希菌并不会导致肠组织破坏和引起炎症性肠病。这些仍有待于进一步的研究。
（2）硫酸盐还原菌：大肠中食物残渣通过细菌的作用会产生大量的氢，通过细菌的作用可以把氢转化为甲烷排出体外，也就是俗称“放屁”。而人体内存在的硫酸盐还原菌，能把过量的氢转化成硫化氢。硫化氢是一种有“臭鸡蛋”气味的气体。有很多结肠炎的患者说他们会放很臭的屁。而溃疡性结肠炎患者大便中硫化氢的含量确实要比正常人高4倍。硫化氢具有毒性，所以有研究者认为过量产生硫化氢气体会导致大肠发生炎症。
但到目前为止，并没有明确的溃疡性结肠炎患者中硫酸盐还原菌要比正常人多或更活跃的研究成果；也没有通过减少食物中的含硫饮食，减少硫化氢产生而成功治疗溃疡性结肠炎的案例报道。当然，硫酸盐的代谢还是很重要的，肠道内的另外一些细菌能将硫化氢转化为硫酸盐，防止有害气体的积聚，而这些有害气体是在溃疡性结肠炎中导致炎症的重要因素之一。
（3）副结核分枝杆菌：这种细菌与导致结核病的病原菌相似，能在牛的肠道中引起副结核病。新鲜牛奶中的副结核分枝杆菌无法通过巴氏消毒法被杀死，所以在免疫力低下的患者中容易发生感染，比如艾滋病患者。而患副结核病的牛肠道病变与人类克罗恩病患者相似，故有人认为副结核分枝杆菌也会导致克罗恩病。因为在许多克罗恩病患者肠内分离出的副结核分枝杆菌量高于其他肠道疾病患者。但这并不能说副结核分枝杆菌会导致克罗恩病，也有可能是克罗恩病导致肠道严重损伤而出现的二次污染。因为流行病学研究发现养牛的农场工人发生克罗恩病的比例并不比普通人高。
患者使用抗生素消灭副结核分枝杆菌能改善克罗恩病，但这些抗生素并无特异性，它们也有可能同时作用于其他细菌。总之，目前并无明确证据可以证明是副结核分枝杆菌导致了克罗恩病。
（4）普氏粪杆菌：特殊病原体如沙门杆菌或志贺杆菌的存在能导致疾病。导致炎症性肠病的原因之一可能是保护性的能防止炎症的微生物丢失。在克罗恩病患者肠标本及大便中普氏粪杆菌的含量很低。而这种微生物分泌的化学物质具有抗炎作用。所以，在这类患者中重新注入普氏粪杆菌到正常水平，可能起到一定的治疗作用。但也有相互矛盾性的研究发现，如炎症性肠病治疗效果越好，大便中普氏粪杆菌的含量反而会下降。如果是这样的话，普氏粪杆菌也不是抑制克罗恩病的重要因子了。以上这些结论都还是需要进一步研究并加以证实的。
虽然，我们至今没有发现特异的病原菌，并且只能鉴别出炎症性肠病患者肠道中三分之二的细菌，而在剩余的肠道细菌中曾发现存在大量嗜氧性细菌，而正常健康肠道很少有这类细菌。这些肠道内菌群的不平衡，引起炎症反应，从而导致疾病的发生。但这也不能完全解释病因，因为在肠易激综合征患者肠道内菌群也有类似的变化，而胃肠道黏膜的炎症较少。另外也可能是基因因素参与肠道反应而改变了细菌的新陈代谢。