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嘉靖四年（1525），张居正出生于荆州府江陵县。荆州是一个声名显赫的地方，也是一个兵家必争之地。然而张居正的原籍并不在这里。
他的远祖张关保是凤阳府定远县人，是明太祖朱元璋的同乡，也是以明朝开国元勋李善长为核心的“淮西集团”众多文臣武将的同乡。元朝末年，张关保和乡亲们一样，参加了造反的红巾军（又称红军），追随朱元璋，南征北战。
明朝建立后，张关保被授予军职，分配到荆州府的归州。从此，张家后人便成了荆州人氏。张居正曾祖父张诚，从归州迁移到江陵县，在此定居。所以，张居正科举考试填写的履历表“籍贯”一栏，就写着荆州府江陵县。待到他显赫以后，人们按照当时官场的惯例，尊称他为张江陵先生，或者索性叫他“江陵”。犹如江西贵池人夏言叫作“贵溪”，江西分宜人严嵩叫作“分宜”，河南新郑人高拱叫作“新郑”，松江华亭人徐阶叫作“华亭”，是当时很流行的一种称呼方法。
张居正的家世并不显赫，世袭的军户身份，在当时的社会地位是低下的，家境也属于贫寒一类。父亲张文明，想通过科举道路改变家庭的境遇，多次参加考试，都名落孙山，连个举人也没有考上，终其一生，只是一个落第秀才而已。张居正后来为父亲写的小传《先考观澜公行略》，谈起这一点，似乎有为尊者讳的意思，称赞父亲从小就很“警敏”，“为文下笔立就，不复改窜，口占为诗，往往有奇句”，简直是一个才子，唯一的缺点就是“不能俯首就绳墨”——不愿埋头钻研“四书五经”，学问方面差了一些。张文明自己也知道学问不行，就把全部梦想寄托于儿子身上，希望他科举仕途顺利，跃登龙门，改变张家的困境。
张居正没有辜负父亲的期望，发愤攻读，学识卓异，从秀才到举人再到进士，还算比较顺利。这得归功于两位伯乐式的恩师的提携。
第一位恩师是李士翱。这位荆州知府在主持童生考试时，发现名叫张白圭的少年很有才华，非常欣赏，但他认为白圭这个名字不好，帮他改名为居正，不仅对他寄予厚望，而且极力向湖广提督学政田顼推荐。田顼当场出题考试，张居正的文章写得相当出色，发榜时果然名列榜首。一时间，“荆州张秀才”声誉鹊起。张居正飞黄腾达后，对恩师李士翱的奖掖始终念念不忘。
第二位恩师是顾璘。这位湖广巡抚慧眼识英才，在众多参加嘉靖十五年（1536）武昌乡试的秀才之中，看中了年仅十二岁的张居正，对他赞誉备至，特地写诗相赠，称赞他“今看十岁能长赋，何用从前咤陆机”，令居正感怀不已。
张居正晚年在给朋友的信中，对四十多年前的往事依然记忆犹新，感恩戴德。他说，湖广巡抚顾璘初次见到他，就赞誉他是“国士”“神童”，把他引为“小友”。顾璘多次对同僚说，这孩子将来有治国的“相才”，可以和历史上大名鼎鼎的李邺侯（唐朝宰相李泌）相媲美。有一天，顾璘在家中设便宴款待张居正，叫他的小儿子顾峻出来相见，介绍说，这位是荆州张秀才，将来担任中枢要职时，你可以去求见，他必定会感念你是昔日老朋友的儿子，出手帮你一把。张居正谈起四十年前的这些细节，历历在目，仿佛昨天的事情，流露出对于顾公知遇之恩刻骨铭心的感念，只有以死相报，才能了却这一段恩情。这时的他已经位极人臣，权倾朝野，一般情况下很少向人透露内心的隐秘，却向朋友坦然表示这段恩情一直埋藏在心中，从未忘却。遗憾的是，顾公过世以后，顾府家道中落，他如果无以为报，必将铸成终生大恨，恐怕无脸再见顾公于黄泉了。由于他一再请求朋友帮忙，才使顾公的后人得到照顾，才不至于有忘恩负义的遗恨。这是后话，暂且打住。
少年张居正发愤努力，果然没有辜负李翱与顾璘的期许。不过也经历了一些曲折。他虽然被誉为“神童”，但科举考试并不顺利，举人考了两次，进士也考了两次。也就是说，乡试与会试的第一次都落第了。看来张居正并不是应试教育的宠儿，也不是死记硬背的能手。
嘉靖十九年（1540），他再次参加湖广乡试，考中举人。四年之后，进京参加会试，结果意外地落第，没有被录取为进士。这使得被誉为“神童”的他颇有意料之外的失落感，或许是少年得志有些忘乎所以，才马失前蹄。他后来在给儿子张懋修的信中回顾这段往事，并不怨天尤人，而是有所检讨的。他坦然地说，由于小小年纪轻易地取得秀才、举人的功名，有些忘乎所以，以为进士及第是“唾手可得”的事，于是乎放松了学业，尤其是放松了对科举考试的本业——“四书五经”的钻研，心有旁骛。确实，张居正对于应付科举考试的所谓“制艺”，是不屑一顾的，他有更深的关注点——与“治国平天下”紧密相关的政治实务。落第以后，他幡然悔悟，不得不回到应试教育的轨道上，埋首于“四书五经”。
嘉靖二十六年（1547），是丁未年，张居正顺利通过了会试与殿试，终于登上了科举的最高台阶——跃登龙门，进士及第。从此，开始了漫长的仕途生涯。按照常规，新科进士中的佼佼者有机会考取翰林院庶吉士，也就是翰林院的见习生，张居正顺利进入翰林院。翰林院是负责编写历史和管理图书的中央政府部门，庶吉士是没有官品的见习生，新科进士经过庶吉士阶段，才可以授予有品级的官职。
仅仅从字面上理解，翰林院似乎是一个清闲机构，其实不然。在明朝的政治体制中，翰林院至关重要，进入内阁的官员大多是翰林院出身，而内阁是中央政府的中枢。庶吉士虽然只是见习生，没有官品，却是通向内阁的起步。当时人把庶吉士看作“储相”——内阁的人才储备处，内阁大学士的候补队伍，并非夸大其词。
不久，张居正被分配担任翰林院的编修。这个“编修”职务，是负责编写国史和实录的七品官员。在这个岗位上，他居然徘徊了十年之久。
丁未会试的主考官孙承恩、张治，成了张居正的座主；分房考官陈以勤、吴维岳，披阅他的考卷，成了他的房师。与张居正同科成为进士的都是一时之选。一甲第一名李春芳，后来成为张居正的顶头上司与同事。其他如殷士儋、王世贞、汪道昆、王宗茂、凌云翼、陆光祖、宋仪望、杨继盛等，都声名显赫，正如朱东润《张居正大传》所说：“这一科有第一流的首相，第一流的文人，立功边疆的大帅，弹劾权倖的忠臣，可算得人甚盛。”