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最常见的炎症性肠病有两类，即溃疡性结肠炎（ulcerative colitis）和克罗恩病（Crohn's disease）。
溃疡性结肠炎最早由英国人Wilk于1859年报道，早期溃疡性结肠炎常与感染性腹泻和痢疾难以区别，但随着饮食卫生条件的改善，感染性腹泻已经比较少见。克罗恩病最早由苏格兰人Dalziel于1912年报道，但在1932年，美国人Burrill Crohn和他的同事详细描述和报道了这个疾病，并将它命名为节段性肠炎，后来才改用以他的姓来命名这个疾病。
溃疡性结肠炎是仅局限于结直肠（有时统称为大肠）的病变，存在大量炎症和溃疡。日本前首相安倍晋三辞职，就是因为溃疡性结肠炎导致了他无法履行首相职责（详见新闻报道）。此病的病变局限在结直肠的内层而不会累及结直肠的全层。早期一般病变就在直肠，而后延伸至全结肠，也有患者会出现肠外病变，以及迁延不愈而有癌变的可能。但如果能将全大肠切除，就能达到治愈的目的。当然，手术后患者可能要做小肠储袋与肛门连接以保持肠道连续性，或者需要做人工肛门。
克罗恩病是一种慢性炎症性疾病，能影响从口腔到肛门的全消化道。炎症不但会侵犯全肠壁，而且可以分散分布在消化道的不同部位，也可以呈跳跃式分布。但常见于末端回肠和直肠的起始部，也经常在肛门部发病。如果得不到充分治疗，克罗恩病会不断进展，从最初的炎症转变成常见的肠道狭窄，然后发展成穿透性病变，进而导致与邻近脏器贯穿相通，出现“瘘”的临床表现。克罗恩病越严重，这个病变过程就越快。克罗恩病有很多特征性的慢性发展过程，缓解期和发作期交替出现。肠外并发症也很常见，患者常表现为不同症状，如皮肤红斑、眼睛红肿痛或关节炎等。虽然克罗恩病表现为肠道跳跃式的节段性病变，但不能通过手术直接把病变的肠管一切了之，因为过度切除肠管，可能会使患者小肠的营养吸收功能下降，并且手术后克罗恩病也有复发的可能。当然，近期有研究发现，对于早期诊断并且病变局限的克罗恩病患者，完整切除病变肠管后没有用任何药物，也能达到长期缓解（相当于治愈）。
在溃疡性结肠炎和克罗恩病的患者中，因为黏膜的长期慢性炎症，引起肠道红肿、炎症、溃疡和出血，进而导致腹泻、腹痛和发热等症状。其他临床表现可以与病变部位有关，如果病变部位在乙状结肠和直肠，就会表现为有黏冻和脓液的血性大便。而靠近肛管的病变就表现出里急后重的症状，就是急着想上厕所，但并没有大便排出。如果小肠发生病变，会导致营养吸收障碍，患者体重下降，儿童期患者出现发育不良。有时炎症可导致肠壁穿孔，肠道里的细菌蔓延出肠道，可能导致肛周脓肿，并能使肠与周围组织或脏器形成瘘，如肠-皮瘘、肠-膀胱瘘、肠-阴道瘘等。并且肠壁也会增厚、肿胀，有时在腹壁上就能摸出。持续的反复炎症会进一步导致贫血和血浆蛋白的丢失，使患者感觉疲乏。另外，肠道反复瘢痕修复会使肠腔狭窄、闭合导致肠梗阻。在少数患者中，持续的炎症会诱发癌变。