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朱棣酷似乃父朱元璋，并不是从容貌体形而言的。从长相来看，两人迥然有别，乃父獐头鼠目，儿子魁梧高大，满脸络腮胡须，两人很不相像。但是从政治品格来看，朱元璋是“十足自私惨刻的怪杰”，在这点上朱棣与之酷似。洪武三十一年（1398）闰五月，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位。不久，户部侍郎卓敬向新皇帝呈递秘密奏疏，其中最重要的一句话就是：“燕王（朱棣）知虑绝伦，雄才大略，酷类高帝（朱元璋）。”如果光看字面，似乎是对朱棣的褒奖之词，其实是话中有话。再看他的下文，端倪便显露出来了。卓敬说这句话的本意是提醒新皇帝，要提防此人：“北平形胜地，士马精强，金、元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。”他建议把燕王朱棣从北平改封到江西南昌，便于控制。他还意味深长地说：“将萌而未动者几也，量时而可为者势也，势非至刚莫能断，几非至明莫能察。”第二天，朱允炆召见卓敬，责问道：燕王是朕的骨肉至亲，你怎么可以说出这样的话来？卓敬当即叩头请罪，解释道：臣所说的是天下至关重要的大计，愿陛下明察。朱允炆没有接受卓敬的意见。在对朱棣的判断上，卓敬显然棋高一着。
洪武二十五年（1392），皇太子朱标病逝，法定接班人死了，由谁来继承皇位？明太祖朱元璋十分欣赏四子燕王朱棣，因为他性格、脾气、作风都与自己酷似，想立他为皇储。翰林学士刘三吾期期以为不可，理由很简单：把二子秦王、三子晋王置于何地？他建议立朱标的长子即皇太孙朱允炆为皇储，那样的话，“四海归心，皇上无忧”。朱元璋采纳了这个利弊参半的建议，“利”的方面是，体现了嫡长子继承的原则，可以服众；“弊”的方面是，那些藩王都是皇太孙的叔叔，能够容忍一个年轻的侄儿做皇帝吗？燕王朱棣尤其难以摆平，在二哥秦王、三哥晋王相继死去后，他自以为是理所当然的接班人。洪武三十一年（1398）朱元璋去世，皇太孙即位，成为明朝第二个皇帝，年号建文。于是，建文帝与燕王的矛盾逐渐明朗化。朱棣心怀异志，却颇会伪装掩饰。郑晓《吾学编》写到这样一些细节：朱棣在燕王府经常装病，久而久之，宣称病入膏肓；大暑天居然围着火炉，还冷得发抖，连喊太冷了，太冷了；在王府中走路，都拄着拐杖。有的野史甚至说，朱棣常在街上发酒疯，倒在路上胡言乱语。所有这一切，是为刻意制造假象：他是一个胸无大志的庸人。
种种迹象表明，机敏过人的朱元璋对叔侄之争是有所预料的，他事先留下遗诏，关照分封各地的藩王不得前往南京哭临，意在防止争夺皇位的宫廷政变。
燕王朱棣得到父皇驾崩的噩耗，立即带领军队从北平赶往南京奔丧，快到淮安时，收到建文帝派人带来的先帝遗诏——“诸王各于本国哭临，不必赴京”，只得悻悻然退回北平。心怀不满的朱棣发布了《报父仇书》，责问建文帝：“焉有父死而不得奔丧者也？”他还援引建文帝即位之初所说的话，以子之矛攻子之盾：
陛下即位之初，尝谕普天下文武百官，其中有云：“太祖高皇帝用心三十年，大纲纪，大法度，都摆布定了。如今想着太祖皇帝开基创业，平定天下，便如做下一所大房子，与人住的一般。若是做官的政事上不用心，不守法度，便是将房子拆毁了，却要房子里安稳住的一般，世间安有此理。”旨哉言乎？今陛下听信奸臣齐（泰）尚书等之言，即将祖业拆毁，与诏旨大相违背。
