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生物学家、心理学家、经济学家和其他研究人员提出一般系统理论的时候，在数学家维纳（Norbert Wiener）的领导下，一个类似的由气象学家、精神病专家、人类学家和工程师组成的多元化团体创立了一个与其相似的理论：
控制论
。
控制论研究的是调控系统，这些系统有明确的 目标 ，并通过 反馈机制 与其环境相互作用。控制论本身的目标是要了解这种调控系统中的过程，包括动作（对环境有影响）、感知（检查环境的反馈）、评估（将现状与系统目标相比较），最后再回到动作上来。这个循环过程是控制论研究的基本概念。
从控制论中，我们可以看到一点：软件开发团队是一个目标导向系统，它使用各种反馈循环来调节自身。我们已经知道在一个自我调节的系统中——比如软件团队，相比能量和力量，信息、沟通、目标反而是更重要的因素。控制论帮助我们明白了在复杂行为开发中，“反馈”扮演了一个关键的角色[Mitchell 2009:296]。
人们经常混淆一般系统理论和控制论。这并不奇怪，原因很多：它们相互影响；它们名称不同；它们都想努力建立系统的统一科学；实践也证明，它们都无法达到其初始目标。但无论如何，它们都负责承载系统知识体系，使其后的理论可以从中受益或以其为基础。