明朝末年,社会动荡,但是东南沿海的福建经济仍然保持高度发达,福州、泉州、漳州先后成为海外贸易的中心,尤其是泉州,有“梯航万国”之称,闽籍侨民的足迹遍及东南亚各个国家,海外华侨的数目大量增加。他们在海外建立了各类书院,传播儒家传统文化,也将福建各地的民间信仰,如妈祖信仰、临水夫人信仰等传入海外。
在经济发展的大背景下,福建佛寺、僧人数量也随之增加,同时,僧人从事专门佛事活动、进行佛学思考的时间也相对能得到保证,名僧的出现成为可能,以至于有“江浙出活佛,福建出祖师”之说,其中就有福建福清的隐元禅师。在佛学宗派中发展最快的是禅宗,这也是最受到日本佛学欢迎的一派。
日本此前的五山文化是佛禅文化的高峰,之后,日本经历战国时代,虽然由于战乱佛教略有沉寂,但随着相关中华移民的增多,又增加了新的发展力量,由侨民集资修建的寺院也不断增多,随着大批中国闽僧东渡日本,这些寺院往往聘请闽籍僧人担任住持,然后住持又会召唤更多的僧徒东渡日本,由此形成佛僧人力由西到东的流动。