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语言符号的层次性是现代语言学的核心理论之一，研究者就此概念的主要分歧在于：语言是单层次系统还是多层次系统？
语言的多层次系统，是系统功能语言学研究的起点。它缘起于索绪尔有关能指、所指的语言符号学思想，在叶尔姆斯列夫、兰姆语言层次观的影响下，发展成语言是相互间存在互动关系的多个层次的复杂符号系统的观点。
系统功能语言学从语言在外部世界中的作用出发，以话语功能/意义为导向来构建语法体系，因此，它将语言置于社会符号学框架中，在符号系统的各层次互动中研究语言现象。语言表征世界经验、参与社会交流，在措辞（词汇语法）层和语境层之间，有一个界面——语义层，向上与社会文化情境相接，在外部世界中完成意义交流，达到交际目的；向下与词汇语法相接，将意义体现于措辞中。语义层由三种语言元功能，即概念功能、人际功能和语篇功能表达。词汇语法层是语言符号系统的核心层，同时包括词汇和语法，它们不是两个层次，而是一个连续体的两极——相反视角下的同一现象。词汇语法层由三个子系统——及物性系统，语气系统和主位、信息系统表达，及物性系统体现语言的概念功能，语气系统体现人际功能，主位、信息系统体现语篇功能。
除“内容”外，在“表达”部分，在最下层，表达实体——语音实体与个体生物资源相接，将语言形式体现于声音（文字）。声音（文字）由音位学（文字学）组织成正式的结构和系统，逐步构建上级层次。
各层次之间的关系是体现关系。对“意义”的选择（语义层）体现于对“形式”（词汇语法层）的选择，对“形式”的选择又体现于对“实体”（音系）层的选择。语义层向外扩展到语言外部，是语言系统对语境层，即行为层或社会符号层的体现，说明了语言形式结构与社会情境的关系，进一步揭示了语言作为符号的本质。根据研究需要，本研究只聚焦于语境层、语义层、词汇语法层。
语义层是整个语言系统中的一个界面，其向上体现更高层次的社会符号系统，向下由词汇语法系统体现，而词汇语法系统又由音系系统体现。正如贝尔所言：“一种语言的语法就是一套选择系统，人们利用这一系统来表述意义。”“语义层”的三种意义，即概念意义、人际意义、语篇意义由“词汇语法层”的及物性系统、语气系统（包括情态、评价系统）和主位系统等表达或体现。
语言的概念意义由经验意义和逻辑意义组成。韩礼德指出，语言能使人类建构关于现实世界的心理图景，并理解周围环境和内心世界所发生的一切。语言（以语篇为代表）能使我们的经验模式化：以切分的方式将现实世界体现为一个接一个模式的“过程”，并在这一过程中通过复现率极高的各种逻辑语义关系，即复句内部的各种逻辑语义关系，将这些模块化了的经验切分体连缀成有机的整体，从而形成“作为成品的语篇”的经验结构体。
语篇的基本切分体这一层次（以小句为代表），为人类主客观世界里的不断变化和事件流动赋予了秩序，使人类的经验模式化，实现这一目标的语法系统就是小句的及物性系统。及物性系统把经验世界识解为一组可以操作的过程类别，按照过程的不同特征细分为三个大类和三个小类。三个主要过程为：物质过程、心理过程和关系过程；三个次要过程是：行为过程、言语过程和存在过程。及物性系统反映人类对世界的经验，它包括三个表示特征作用的功能成分：过程、参与者和环境，这三个成分形成一个语义配置，为我们提供识解经验的图式。语篇由上述过程在各种逻辑语义关系的基础上组织而来。语言中的词汇语法资源能够表达及物性系统中过程、参与者、环境等功能范畴，使概念意义的交流成为可能。
人们对世界的所见、所闻、所感可以通过语言及物性表达，反过来，我们也可以通过及物性考察说话者对于世界的理解和表达意图，这一点是由语言各层次间的相互作用决定的。系统功能语言学的观点对《尚书》小句的分析具有可操作性，并为其提供新的分析框架，得到新的见解。《尚书》语言虽古，却仍具有语言的普遍性质。如《虞夏书·甘誓》中启讨伐有扈氏誓师时说：“予誓告汝。”句中“誓告”是言语过程，说话者选用这样的及物性过程满足誓师时的表达需要，表现出战前的强硬和恢宏气度。比较译文：
I have a solemn announcement to make to you.(Legge,2011: 153)
I solemnly declare and tell you.(Karlgren,1950:18)
两句译文虽然都将原句的字面意思翻译出来，但是前句用了关系过程，与原文不一致，因此没能将原文原有的语言功能表现出来，造成语义亏损，而后句选用了与原文一致的言语过程，表达斩钉截铁、语气强烈，与原文功能相当。可见，系统功能语言学指导《尚书》文本翻译不仅可行而且有效。
言语交际是人际互动事件，必涉及人与人之间的角色关系，对于事物的描述等也必带进说话者的主观色彩，这些意义的表达由语言的人际功能承担，即语言的人际意义。
系统功能语言学将交际中的两个言语角色（给予、索取）和两个交换物（信息、物品/服务）相互交叉对应得出了四个基本的言语功能：提供、命令、陈述和提问。这四个言语功能的表达由词汇语法资源中的语气系统来担纲。此外，语言交往中都涉及“归一度”问题，即在肯定与否定或者是与不是之间做出选择，但交际过程中绝非泾渭分明的肯定与否定，除了yes或no外，还有其他选择的可能性，位于肯定和否定之间的过渡等级统称为情态。
