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原始估算与调整后估算之间的差异被称为偏差，应该对其进行跟踪和记录。正如第2.4节所述，团队参与的项目工作越多，他们越能更好地理解这些要完成的工作——不仅估算需要演进，同时还需要对它们进行调整。作为渐进明细的结果，项目中的偏差应该会逐渐变小。如果项目中的偏差没有随着项目的进展而变小，项目团队需要采取相应的措施。
在项目生命周期的早期，估算被批准并记录在项目管理计划中，用于跟踪项目的基准也同时得到了批准。在任何项目中，成本、资源、人力投入和持续时间的估算值与实际值之间有偏差是正常的，通常有如下一些原因，例如：
◆ 需求的演变。 项目估算基准是利用高层级的范围和现有信息及许多相关假设来制定的。随着项目在生命周期中的进展（渐进明细），详细的需求得以定义并基准化，范围也会逐步细化。这种细化可能验证或否定先前的假设条件。例如，在低估或高估复杂性或生产率的情况下，通常会对进度、资源或成本产生影响。
◆ 项目的持续时间。 估算时间越长，越不准确。
◆ 批准的变更请求。 随着项目的进展，客户和其他项目干系人可能提出对初始范围和进度的变更请求，并由变更控制委员会（Change Control Board，CCB）审批通过。这些变更请求会使成本和进度相对原有基准有所变化，因此，尽管它们是被批准的，仍然会被认为是偏差。
◆ 运营问题或变更的假设条件。 在创建估算基准时，会做关于活动资源、成本单位和持续时间的假设。这些假设条件可能随着项目的进展而改变，也可能是不正确的。例如，一个资源被假定为一个比率，但项目中实际使用的资源或多或少都比其要贵，这会对项目成本产生影响。另一个例子是材料来源的变化。
◆ 错误估算。 由于项目的复杂性和内在的不确定性，总是会出现错误估算的情况。例如，忽略了对某个关键组件或工作范围的估算、数学计算上的错误、从不可靠来源得到的不准确数据、团队对估算范围知识的缺乏、估算经验的缺乏以及没有充足的时间进行估算。
◆ 填充。 填充或缓冲是由于估算者没有足够的信息或信心而增加到估算中的额外时间或成本。填充会从根本上破坏项目经理提供实际进度和预算的专业职责。如果估算者没有把握，则应识别这些风险，并应用储备和/或考虑使用缓冲。
在整个项目生命周期中需要理解和管理每个引起偏差的原因。这些技术包括根据当前基准跟踪进展；在变更被批准后重新确定基准；更新假设日志；记录经验教训；在新风险被识别时管理风险登记册和风险管理计划。
尽管项目的规划和执行是为了更容易接受并适应范围或资源的变化，但偏差的原因是相似的，例如：
◆ 粗略量级（ROM）估算偏差。 在初始规划期间，项目团队通过粗略估算所需的人力投入来确定迭代次数及其持续时间。在初始规划后不久，ROM估算被其他估算方法（如相对估算）所取代，该方法通常使用故事点和斐波那契数列、T恤衫尺寸等。
◆ 单点估算偏差。 估算可能基于专家判断、历史信息，或者只是猜测。单点估算考虑快速计算，但也鼓励人们根据风险和不确定性进行估算。
◆ 相对估算。 在变更驱动的方法中，前期规划周期通常较短，获取初始需求的细节自然要少得多。完成每项需求的人力投入估算通常是相对的（如故事点）而不是绝对的（如人力投入小时数）表示。通常，项目团队以协作方式执行此估算活动。因为周期更短，团队可以更快地对估算偏差做出反应。
◆ 速度。 在某个迭代中，完成的产品特性的相对估算的总和使团队可以通过查看其历史绩效来更准确地规划。速度是每个团队所特有的，不能用于比较它们各自的效率。速度在几次迭代后得以常规化，并预期在随后保持不变。然而，在为下一次迭代做准备的回顾性审查期间，团队可能根据资源可用性或通过流程改进来调整其速度。
在项目组合管理实践中，估算的重点是确保项目组合及其组成部分与组织战略保持一致。基于这些因素，组织利用估算来做出关于项目选择的明智决策。ROM估算是常见的，通常结合与历史项目人力投入（如果可用）的比较并由专家判断来确定。在选择项目后，适当的团队将在收集详细需求后调整初始估算。