一个藩王居然敢和皇帝这样叫板，野心已经暴露无遗。这一点也许朱元璋早有预料。根据野史记载，他甚至考虑到有可能会发生宫廷政变，因此预先给皇太孙朱允炆留下锦囊妙计，放在红色的宝匣之中，去世前交代说：如有大难，可以打开。建文四年（1402），朱棣的反叛军队进入南京金川门。建文君臣在危难之际打开这个宝匣，里面有三张度牒（和尚的证件），以及袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀、银元宝等物，要建文君臣化装成和尚潜逃出宫。还有如何脱身的预案：朱允炆从鬼门出宫，其余人等从水关御沟出宫，薄暮时分在神乐观会合。朱元璋的这种预感，是出于对四子朱棣的了解，燕王与新帝的较量不可避免。
朱允炆在即位之前也已经感受到叔父的潜在威胁，他向太常卿黄子澄请教如何化解这个威胁。黄子澄援引汉景帝平定吴楚七国之乱的历史典故，示意削藩——削夺藩王的权力。即位以后，在齐泰、黄子澄的辅佐下，建文帝加快了削藩的步伐。他在“削燕王属籍”的诏书中明确指出：先皇帝在世时，朱棣“包藏祸心，为日已久”，现已祷告太庙，将他废为庶人。
燕王朱棣则打出“清君侧”的幌子，指责奸臣齐泰、黄子澄等，“假陛下之威权，剪皇家之枝叶”，发兵南下，夺取久已觊觎的皇位。同样是藩王反叛朝廷，汉朝的吴楚七国之乱、西晋的八王之乱都以失败告终，而明朝燕王的“靖难之役”却胜利了，朱棣成了明朝第三个皇帝——成祖，年号永乐。
朱棣当上皇帝之后，为了粉饰夺取帝位的合法性，摆脱篡位的嫌疑，大肆制造舆论，否定建文帝的合法性，把建文四年改称洪武三十五年，表示他是太祖高皇帝的直接继承者。与此同时，对主张“削藩”，抗拒“靖难之役”的建文朝大臣，实施残酷的大屠杀。史学家孟森在谈到“靖难后杀戮之惨”时，用了一句分量极重的话：“皆人类所不忍见闻者。”这在他的著作中是极为罕见的。
永乐初年，再现了洪武年间胡惟庸党案、蓝玉党案大屠杀的一幕，其残酷程度有过之而无不及。孟森分析道，朱棣篡位成功，臣民以为他毕竟是太祖的儿子，夺位不过是帝王家事，没有必要为建文报仇，非口诛笔伐不可。在这种情况下，他完全可以豁达大度，对建文旧臣不予追究，未必会有什么后患。即使要杀几个建文亲信，也不必株连他们的亲属，连妇女儿童也不放过。但是朱棣没有这样的雅量，因为篡位心虚，必须造成无人敢于议论的威慑恐怖气氛，在这点上，他深得乃父“以重典驭臣下”的真传。
对方孝孺的惩处，最为典型地暴露了朱棣的心虚。攻占南京，进入紫禁城后，他当即召见被谋士僧道衍誉为“读书种子”的方孝孺，希望由他来起草即位诏书。这份即位诏书如果由建文旧臣、德高望重的方孝孺起草，可以起到洗白的作用，洗刷篡逆的恶名。方孝孺这个“读书种子”偏偏不领情，宁折不弯，不为所动。他披麻戴孝来到宫中，为建文帝号啕大哭。
朱棣有些尴尬，讪讪地为自己辩解道：我是仿效周公辅佐成王。方孝孺反问：成王在哪里？朱棣回答：他自焚而死。方孝孺追问：为何不拥立成王的儿子？朱棣回答：国家仰赖年长的国君。方孝孺紧追不舍：为何不拥立成王的弟弟？朱棣被追问得理屈词穷，从座位上走下来，好言相劝：这是我们家的事，先生不必过于操心，即位诏书非先生起草不可。语气毫无商量的余地。
