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1908年，中国公学因为修改学校章程而发生风潮，结果超过半数的学生退学，另组新中国公学。
风潮之起因是学校章程的修改。如上节所述，早期中国公学的体制仿行留学生总会，设评议部和执行部，执行部的干事由评议部公选产生，有一定任期，并且对评议部负责，评议部有监督和弹劾职员的权力。如反对修改章程的学生所言：“本校发起之初纯然公立性质，故一切组织莫不以此为归宿。成立以后，即分执行评议二部，互相辅翼而行，不敢稍有所偏私。”
1907年冬，由王敬芳、黄兆祥、张邦杰三干事主导，修订学校章程，取消评议部，“于是向之所谓干事者皆自尊为长，而本校所应有之公共性质几于消灭殆尽”
。
对于修改章程是否合理？干事与学生之间争执颇烈。随着中国公学的发展，学校章程的若干规定已经不能适应学校发展的事实，修改章程实属必然。主事的干事从实际情势出发，认为章程之修改乃势所必然，而学生从自身权益出发，认为干事修改章程是出于维护个人地位的考虑。
中国公学自1906年春开办至1907年年底已近两年，原发起的留日学生中有一部分仍回日本，加上公学成立不久因意见不同，部分江苏学生退出另办健行公学，而新考入的各省学生日益增多，在校的原发起创校学生日渐减少，“学生内部的情况，与初发起时完全不同”
。发起创校之时，立共和之法是基于罢课归国的留学生是平等地位，既是发起者和办学者，同时又是读书者，学生与职员之间没有严格的界限，而随着创校学生在全校学生中的比例日益降低，两者的差别和界限亦表现出来，后入学之学生是否与创校学生居于同等地位？其对于学校是否亦具有创校学生的那种主体地位？后入学的学生对于校务是否还能发挥决定性作用？这些问题都逐渐显露出来。
反对修改章程的学生认为，干事是为维护个人地位而私自修改章程。据胡适的记述，负责校务的三干事“外面要四处募捐，里面要担负维持学校的责任，自然感觉他们的地位有稳定的必要”。加上校内一般学生与干事之间存在不小的隔阂，“这里面也还有个人的问题。当家日子久了，总难免‘猫狗皆嫌’。何况同学之中有许多本是干事诸君的旧日同辈的朋友呢？在校上课的同学自然在学业上日日有长进，而干事诸君办事久了，学问就没有进境，却当着教务长一类的学术任务，自然有时难免受旧同学的轻视”
。
从主事干事的视角来看，修改章程是为了学校长远的发展。干事王敬芳即指出，中国公学之所以采取共和制度，是因为“公学为留日学生所创办，故其时发起者为学生，办事者为学生，读书者亦为学生。试思除以学生为主体外尚有何法？”
言下之意，以学生为主体乃迫不得已之选择。在学校干事看来，创办之初的学生自治只是权宜之计，所以一旦条件成熟，为争取官方支持，势必要改变学生自治的体制，聘请校长负责一切。
早期中国公学既无校舍，又无基金，为获得官款的补助和社会的捐助，必须寻求官方和社会的理解和支持。如王敬芳所言：“公学之共和制度，既为政界及社会所诟病，若不修改，必为筹款最大障碍。”
1906年年底，中国公学学生呈两江总督端方的书中提及：“校长未定，则整理规程无人提挈，干事等既无所遵循，学生等亦多怀观望，此皆公学最为危险之现象也。生等势迫力穷，焦灼万状，再四筹思，惟有仰恳大帅俯念生等兴学之艰难，智力之竭厥，……照会郑京卿为公学校长，以备改良办法。”
端方随即批复：“监督一席，已照会郑京卿办理。”
