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现代意义上，最早的大学是意大利的博洛尼亚大学（University of Bologna），成立于1088年左右，当时一群来自欧洲各地的学者为摆脱宗教教育的束缚，自发地聚集在博洛尼亚，共同翻译、评注古老的罗马法法典。很多欧洲年轻人慕名而来，逐渐形成了一所自治式的协会式学校。
罗马教皇代表的宗教权与西欧各君主国世俗政权的斗争，贯穿了整个中世纪的历史。神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世（FrederickⅠ，1122—1190）一生六次出征意大利，最后与意大利北部城邦联盟达成和解。1158年他第二次出征，大获胜利后巡视意大利，在此期间，他接受博洛尼亚大学师生的请求，颁布了《完全居住法案》，赋予师生们居住权和司法自治权，相当于在意大利安插了一枚钉子。这其实是世俗王权、罗马宗教权、当地城邦联盟之间制衡的结果。
最开始的大学并没有固定的课程表，而是在学生的要求下，医师通过演讲、现场演示的方式授课。
当时的医学从业者有两种——学术医生和外科医生，而后者种类很多，包括理发师外科医生、游医、船医、拔牙医生等。学术医生一般是博学的绅士，他们接受过医学理论及药物配制方面的教育。
早在1137年，法国南部的蒙彼利埃大学（Université de Montpellier）就有了优秀的医生执教，很多人认为那里毗邻西班牙（当时被阿拉伯人占领），学习到了阿拉伯医学。并且，当地领主同意，任何有执照的医生都可以在那里授课，这也得到了教会的认可。
蒙彼利埃大学正式成立于1289年。16世纪，有位著名的学生诺查丹玛斯（拉丁语名：Nostradamus，1503—1566）被该校除名。诺查丹玛斯与帕拉塞尔苏斯一样，父亲都是私生子，无法继承祖业。他曾在阿维尼翁大学学习，当时大学课程主要是语法、修辞和逻辑，而不是后来常规的几何学、算术、音乐和天文学。不过只学习一年，他就因鼠疫离开，后到蒙彼利埃大学学习医学。他曾是药剂师，因为药剂师算是手工商人的一种，所以被发现后开除。被开除后，他继续做药剂师，并发明了一种“粉红药丸”，用来对抗鼠疫，并治好了自己的第二任妻子和孩子，由此，他得到了许多知名医生的认可。
除了行医外，诺查丹玛斯后来又成为占星家和著名的预言家，得到了众多达官贵人的资助，当时的法国王后佛罗伦萨美第奇家族的凯瑟琳（Catherine de′Medici，1519—1589）也是其资助人之一。他最著名的作品是1555年的《预言》（ Les Prophéties ）一书，汇集了942首诗句，预言未来的事件。能够在生前树立预言家名号的，他算是极少数人之一。
药学家瓦勒留斯·科杜斯（Valerius Cordus，1515—1544）和父亲奥伊修斯·科杜斯（Euricius Cordus，1486—1535，还是位诗人）都是德国当时知名的医生和植物学家。普鲁士成为欧洲第一个新教国家后，于1527年建立了第一个信奉新教的马堡大学（University of Marburg，实施宗教宽容政策）。小科杜斯于1531年毕业于这所新建的学校，后到莱比锡大学（创立于1409年）学习，并在当地他一个叔叔的药店里帮忙。
他于1539年在维滕贝格大学开设以《本草》（ Materia medica ）为题的讲座，备受欢迎。后来他的讲稿被整理发表，名为《关于迪奥斯科里季斯的说明》。
同时在维滕贝格大学执教的还有尼古拉·哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473—1543）的唯一学生——格奥尔格·约阿希姆·雷蒂库斯（Georg Joachim Rheticus，1514—1574）。雷蒂库斯是数学家、天文学家、制图员、航海仪器制造商、医生和教师，他因为能力全面，所以有广泛的社会关系。他最出名的是三角表，在他整理的哥白尼的《天体运行论》中，有两章是讲解三角的。
1540年科杜斯合成了乙醚，乙醚很快成为一种药物被应用。德国医生弗里德里希·霍夫曼（Friedrich Hoffmann，1660—1742）还发明了一种乙醚药剂——霍夫曼的止痛剂（Hoffmann′s anodyne），其实是由乙醚和乙醇按1：3的比例配制而成的，用于止痛或催眠。这一止痛药直到19世纪末仍在流行。
1542年，科杜斯出版了一本五卷草药合集《植物学历史》，他把植物外部形态规范化地分类描述。当年，他接受纽伦堡当地的有偿委托，写一部药物（草药）合集，相应工作于1543年完成，直到1546年，在科杜斯去世两年后，出版商约翰内斯·彼得雷斯（Johannes Petreius，1497—1550）才出版印刷该合集，这就是《纽伦堡药典》（也称《药房》（ Dispensatorium ））。其中，“复方”篇有44种丸剂配方和42种糖浆配方，其次是38种“芳香糖果”和29种“泻药和溶剂”，23种软膏等药品。
这一药典之所以延迟出版，或许是因为出版商正在忙着印刷哥白尼的《天体运行论》（ On the Revolutions of the Heavenly Spheres ），这本书于1543年在纽伦堡印刷，书送到哥白尼病床边后不久，他就与世长辞了。
纽伦堡是神圣罗马帝国的“自由城市”，神圣罗马帝国皇帝查理四世（CharlesⅣ，1316—1378）于1356年1月和12月，分别在纽伦堡和梅斯的帝国议会上公布《金玺诏书》（ Golden Bull of 1356 ）。除了确认“领主统治权”，削弱皇帝、教皇的权力外，法令还规定，新皇帝上任的第一次帝国议会（imperial diet）要在纽伦堡召开，由此确立了纽伦堡的地位。另外，纽伦堡也采取宗教包容政策，使其具有更大吸引力。
同时，纽伦堡坐落在数条商路要道上，与汉萨同盟（Hanseatic League）关系密切。《天体运行论》的重要资助者、哥白尼的挚友蒂德曼·吉泽（Tiedemann Giese，1480—1550）主教的弟弟，就是一位汉萨同盟的著名商人。
汉萨同盟最初是北德意志地区的商人组织，“汉萨”是集团（会馆）的意思，其成立是为了保护商贸资本的利益，免受地方贵族的盘剥和强盗（海盗）的袭击。后来它成为城邦的联盟，最兴盛的时候，有100多个城市加入了这一联盟。
到了16世纪下半叶，阿姆斯特丹兴起。其很早就取得了波罗的海的贸易权，不受汉萨同盟垄断的限制，16世纪80年代又摆脱了西班牙的控制，在造船业、谷物贸易方面与汉萨同盟竞争，带领荷兰进入黄金时代。