方孝孺在威胁利诱之下屈服了吗？当众人看到他拿起笔往纸上落下时，以为他要起草即位诏书了，都全神贯注地盯着看。方孝孺从容不迫地在纸上写了四个大字：“燕贼篡位！”然后把笔一丢，边哭边骂：死就死，诏书决不起草！朱棣威胁道：难道你想快点死？难道不顾虑株连九族？方孝孺应声答道：即使株连十族，也奈何我不得！
朱棣恼羞成怒，下令武士把他的嘴割破，使他无法讲话，并把他关进监狱。然后四处逮捕他的亲族、朋友、门生，并当着方孝孺的面一一处死。历史上的株连九族是指父族四、母族三、妻族二。株连十族是在九族之外加上朋友、门生一族，是朱棣的一大发明。方孝孺案受到株连而死的有873人，充军边地而死者难以计数。他的妻子郑氏和两个儿子自缢而死，两个女儿投秦淮河而死。那些受株连的人显然是无辜的，他们的后裔经受了长期的凌辱。万历十三年（1585），朝廷宣布大赦受方孝孺牵连而充军者的后裔，竟然有一千三百多人！
方孝孺本人被押往聚宝门外，凌迟处死，就义前留下了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由？奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！”
铁铉之死比方孝孺更为惨烈。兵部尚书铁铉率军死守济南，给燕王军队以沉重打击。兵败后被俘，押解到宫中，不愿正面向朱棣称臣，背身而立，正气凛然。朱棣下令割去他的耳朵、鼻子，继而下令割他的肉，塞入他的口中，问道：甜不甜？铁铉傲然回答：忠臣孝子的肉，当然是甜的。
朱棣无计可施，下令当场凌迟处死。有野史记载，在行刑过程中，铁铉始终骂声不绝。朱棣命令武士扛来一口大锅，把铁铉的尸体投入翻滚的沸油中，然后把尸体捞出，让他面向朱棣站立，竟然办不到。朱棣大怒，命令太监用铁棒挟持，使他面孔朝北。朱棣笑道：你今天也不得不朝见我了。话音未落，尸身上的沸油突然飞溅，太监吓得弃棒而逃，尸体仍然反背如故。野史传闻如此活灵活现，令人惊叹不已。他的两个儿子被处死，妻子杨氏和两个女儿发配教坊司为娼。杨氏病死，两个女儿始终不肯受辱，赋诗明志，其中长女有句云：“教坊脂粉洗铅华，一片闲心对落花。旧曲听来犹有恨，故园归去已无家。”
朱棣在惩处景清时又有一大发明——“瓜蔓抄”。景清是个奇人，《明史》说他“倜傥尚大节，读书一过不忘”。建文初年，以都察院左佥都御史身份出任北平参议，燕王与他交谈，见其言论明晰，大为赞赏。不久，景清被召回都察院。南京陷落后，他与方孝孺等相约以身殉国。然而，他却单独向朱棣表示归顺之意，得以留任原官。此举颇受建文旧臣的非议，其实错怪了他。原来他想潜伏下来，乘机行刺朱棣。此事的案发，据《明史》所说，颇有一点戏剧色彩。主管天象的官员向朱棣报告：“异星赤色犯帝座甚急。”迷信天象的朱棣信以为真，立即怀疑景清图谋不轨。上朝时，他看到景清身穿红衣，神色异常，马上命人对他搜身，果然查获他随身携带的凶器。景清奋起喊道：“欲为故主报仇耳！”当然，仇来不及报，就被处死了。
景清死得很惨，斩首后，还被剥皮。朱元璋当年为了“以重典驭臣下”，搞了不少酷刑：刷洗、秤杆、抽肠、剥皮，听起来都汗毛凛凛。官吏贪赃银子六十两以上，先斩首，后剥皮。州县衙门左边的城隍庙，就是剥皮的刑场，剥下的皮囊里塞进稻草，吊在旗杆上示众。朱棣下令把景清剥皮实草，悬挂于长安门。无巧不成书，后来朱棣的轿子经过长安门，悬挂皮囊的绳索忽然断了，景清的皮囊掉落在轿子前面，状如扑击，朱棣大吃一惊，下令烧毁。
