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制药业的根源在于早在中世纪就提供传统疗法的药剂师和药房，他们根据数千年的民间知识提供了一系列的治疗方法。虽然德国一些企业从染料转向制药，但更多的企业是从药房而来，最具代表性的就是默克公司。
弗里德里希·雅各布·默克（Friedrich Jacob Merck，1621—1678）一直在药房工作，1668年，他来到达姆施塔特（Darmstadt），买下了当地的药房，更名为天使药房（Engel Apotheke，英文：Angel Pharmacy），这是默克药业的前身。他的一位后人约翰·海因里希·默克（Johann Heinrich Merck，1741—1791）还成为著名作家，是歌德（Goethe）的好友。
1816年，海因里希·伊曼纽尔·默克（Heinrich Emanuel Merck，1794—1855）接管了家族自1668年就经营的药店，并改名为默克（E. Merck oHG）公司，从药店转型为药品生产商。默克公司除了生产当时流行的鸦片酊类药物外，还生产片剂、粉剂、糖浆剂等剂型的产品。
海因里希曾经在多所大学里学习化学，化学泰斗李比希也是海因里希的朋友。他的一位老师是化学家马丁·海因里希·克拉普罗特（Martin Heinrich Klaproth，1743—1817），克拉普罗特是拉瓦锡的信徒，编写过德语化学词典，并发现铀（1789）、锆（1789）和铈（1803）的化合物，他把它们描述为不同的元素。不过，他并没有获得这几种元素的单质（纯金属）。另外，他在1795年发现了钛（在1791年被英国科学家首先发现），并将其命名。他阐明了许多物质的组成，包括碲、锶、铍和铬的化合物。
海因里希把目光转向生物碱的分离和生产，由于海因里希的主导，默克公司全面转型，很快他们大量生产的生物碱达到16种，并且纯度有保证，赢得了市场的信任。1827年，德国默克公司开始把吗啡商品化。1848年，海因里希的儿子格奥尔格·弗朗茨·默克（Georg Franz Merck，1825—1873，李比希的学生）从吗啡的提取液中分离得到了罂粟碱（papaverine，药用价值不高）。1884年，默克公司还与弗洛伊德医生合作进行可卡因的研究。
1888年，默克公司的首席分析化学家卡尔·克劳赫（Carl Krauch，1853—1934）博士出版了第一部分析标准著作，名为《测试化学试剂纯度》的手册。默克公司宣布，只有符合手册中所述纯度标准的试剂才会投放市场。
1887年，默克公司在美国纽约开设分公司，提前两年到达纽约负责分销业务的，有十多年工龄的老员工西奥多·魏克尔（Theodore Weicker，1861—1940，出生于达姆施塔特，曾任默克公司驻伦敦代表）出任经理。
1891年，海因里希的孙子，格奥尔格·弗里德里希·默克（Georg Friedrich Merck，1867—1926）来到美国，开始主持美国分公司的工作。虽然当时他只有23岁，但已经在家族企业中被训练了7年。他出让一些公司股份给老经理魏克尔，改公司名字为美国默克公司（Merck & Co.）。
美国默克公司初期的业务主要是从德国母公司进口化学药品，提供给其他药剂师使用。随着业务的日益成长，1897年美国默克公司的销售额达到100万美元。为了拓展业务，美国默克公司还于1899年专门编撰了《默克手册》（ Merck Manuals ）。第一本手册中的治疗方法包括放血疗法治疗急性支气管炎、砷剂治疗阳痿、杏仁面包治疗糖尿病等。这些自然随着医学的进步而不断改变，但美国默克公司的手册逐渐成为最广泛使用的医学参考文献之一。
格奥尔格于1902年成为美国居民，并把公司转移到新泽西州罗威（Rahway），在那里建立工厂车间，开始以医药制造逐渐取代原本的纯进口业务，产品有众多精细化学品制造的药品，包括铋、碘化物和麻醉剂（包括吗啡、可卡因等）。