可见，郑孝胥任监督实际上是中国公学诸干事为求学校发展而请两江总督委任的。
郑孝胥任监督后，学校的体制与之前校章规定的体制有不合之处。1907年年底，由三干事发起，未经全校学生同意，即修改校章。具体的改变主要有如下几方面：一是确立由官方任命的监督负责的体制；二是取消评议部，学校职员的产生由此前的评议部公选改为由监督聘任；三是此前学校职员与学生关系发生变化，此前学校职员由学生中产生，干事既是学校的职员又是学校学生，改为聘任制后职员与学生存在清晰的主客界限。对于在校学生而言，最根本的改变是取消了学生参与校政的制度凭借，由以学生为主体的自治体制改为监督主导的管理体制，对学生权益有很大的损害。很多新进的学生之所以选择中国公学，很大程度上就是被学生自治的制度和精神所吸引，学校干事也曾说过，“学生数逾三百人，籍贯凡得十四省，葆神州之旧德，祛省界之恶风，注重精神，力臻自治，是以风声所及，来者日多”。
由是观之，新进学生对于学生自治的取消是难以接受的。
三干事擅自修改校章引起新进学生的不满，特别是评议部成员的不满，时任评议员的李琴鹤、钟古愚、但懋辛、罗毅等人都是后来风潮中反对改制的有力分子。反对修改校章的学生以中国公学章程规定“非经全体三分之二承认，不得修改”为由，不承认三干事修改校章的合法性。
反对改制的学生以原有校章为凭借，以修改校章未经评议会和全体学生同意，认定三干事修改校章不符合程序，故不能承认。但三干事所依据的监督负责制既成事实，郑孝胥任监督已大半年，如果不修改学校章程，则法理与事实已不相符，而以学生为主体主持章程的修订，必不愿损害自身的利益，双方各有依据，相持不下。
为表示对三干事擅自修改校章和取消评议部的抗议，反对的学生以全体学生组织校友会的名义发起抗议。双方争执数月，最后干事应允校章可由全体学生修改。于是，校友会选举代表起草校章修正案，经多次开会讨论通过一部新的校章。但新任监督夏敬观不认可新修订的校章，于是学生与监督处于对立地位，分歧仍得不到解决，遂演变成大的风潮。
除了校章之争外，新任监督夏敬观的专断以及校内立宪派和革命派之间的斗争也是风潮激化的潜因。中国公学校内上层多为立宪派，处事较为和缓，而下层学生大多倾向革命，往往比较激进，主张实行自治，极端反对官办。据张承槱后来的回忆：“学校基础虽已奠定，革命工作日有进展，但为清廷密切注意，郑孝胥之到校不过数月，即推荐夏敬观为中国公学监督以自代。而夏为南京候补道，亦宪政派之人物，与端方甚接近。故夏到职以后，与王敬芳勾结一气，不似以前郑孝胥挂名不问事之监督也。吴淞炮台湾校舍尚未开工，而因取消同学校友会评议部之争端忽起，最后不惜解散学校，使全体退学。夏敬观并在校出示开除全体同学以自豪，藉以见重于端方，至是双方冲突达于极点。当时于右任先生，闻此情形，并函责王敬芳谓‘士可杀不可辱’等语。”
其中上下派分的观念及意气之争已表露无遗。
1908年9月27日，校友会开大会报告校章交涉经过，监督夏敬观完全否认学生有权改订校章，并贴出告示警告学生。
集会演说，学堂悬为厉禁，本校前校友会初以为其专为同学恳亲而设，无甚妨碍以故未曾干涉，乃昨日忽用校友会职员等名称印发传单，莠言煽众，并于今日擅在教员休息室开会演说，职员临场即行拒绝，派员监临复不承认，似此学风殊于教育前途大有妨碍。兹查会场附从者数十余人，其中必多不悉内容，误听浮言，以为本校将改变公立之性质，但系被动，其情尚有可原，惟倡首诸人均系洞悉本校历年情形，乃纯用意气讬保全公立之名鼓动全体，若再任其自由行动，势不至于破坏本校不止，除将倡首诸人照章办理外，所有校友会以后不准再行开会，至于校友会报告所言账目等项，本校自应请董事会长张熊两先生派公正人来校清查宣布以昭大信。
