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由于存在相互联系，许多效应是间接的、中介性的和滞后的。比如，那些反对用可以提高奶牛产奶量的人造激素的人，并没有论证牛奶会有不同，而是认为更大量奶水的流动会导致奶牛乳房感染，这就需要增加抗生素的使用，从而会加速抗药性细菌的传播。当所发生的事情影响到在空间和时间上都较远的事件时，正如生态学研究者们所强调的，进行预测甚至事后解释都是极为困难的。举例来说，幸免于一场大规模灭绝并不能保证一种生活型的未来。尽管它最初很可能繁盛起来，因为能够进入已消亡的竞争者先前占据的地盘，而且也不再有掠食者的威胁，但最终它还是不得不应对那些在新环境中发展起来的新的竞争者和掠食者。实际上，一个物种在两个不同的地理区域内会经历一个相似的立即恢复的阶段，但从长期来看命运却不一样，这取决于该地区其他生命形式发展的状况。 [1]
间接效应可能比直接效应更为重要。
研究者们发现：某些种类的混合肥料抑制不受欢迎的微生物并不是通过杀死它们的方式，“而是通过促进这些有害微生物无法与之竞争的多种多样的其他生物的生长而实现”
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。不幸的是，为控制有害生物而引入新物种的做法，常常会通过比较间接的后果而对生态造成更大的影响：毁坏植被不仅破坏了无害动物的食物又破坏了它们的居所，改变流量会因而改变河流中的含沙量，影响寄生生物的分布会因而影响其他许多物种的命运。在自然生态系统中，“两个食物不同却有共同天敌的物种会对对方种群的密度造成一种纯负面效应：当一个物种数量减少的时候，其天敌便会把注意力转向可替代的牺牲品”
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。实际上，如果一个地区栖居了多种捕食者，那么该地区就更容易遭到外来的被捕食物种的入侵，因为本地的被捕食物种的数量受到了控制。
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要定位森林中枯木、木匠蚁、啄木鸟和毁林害虫之间的关联，是更困难的事。当护林人移走那些倒掉的树木时，他们对啄木鸟的减少感到奇怪，但起初并没有因此而受到困扰。实际上，啄木鸟是以吃木匠蚁为生，而木匠蚁又是以蛀食那些倒掉的树木为生。“北美黑啄木鸟不吃云杉芽虫或毒蛾，因此没有人认为它们对于控制害虫具有重要性。但是，这些啄木鸟在枯木上凿出了洞穴，而这些洞穴成为那些吃云杉芽虫和花旗松毒蛾的鸟类的住所。”
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因此，移走枯木使虫害大大增加，该过程所导致的是人们不愿意看到的结果。
与这些事例相类似的是这样的可能性，即广播网之所以对1992年大选的报道表现出特别的挑剔、嘲讽态度，其中一个原因是它们需要通过这种发泄来显示自己与有线电视新闻网（CNN）和公共事务卫星有线电视网（C-SPAN）的不同，后两者所提供的那种事实报道（factual reporting）此前是为众多广播网所垄断的。 [6] 再举一个来自美国经济体系的例子：尽管克林顿政府1993年的增税在很大程度上直接影响的是那些收入在20万美元以上的人，但伴随着这些人改变其行为，在整个经济的各个方面都出现了衍生的影响。提一下最简单的结果：如果富人的花费减少，那些出售货物和服务的人就会遭受损失，在这种情况下，他们用于消费的钱就减少。再者，如果收入减少，那么税收以及国家财政收入也会相应减少。如果失业增加，政府开支将不得不增加。当然，有益的结果也可能出现：预期的联邦财政赤字的减少能够增强消费者和投资者的信心，促进经济繁荣和国家财政收入的增长。但是，关键之处在于，税率变化的直接影响没有间接影响重要，而且总体影响肯定非常不同于所有其他行为都恒定不变的情况。相类似，丹尼尔·帕特里克·莫伊尼汉（Daniel Patrick Moynihan）认为，总统的预算案单项条款否决权所具有的最重要的影响，可能并不是增强总统的权力或减少联邦政府的开支，而是削弱国会的投票交易（log-rolling），因为总统能够拆解开在现行规则之下不得不要么全盘接受、要么全盘否决的一揽子提议。 [7]
在某些情况下，行为体对系统具有足够的了解，就能够根据预期的间接效应去制定政策。例如，在第一次世界大战中，温斯顿·丘吉尔（Winston Churchill）呼吁对处在外围的敌人进行打击：“决定性的战区是在任何既定的时间可以得到关键决定的战区。主要战区则是部署了主要部队或舰队的战区。主要战区并不总是决定性战区……就任何敌对的阵营而言，一旦这样一种情况确定，即最强大的国家不能被直接打败，但它的立足不能没有最弱小的国家，那么就应当攻击那个最弱小的国家”。 [8]
他认为，要是对达达尼尔海峡的攻击能够有一个成功的结局，那么战争的耗时就可以大大缩短：东线可以得到确保，巴尔干国家可以联合起来反对奥匈帝国，这样奥匈帝国就可能被打倒并使得德国提出和平要求。相似地，希特勒希望，通过摧毁苏联，他能够迫使英国投降，因为丘吉尔会看到，无论从苏联还是从美国都无法获得援助，而美国因苏联权力在远东的消亡而不得不面对一个更加强大的日本。 [9] 在埃及于1973年发动战争之后，许多国家也开始了战争行动，目的是把其他国家也拉进来，要么是在军事上，要么是在外交上。
如果行为体花时间针对其他行为体的已有行为进行相应调整，那么行为的短期影响与其后产生的影响会有很大差别，而且人们很难知道什么时候可以宣布一项政策是成功还是失败。基于相似的原因，滞后效应可能使得人们即使在回顾的时候也难以看清因果关系。例如，一个近距离的观察者几乎花了十年时间才确定这样一种情况：一群叉角羚羊中的交配系统从领土型向非领土型的改变是根源于动物的年龄结构的变化，而这种变化是开始于他进行观察的三年之前的那个严酷冬天。 [10]
同样，即便森林管理者对滞后效应与互动比较敏感，也难以快速评估放牧牲口、放养鹿和麋鹿、砍伐木材以及火灾防控等在许多年之后会使森林如何发生改变，或者说也难以看到适度的虫灾会促进森林的换代。 [11] 再看政治领域，尽管许多美国人对越南战争和水门事件充其量只有模糊的记忆，但这些事件还是有助于塑造对当今美国政治舞台有着强烈影响的种种态度和结构。