英语主要通过语气、情态系统体现人际意义，在这一点上汉语与英语有类型学上的一致性，《尚书》中也有着丰富的人际意义表达资源：人称系统（称呼语、人称代词），语气/情态系统（语气助词、副词、叹词、疑问代词）等，发诰者、训诫者、作誓者、下命者在各资源系统中进行选择，实现自己希望表达的人际意义，完成交际目的。翻译时，应该关注语境，通过表层语言形式探求话语发生时背后深层的人际动因，才能更准确地传译原文意义。例如，《虞夏书·皋陶谟》中臣禹与帝舜讨论对待三苗的态度时说道：“苗顽弗即工，帝其念哉！”语气副词“其”和语气助词“哉”表达了具有一定情态意义的祈使语气。比较译文：
May the emperor ponder it! (Karlgren,1950:12)
You,the emperor,should consider such thing.(罗志野，1997:39)
Think of this,O emperor.(Legge,2011:86)
Bear in mind the rebelliousness of the Miao tribes,your majesty.(杜瑞清，1993:71)
几种译文字面意义皆与原文相近，但是鉴于话语者与听话者是臣下与君上的关系，表达祈使语气时应该留下一定的商度空间，才能维系合理的社会关系，实现表达意图，因此，将“其”识解为具有商度意义的“恐怕”要比将其解读为表命令意义的“要、应该”更为合理，译文“May the emperor ponder it”选择情态值较低的情态动词may能更准确地描述出说话人说话时的姿态、情感。
实际的语言应用是以话语或语篇/文本的形式表现的，语言要成功完成交际任务，还需要将概念意义、人际意义组织、配置成“成品语篇”的语篇功能。体现这一功能的词汇语法资源在小句的层面就是主位系统，在小句之间就是各种衔接关系。
通过对主位系统里主位和述位的选择与操纵就可以对句中信息的不同部分予以突出或强调。不同主位结构的句子的基本意义（概念意义和人际意义）保持不变，但对信息强调的部分不同，话题的落点相异，这反映出言者对交际对象的知识、兴趣及交际目的和效果等情景因素的通盘考虑。只有在考虑这些因素基础上对小句的信息进行组织才能使联句成篇的语篇具有连贯性，使语言所要表达的概念意义和人际意义有效地传递出去，实现交际目的。所以，对语言小句主位系统的娴熟操纵既是辅助实现语言的人际功能和概念功能的重要手段，也是保证言者生成与情境相一致的语篇、实现语篇连贯性的不二法门。鉴于此，埃金斯指出：主位系统是应交际目的和内容，为提高交际效果而在小句层面组织信息的系统。诸如主位等语篇组织方式的选择，虽然不会在概念或人际意义的维度上给语篇添加什么新内容，但对语篇的连贯却至关重要，正是在语篇的建构过程中通过对主位娴熟使用才使得语篇“有机连接、具有意义”。例如，《虞夏书·皋陶谟》中禹描述丹朱“惟漫游是好，傲虐是作”，其中“漫游”“傲虐”分别是“好”“作”的宾语，但在句中前置成为句子的主位，这种语言的组织配置方式有说话者的语用目的：主位结构突显丹朱的不良品质，平行句式衔接信息、加强语气。比较译文：
Do not be arrogant like Chu of Tan;negligence and pleasures,only those he loved,arrogance and oppression,those he(made=)practised.(Karlgren,1950:11)
One never like Danzhu(the son of Yao)who was too haughty,he was so lazy,fond ofpleasure,andjoky.(罗志野，1997:39)
前句译文保持了原文的主位结构和平行衔接结构，将原文的概念意义和人际意义进行合理配置，表达了与原文一致的语篇意义。
可见，通过对主位系统和衔接关系的选择和使用，语言的语篇功能帮助我们有效组织、配置语篇的概念意义、人际意义，形成一个具有连贯性的整体语篇——实际的、具有交际价值的语言使用单位，完成语言交际。翻译时，应该识别原文的语言资源配置形式，努力使译文保持原文的表达形式，使其形意皆备、形似神合。
系统功能语言学的层次观，即语言、语境和意义/功能三者间的关系，可参考埃金斯的图示，见图1-1:
图1-1 系统功能语言学层次观三者关系
韩礼德认为语言的这三种意义/功能的语义系统向上/外与语境系统连接，向下/内和语言的词汇语法表达系统关联。也就是说，语篇的语场与概念意义直接相关，而概念意义由语法系统里的及物性组块体现；语篇的语式与语篇意义直接关联，该意义由语法系统里的主位组块体现；语篇的语旨与人际意义直接相关，它由语法系统里的语气组块体现。也就是说，语境制约语篇，将要表达的意义和为实现这一意义而采取的词汇、语法、语音等形式特征相联系。
翻译时，我们必须认识到语言内部外部各符号系统间的互生互摄，从社会文化环境到词汇语法的双向级转移过程中理解语言的生成和功能。译者，作为读者，首先必须对源语语篇的语场、语旨、语式及其在语言层面上的体现特征有全面的认识，才能全面把握语篇的整体意义。在此基础上，必须对译语语篇的相应特征，尤其是不同于原文语篇之处有清楚的了解，才能准确传译原文意义，这是译者进行有效语际转换的基础。