一日，朱棣午睡，梦见景清手拿利剑追杀过来，吓得他出了一身冷汗。醒来后惊叹：想不到景清死了还这么厉害！于是下令诛杀他的九族以及乡亲，一共株连了几百人。他的乡亲全部被杀，村庄化为一片废墟。这就是令人毛骨悚然的“瓜蔓抄”。
“瓜蔓抄”并非孤立的事例。大理寺少卿胡闰与齐泰、黄子澄昼夜策划军事。南京陷落后，胡闰不肯归附朱棣，与儿子一起被处死。他的家乡江西饶州（今上饶市鄱阳县）城西硕辅坊，一族男女共二百一十七人被牵连处死。吕毖《明朝小史》描写那里的惨状：“一路无人烟，雨夜闻哀号声，时见光怪。尝有一猿，独哀鸣彻晓。东西皆污池，黄茅白苇，稍夜，人不敢行。”御史高翔颇有军事才干，朱棣闻名召见，高翔却穿了丧服前来，出言不逊。结果，除本人被处死，株连亲族，朱棣还搞了一点新花样。《明朝小史》写道：“帝没御史高翔田产，给诸百姓，皆加税，曰：‘令世世骂高御史也。’又发其先墓，杂牛马骨焚灰扬之，而以其地为漏泽园。”
朱元璋推行特务政治，设立检校、锦衣卫，承担监视官员的特殊使命。检校的职责是“专主察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事”，直接报告皇帝。朱元璋自己坦率地说：有这几个人，譬如人家养了恶犬，则人怕。做检校的鹰犬无孔不入，到处刺探，一举一动都报告皇帝，皇帝对大臣的一言一行了如指掌。胡惟庸案发两年后，即洪武十五年（1382），在检校之外建立了锦衣卫。这是一个由皇帝直接指挥的军事特务组织，掌管侍卫、缉捕、刑狱，凌驾于刑部、大理寺之上。它所设的监狱称为“诏狱”，关押皇帝特批的人犯。在处理胡惟庸党案和蓝玉党案时，锦衣卫起了很大的作用。
朱元璋晚年意识到，“法外加刑”使得人人自危，告诫他的继承者：“非守成之君所用常法。”有鉴于此，他取消了锦衣卫诏狱。朱棣登上皇帝宝座以后，把它恢复了。正如孟森所说，锦衣卫诏狱是“以意杀人”，“不由法司问拟，法律为虚设，此皆成祖之作俑也”。
不仅如此，朱棣还建立另一个特务组织——东厂。《明史·刑法志》说：“东厂之设，始于成祖。”朱棣在北平时，为了刺探南京情报，收买建文帝左右的宦官为耳目，即位以后，特别倚重宦官，东厂就是由宦官掌控的机构。从此厂卫横行，流毒无穷。《明史·宦官传》还说：“盖明世宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权，皆自永乐间始。”毫无疑问，朱棣把特务政治推向了一个新高度。
吴晗对明太祖朱元璋有一个尖刻的评语：“十足自私惨刻的怪杰。”这个怪杰的二十几个儿子，得其真传的莫过于朱棣，把这一评语加到朱棣的头上，无需增减一字，正好合适。朱元璋的皇太子朱标，《明史》说他“为人友爱”；朱标之子即朱元璋的皇太孙朱允炆，《明史》说他“仁柔乐善”，都不像朱元璋、朱棣那样“自私惨刻”。同一父亲所生的儿子，秉性截然不同，只有朱棣酷似乃父。
明成祖朱棣并非无能之辈，他五次出征漠北，亲历战阵，并且死于榆木川军旅途中，还发动了郑和下西洋这样的壮举，应该说是颇有作为的皇帝。历史是复杂的，历史人物有他的多面性。在溢美“永乐大帝”的当下，尤其需要看到被有意无意忽略的另一面。