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过去的教科书都喜欢把人类的演化描述成线性的。例如，最古老的是黑猩猩，它演化为南猿（在2009年以前，地猿的材料还没有发表），然后南猿演化为能人，能人再演化为直立人，直立人又演化为尼人，最后才到我们这种智人，如图2.9所示。换句话说，这是一种线性演化。
然而，现今的演化学者参考其他物种的演化历史，早已放弃了这种线性演化的模式，认为人类的演化跟其他生物的演化一样，应当是“分枝式”的，像大树的分枝一样。 41 按照迈尔和他学生科因的物种形成机制，一个物种如果没有走到死巷，曾经分化，一般会分裂为两个甚至更多个物种，就像人和黑猩猩，是从同一个共祖分裂出来的一样。以直立人为例，学界过去的“标准”说法是，直立人演化为智人。然而，帕玻等团队所做的古基因组研究显示，直立人很可能分裂成尼安德特人、丹尼索瓦人和智人三个人类物种。这也符合迈尔和科因的物种形成分裂说。
图2.9 过时的线性人类演化图（Rudolph Zalinger/Wik）
换句话说，在古基因组和古蛋白研究的影响下，人类的演化历史以及各物种之间的演化（遗传）关系，变得越来越不能确定了。线性的演化图固然早已被放弃，由分枝树状图取代，后来又发展出支序系统（cladistic）图。然而，在基因组时代，这些演化图恐怕都不太可靠了。学界对各人类物种之间的演化关系，目前仍然存在种种争议。因为这些都是化石种，古基因学家还没有办法从化石中取得它们的基因材料。没有基因证据，就无法证明它们的演化关系，只能存疑。像现今的亲子鉴定，若要法院将其接受为证据，就必须有父子两人的DNA数据才行，不能光凭儿子的样貌长得像父亲，就说他们有父子关系。
目前还有另一个常见的做法，就是不再以树状图或支序分类图来呈现人的化石种的演化关系，而只按照各化石种的大致生存年代来排列其先后次序。例如，乍得撒海尔人生活在约720万到600万年前，成了最古老的人类物种，便排在第一位，以此类推。英国伦敦自然历史博物馆的那张人类家族图 42 ，就是按照这个方法制作的。此图没有显示各化石种之间的演化关系，没有显示直立人是从南猿演化而来的，也没有显示尼人或智人是从什么人类物种演化而来的。它只列出各化石种的生存年代，然后按此年代排列人类物种。这是比较谨慎可取的做法，因为各化石种的遗传关系其实仍有许多争议，并不清楚，但它们的年代基本上还算可靠。本书附录一《人类物种一览表》，也按这个办法排列。
从这些化石的时代和形态来看，人的演化是一个从“像猿”慢慢演化为“像人”的过程。在我们这个基因组研究盛行的新时代，测序成本大幅降低，测序机器越来越快速精良，各种测序数据纷纷发表，人类演化的历史，反而变得越来越复杂了，远非过去教科书所讲的那么简单。我们需要考虑到从前被忽略的种种因素，并耐心等待更多化石和古基因组证据的出现。
为了本书接下来的讨论方便，我把至今发现的25个人类化石物种分为三大类：（一）早期人族成员，包括乍得撒海尔人（杜迈）、土根原初人（千禧人）和始祖地猿（阿尔迪）等；（二）南猿属，包括细小南猿和粗壮南猿种，特别是阿法南猿露西；（三）人属，主要以直立人为代表（特别是图尔卡纳男孩），以及尼安德特人和现代智人（见本书附录一）。
本书所用的人类物种中译，主要根据吴新智的译名，见他和徐欣合写的《探秘远古人类》（北京：外语教学与研究出版社，2017年5月第3次印刷），以及他发表在《人类学学报》上的专业论文。吴新智的译名和国内其他学者及报纸杂志上所取的可能略有不同。目前并无一套标准统一的译名。