一山不容二虎，1903年，魏克尔把股份卖给格奥尔格，自己另起山头。1905年，魏克尔与自己的岳父洛厄尔·梅森·帕尔默（Lowell Mason Palmer，1845—1915）一起买下了施贵宝公司（E. R. Squibb & Sons），即后来的百时美-施贵宝（BMS）公司的前身之一。
爱德华·罗宾逊·斯奎布（Edward Robinson Squibb，1819—1900）于1845年毕业于宾夕法尼亚州费城的杰斐逊医学院，后在1846—1848年的美墨战争期间担任海军医生。由于药品质量低劣，他怒将劣质药品扔出船外。1854年，他在纽约布鲁克林海军医院工作期间，改进了蒸馏制备乙醚（用于麻醉）的方法。他于1858年创立了自己的实验室生产药品。实验室爆炸过三次，其中一次乙醚爆炸使他严重烧伤。在美国内战期间，斯奎布的公司为北军提供吗啡、奎宁、乙醚，以及外伤用的纱布、绷带等。他把公司所有的战场用器材、药品打包在一个箱子里，以100美元价格出售。战后，因为使用纯度高的药品的观点不被美国医学会接受，斯奎布自己出版了一本美国药典的替代品，名为《施贵宝医用品参考》（ Squibb′s Physeries of Material Medica ）。1892年，斯奎布与两个儿子一起创立了施贵宝公司，公司资本达到150万美元。
魏克尔买下施贵宝公司后，在新泽西州买下了一个乙醚工厂。“一战”中，施贵宝公司成为军队的独家乙醚供应商。魏克尔还开设了生物制品分部，生产抗毒素、疫苗等产品，另外把从毛地黄中提取的洋地黄（digitalis）药品标准化。“一战”后，施贵宝的产品达到2382项（包括兽用药）。魏克尔的孙子后来成为美国参议员。
1910年，美国默克公司的业务已经达到300万美元，并于1911年在加拿大设立了分公司，不过，其大股东仍是德国默克公司。
格奥尔格的儿子乔治·W.默克（George W. Merck，1894—1957）出生于纽约，从小就去爱迪生的实验室学习，1915年毕业于哈佛大学化学系。因为第一次世界大战影响，他无法前往德国老家继续研究生学业，于是加入了父亲的公司。
在“一战”中，一开始美国由于孤立政策，不愿参加战争，所以与各国正常做生意。但到了1917年，美国对德国宣战，加入协约国，德国在美国的资产面临被没收的风险。一些药物专利如拜耳公司的阿司匹林，被美国宣布无效。于是格奥尔格带领美国默克公司，从德国默克公司独立出来，免于被充公，使公司安然渡过了“一战”。而乔治在公司的各个岗位锻炼，直到1925年，接替父亲担任了公司董事长。
乔治带领公司展开维生素、激素、抗生素的研究，取得了很大成绩。在“二战”中，他还带领研究机构和军方一起，与生化武器专家弗兰克·奥尔森［Frank Olson，1910—1953，美国中央情报局（Central Intelligence Agency, CIA）雇员，其死亡之秘至今无解］合作。“二战”后，美国默克公司还参与了链霉素的研发，后来在疫苗领域发力，一路发展，反而超越了德国默克公司。
乔治在链霉素成功后，为公司确立了价值观：“我们永不忘记，药是为了人民，而不是为了利润。”（We try never to forget that medicine is for the people. It is not for the profits.）
随着美国默克公司在全球影响力的提升，其与德国默克公司的品牌争端也在扩大。双方在1955年达成协议，又在1970年进行了修订，德国默克公司在世界各地（除加拿大和美国以外）有权使用Merck这个名字，德国默克公司在北美被称为EMD，美国默克公司在加拿大和美国被称为默克，而在其余地方，被称为默沙东（Merck Sharp & Dohme, MSD）公司。不过，随着品牌价值不断增加，二者之间的纠纷最近还在上演。
美国默克公司的成长，是美国制药业全球竞争力提升的一个缩影，但更具代表性的是美国的辉瑞公司。