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纳税人可以抵扣用于应税货物或服务对应的购进货物或者服务的进项税额。纳税人提供出口服务（不属于阿尔巴尼亚征税范围），若该服务在阿尔巴尼亚境内提供时需要缴纳增值税的，则纳税人可以抵扣与提供该项出口服务相关的进项税。纳税人通常可通过从销项税额中抵减进项税额的方式来抵扣进项税额。
进项税包括购买商品和服务所含的增值税，进口货物已缴纳的增值税，以及适用于反向征收机制的服务对应的增值税。
不可抵扣进项税
并非所有的进项税都可以抵扣。一般来说，非商务目的采购的商品及服务对应的进项税不得抵扣。
不可抵扣进项税留下项目示例
1.不是以交易活动为目的，而是以消费为目的的燃料费用；
2.旅行、出差津贴、酒店住宿费用；
3.购买汽车的支出，但营业范围包括汽车交易、租赁业务，如汽车租赁、出租车服务和救护车服务的除外。
允许抵扣进项税项目示例（若与应税项目相关）
1.用于宣传和促销文案的支出；
2.企业所得税税前可列支范围内的代表处的费用支出；
3.达到一定额度（财政部长颁布法令规定）的应税活动中的燃料支出。
部分免税
如果一笔购进的货物或服务部分用于应税业务，部分用于免税业务，则纳税人不能全额抵扣增值税。可以抵扣的增值税应按照以下公式进行计算：
可以抵扣的进项税额的比例=增值税应税销售额/全部销售额
在一个纳税年度内，抵扣比例可以按照上一年度的数据进行计算，但是必须在下一年的1月31日前按照真实业务数据进行调整。该计算公式中的销售额，不包括纳税人用于商业目的的资本性支出，也不包括偶然发生的不动产交易以及金融交易。
资本性支出项目
资本性支出项目是指纳税人购买的、可以使用多年的资产。通常，纳税人购买上述资产的进项税额可以在购买当年抵扣。如果该资产既用于应税项目也用于免税项目，那么可以抵扣的进项税额取决于购买资产当年纳税人的抵扣比例。如果在调整期内纳税人的抵扣比例发生变化或者该资产转为完全用于不能抵扣的免税项目的，则可以抵扣的进项税额也应该随之调整。
资产调整期为：
1.不动产：10年；
2.动产：5年。
在调整期内比例发生变化的，应按照不动产的1 /10、动产的1 /5进行调整。如将资产改用于免税项目的，则在后续调整期内每年进行调整。
退税
纳税人同时满足以下两个条件的，可以申请退税：
1.纳税人连续3个月都有增值税留抵；
2.申请退还的金额超过40万列克。
纳税人应当填写退税申请表，向税务机关申请退税。税务机关应核实是否满足退税条件，并在60日内审批。
登记前支出
增值税登记前支出相关的进项税额不得抵扣。
坏账冲销
纳税人没有收到部分或者全部应收账款，在同时满足下列条件的情况下，已缴纳的增值税可以作为进项税额抵扣：
1.债务超过6个月未偿付；
2.金额已经被核销；
3.因债务人无能力偿还，被法院判定为无法收回的债务。
非营利活动
在不扭曲竞争的情况下，非营利组织的收入，如补助金、捐赠以及会费等，不需要缴纳增值税。公共部门提供的公共服务同样如此。