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在临床上对于一些很难明确区分并诊断为到底是克罗恩病还是溃疡性结肠炎的病例，就被称为不确定性结肠炎。但如果有小肠炎症性改变，那肯定能排除溃疡性结肠炎，因为溃疡性结肠炎一定不会出现小肠的病变。
不确定性结肠炎是指炎症局限在大肠，小肠没有病变。这可能是溃疡性结肠炎的一种类型。但结肠的炎症并不完全，其肠道内的溃疡更像是克罗恩病的表现，但组织学上看又不像是克罗恩病，所以最终因为没能确定是溃疡性结肠炎还是克罗恩病而被诊断为不确定性结肠炎。此种诊断也会导致一些混乱现象，如因为活检组织无法确定是克罗恩病，病理科医生会给出模棱两可的诊断，表示有一些克罗恩病的病理表现，进而导致临床医生会直接告诉患者患了克罗恩病，这样会影响到临床常规治疗方法和治疗效果。