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这首先是要坚持回归经典自身的整体性原则。南宋郑友贤在其《十家注孙子遗说并序》中指出：“武之为法也，包四种，笼百家，以奇正相生为变。是以谋者见之谓之谋，巧者见之谓之巧，三军由之而莫能知之。”《孙子兵法》十三篇是一个完整、有机的思想体系。每篇既是一个独立的整体，篇与篇之间又相互保持密切的联系。前后十三篇逻辑严谨，层层递进，首尾呼应，浑然一体，对战争的平时准备，战略计划的制订，战役程序的组织，战术手段的运用，以及行军、保障、各种地形条件下的作战行动及特殊战法都做了层次分明、前后贯通的阐述。其思维的整体性和思辩的深刻性在先秦诸子中也是罕有其匹的。全书从战略运筹、战争预测（《计篇》）起步，经战争准备（《作战篇》）、运用谋略（《谋攻篇》）、发展实力（《形篇》）、创造有利态势（《势篇》）、灵活用兵、争夺先机、因敌变化而取胜（《虚实篇》《军争篇》《九变篇》），到解决“处军相敌”（《行军篇》）、利用地形（《地形篇》）、掌握兵要地理（《九地篇》）、实施火攻（《火攻篇》）、搜集情报、以资决策（《用间篇》）等具体的战术问题，始于“知彼知己”，又终于“知彼知己”，恰好规划了一个完整的战争程序，其篇次结构序列设计，注重于按用兵制胜的要领与方法加以逻辑展开，以战争规律性为立足点；所以不少研究者曾根据《孙子兵法》的内涵文义，从逻辑上努力梳理过全书的思想脉络和内在联系。应该说，这是正确理解孙子十三篇思想及其价值的通衢捷径。
其次，是要坚持认识经典要义的灵活性原则。《孙子兵法》的灵魂，在于强调“兵无常势，水无常形，能因敌变化而取胜者，谓之神”。在孙子看来，兵法的许多基本原则，如“高陵勿向，背丘勿逆”“围师必阙，穷寇勿迫”之类，是无数次战争经验与教训的沉淀积累，是多少人用鲜血与生命换取的结晶，自然应该充分尊重，加以借鉴和传承。但是，对这些兵学原则，又不能过于迷信，亦步亦趋，而必须结合新的状况，针对不同的对手，根据不同的条件，灵活机变，出奇制胜，否则就是拘泥僵化，胶柱鼓瑟。孙子希望人们学习兵法，但他的终极宗旨是期盼人们在学了兵法之后忘掉兵法。在孙子的心目中，没有规则，就是唯一的规则；没有规则，就是最高的规则。
战场形势瞬息万变，作战对象形形色色，如果执一定之规，应无穷之敌，不知变通，机械保守，那一定会遭致败绩，沦为笑谈，如同何去非《何博士备论》所言：“法有定论，而兵无常形。一日之内，一阵之间，离合取舍，其变无穷。一移踵瞬目，而兵形易矣。守一定之书，而应无穷之敌，则胜负之数戾矣。”历史上学《孙子兵法》、用《孙子兵法》的人多了去了，可是，有不少人由于不懂得这个道理，食古不化，一味迷信兵学教条，不但没有帮助自己在战场上克敌制胜，建功立业，反而大败亏输，覆军杀身，沦为赵括、马谡之流纸上谈兵的反面典型。
由此可见，在今天读《孙子兵法》，关键是要做到既能入乎其内，更要出乎其外，真正做到《何博士备论·霍去病论》中所主张的那样：“不以法为守，而以法为用，常能缘法而生法，与夫离法而会法。”不把兵法原理当作教条，而要结合实际情况来灵活运用这些原理，与时俱进，在原有理论的基础上发明新的理论、新的战法，表面上看你做的事情跟原理之间好像不相符，实际上却是与原理的核心精神相吻合的，这才是理解和运用《孙子兵法》的最上层境界，也是现代社会竞争中掌握先机，立足主动的根本前提。
其三，是要坚持理解经典价值的超越性原则。《孙子兵法》是一部成书于2500年前的兵学著作，之所以在今天还为人们所热爱、所阅读，自是因其拥有独特的魅力，具有时空的超越性。更为重要的，它已超越了单纯的军事领域，而具有了哲学意义上的普遍性价值。对此，前人早已指出：“言言硕画，字字宏谟，上筹国计，下保民生，实以佐大学治平之未逮者。”杨谦（《武经三子体·注序》）从本质上讲，《孙子兵法》是一部哲学著作，是一种思想方法论，充满哲学启迪与人生智慧。
例如，孙子有关“求全”与“取偏”平衡统一的辨证思维，就反映了理想与实际的统一，终极目标与阶段任务的统一。这在今天也是很有价值的，不无重大的启迪意义。它提醒人们，凡事都要设立一个远大而崇高的理想目标，朝着“尽善尽美”的方向去积极努力。但是在实际操作过程中则要摆正位置，放低身段，调适心态，尊重客观现实，不作超越个人能力与水平的企冀，特别要防止出现一味求稳求全，事事渴望圆满的行为方式，这包括计划方案制订上的面面俱到，方方皆足；博弈竞争活动中的通吃不漏，竭泽而渔；人才选拔任用上的求全责备，一杆标尺。在具体的运作过程中，更有必要借鉴孙子的用兵真艺术，人生大智慧，分清缓急，甄别主次，开拓重点，把握关键，集中兵力，各个突破，先捡西瓜，后捡芝麻，而千万不可不分重点到处撒网，平均使用力量，导致捡了芝麻丢了西瓜，甚至芝麻西瓜统统丢光的局面发生。