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在诊断克罗恩病或是溃疡性结肠炎时，还需要排除许多其他原因导致的肠道炎症，其中最常见的是肠道感染，特别是在卫生条件差的地方，常会发生细菌导致的急性胃肠炎。本病通常病程时间比较短，通常经治疗后几天就会痊愈。但如果是因感染结核分枝杆菌或是阿米巴原虫，持续的时间就会比较长。也有部分炎症性肠病的患者会发生急性胃肠炎，如果诊断不明确，就会因为症状相似而被当成是疾病的复发，会进行不恰当的治疗。因此，炎症性肠病患者有复发症状时，对大便进行病原菌的检测就很重要。
本部分结肠炎很复杂，但也少见。首先是显微镜下发现的结肠炎。这类患者存在慢性腹泻，内镜下并不能看到黏膜的炎症性病变，但在显微镜下可发现，并且部分患者可明确显示是克罗恩病或是溃疡性结肠炎。但因为没有特异的炎症表现，所以只能初步诊断为显微镜下结肠炎。具体包括：
（1）淋巴细胞性结肠炎：肠黏膜中可发现过量的淋巴细胞，患者表现为水样泻，伴有少量血便。
（2）胶原蛋白性结肠炎：在表现为慢性炎症的同时，上皮细胞中可发现存在一层胶原蛋白带，临床表现与淋巴细胞性结肠炎相似，会出现水样泻。
（3）嗜酸性粒细胞性结肠炎：在黏膜中发现大量嗜酸性粒细胞。寄生虫常会导致嗜酸性粒细胞增多。患者还需要排除变态反应性疾病，如花粉过敏或哮喘等。
其他器官的一些疾病也会累及大肠，具体包括：
（1）白塞综合征：此病会导致口腔和外生殖器的溃疡，并同时出现眼睛、皮肤和神经系统的炎症，也会出现回肠和盲肠的溃疡，这与克罗恩病很相似。
（2）缺血性结肠炎：由于供应肠道的血供不足而导致结肠发生炎症。本病比较少见，因为肠道的血供比较丰富，主要发生在老年人，他们同时也会有心脏、中枢神经系统以及四肢血供的不足。年轻人中偶而也会有，主要见于休斯综合征（Hughes综合征，也称抗磷脂综合征）的患者，这是一种自身免疫性疾病，患者的血黏度高，血液流动慢，很容易形成血栓，从而导致缺血。
（3）放射性结肠炎：因为放射治疗恶性肿瘤导致的肠道炎症，在放疗结束后很多年还可能会发生结肠炎。