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长久以来，人类演化史上的一大悬案是：智人在大约6万年前走出非洲，来到亚欧大陆时，有没有跟当时还住在亚欧大陆的尼安德特人交配过？过去数十年，这个悬案无解，因为没有证据，只有各家的猜想。
2010年，这个悬案终于被解开了，而且证据确凿。德国马普演化人类学研究所所长、古基因学家斯文特·帕玻（Svante Pääbo，见图2.3）的研究团队在当年5月的《科学》期刊上发表研究报告，揭露了尼人之谜，成功为尼人的整个古基因组测序。虽然这只是个“初稿”， 21 但已让世人惊讶。2014年年初，帕玻团队以在阿尔泰山脉洞穴发现的一个尼人女性脚趾骨，再为尼人做了更详细、全面的基因组测序。 22 2017年，他们又为在克罗地亚洞穴发现的一个尼人女性遗骨做了高覆盖率的基因组测序，获得了尼人的更多基因信息。 23
帕玻团队和其他科研人员把尼人的基因组跟现代人的进行比对，发现今天欧洲人、亚洲人和非洲大陆以外的其他人竟带有1%～3%的尼人基因。这就证明，尼人曾经和现代人的祖先交配过，双方有基因交流，而且产下了有生育能力的下一代，所以才能把他们的基因遗传到我们今人身上。 24
图2.3 德国马普演化人类学研究所所长帕玻（Frank Vinken）
这意味着什么？这表示，尼人（见图2.4）跟我们今人一样，应当属于同一个物种。这令不少学者大跌眼镜。今后，我们是不是应当把尼人改列为智人的一个亚种？
图2.4 尼人造像（美国史密森尼自然历史博物馆）
根据1957年在伊拉克沙尼达尔洞窟出土的沙尼达尔1号尼人头骨重建。他长得是不是很像现代智人？
按照迈尔的生物种概念，能够自然交配，并且能生下有生育能力的下一代，就是同一个物种。尼人曾经和我们的祖先交配过，以至于今天几乎每个智人身上都还带有尼人的基因。这不就证明双方没有生殖隔离吗？双方都有性的吸引力，可以自然交配。双方也完成了基因交流：我的基因中现在有了你，你的基因中也有了我。 25 你我不就是同一个物种吗？
帕玻的研究团队发现，今天非洲人的基因里没有尼人的基因。因为尼人的活动范围扩散到西亚和欧洲，在大约3万年前灭绝，但从未到过非洲，未曾和非洲的智人交配过，没有基因交流，所以今天的非洲人自然不会带有尼人的基因。
不过，这一点需要厘清，因为2020年2月，美国普林斯顿大学的一支研究团队利用一种新的基因分析法发表了一项最新研究，显示非洲人其实普遍带有尼人的基因。这不是因为尼人曾经到过非洲，而是因为那些在近东等地居住的现代智人跟尼人交配后，其后代重返非洲。这些后代的后代又跟本土非洲人交配，结果便把他们身上已有的尼人基因传给了非洲人。 26
帕玻团队还有一个重要的贡献。他们在西伯利亚阿尔泰山脉丹尼索瓦洞穴出土的一个小女孩手指骨中意外发现了一种新人类，其基因不同于尼人，也不同于现代人。该团队以出土洞穴的名字将她命名为丹尼索瓦人。 27 在东南亚及大洋洲33个族群的基因中，有部分遗传自丹尼索瓦人。 28 今天的藏族人也从丹尼索瓦人那里遗传到一个叫EPAS1的基因，让他们可以适应高山缺氧的生活。 29 这意味着，丹尼索瓦人很可能是广泛散居在整个亚洲（包括现今中国）的一个物种（更多详情，见第五小节）。
问题是：尼人、丹尼索瓦人是否跟现代人（智人）属同一个物种？帕玻本人对这问题不愿正面回答。美国《科学》期刊的记者吉本斯（Ann Gibbons）采访他时，他说：“我想，争论什么是物种，什么是次物种，都是徒劳无益的学界之事。”所以帕玻不愿把他团队发现的新人类定为新的人类物种，只称之为丹尼索瓦人，刻意不给他取个物种学名。他说：“为什么要表明立场（定物种）？这只会引发更多的争论，而又没有人可以做最后的判决。”这个做法是值得赞赏的。
然而，吉本斯采访美国威斯康星大学麦迪逊分校分子人类学家霍克斯时，霍克斯很明确地说：“他们互相交配过，我们就叫他们同一个物种。” 30 但也有一些学者认为尼人和智人不是同一个物种。 31
专门研究物种形成的科因（Coyne）在博客中对这个物种问题有相当详尽的讨论，值得细读。他的结论是，他同意霍克斯的看法：尼人、丹尼索瓦人和我们现代人，都是同一个物种（智人）的成员。 32 或许，他们之间的差别，就像现今亚洲人和欧洲人的“人类差异”罢了，并没有大到足以形成新的物种。
尼人有不少化石在欧洲出土，从中透露出他们的体形不同于现代人，脑容量甚至比现代人还大，但他们依然可以跟现代人的祖先完成基因交流。这显示，尼人和智人原本属于同一个物种，交配时可能正处于漫长的分化过程当中，但又还没有完成分化，没有产生彻底的生殖隔离，还可以进行交配，所以还属于同一物种。