同时，发布一道布告，开除主事的学生。
本校高等预科生说朱经、朱绂华倡首煽众，私发传单，侮辱职员，要挟发布所自改印章程，屡诫不悛，纯用意气，实属有意破坏公学。照章应即斥退，限一日内搬移出校。其余附从者姑从宽免究，以俟自悔。
9月28日，全体学生签名停课，在操场上开大会，议决数事：（一）辞退王敬芳；（二）要求取消开除二代表之公布；（三）举人至东京，请本校发起人共来上海另选干事；（四）章程一事应请本校发起人与董事会诸先生及本校舍监教员及公学代表共同议改；（五）公举代表请公正名人清查账项。
会议既定，方拟交涉。下午校方贴出布告，开除学生罗毅、文之孝、周烈忠等七人，并声言：“如仍附从停课，即当将停课学生全行解散，另行组织。”
次日，教师出面调停，想请董事会设法挽救，但董事会不肯开会。9月30日，学生大会遂决议筹备学校解散后的办法。
10月1日，学生开会商量学校解散后的办法，并准备痛打夏敬观和王敬芳一顿。校方得知后，招来印度巡捕持械守在门口准备对付学生。至此，双方几近动武，局面难以挽回。10月2日，董事陈三立出面调停，但其调停之法，以前此种种公布俱作为无，敦劝学生仍旧上课，干事依旧任事。同日，前任监督郑孝胥公开宣布对三干事的支持，称“张邦杰、王敬芳、黄兆祥三子，尽义务于中国公学，辛苦累年，天下皆知。甫有成立之望，而诸君欲排而去之，此真不义之举，社会所不容。中国人稍知礼义者，尚有郑苏戡在，决不能赞成诸君之所为也”
。
10月3日，学生复开大会，同学以为如此则王敬芳必不去校章必不改，而校事一复其风潮未起时之故态。大会议决派代表四人与干事诸君算清账目，要求退还膳学费及各生开办费藉于解散后不致有流离困苦之忧。下午，学校又出布告，“今定于星期日暂停膳食。所有被胁诸生可先行退出校外，暂住数日。准于今日午后一时起，在寰球中国学生会发给旅膳费。候本公学将此案办结后，再行布告来校上课”
。学校门口还有校方招来的印度巡捕守门，以防备学生之动武。
布告一出，群情激愤。167名学生决定退学，自办新学校，与旧公学相对抗。
此次风潮之发生起于学生要求维持学校公立的性质，但学校官办的事实已无法改变，怀抱共和理想的青年学生不愿接受事实，故退学另组理想学校。风潮中退学的学生推举干事筹备另创新校，此前校友会的干事朱经农、李琴鹤、罗毅被推举为代表，十日之内，即租定爱而近路庆祥里的一处房屋作为校舍，聘请教员开课，定校名为“中国新公学”。
中国新公学成立后，学生按原来的学校章程，实行自治，选举干事朱经农、李琴鹤、罗毅分别负责庶务、教务和斋务。中国新公学为了筹款，也成立了校董会，推举李平书为总董。新公学发展面临的最大问题是经费短缺，为节省经费，学校只能聘请高年级学生担任新生的课程，即便如此，学校还常常无法按时足额发放教师薪俸。据胡适回忆，新公学“经费实在太穷，教员只能拿一部分的薪俸，干事处常常受收房捐和收巡捕捐的人的恶气，往往因为学校不能付房捐与巡捕捐，同学们大家凑出钱来，借给干事处”。干事朱经农，曾因经费困顿，忧愁过度，以致神经错乱，欲投河死，幸被救起。
监督夏敬观力主严惩退学诸生，并禀请江督。两江总督批复，对夏敬观表示支持。江督批中国公学监督夏敬观请将破坏公学劣生惩处禀云：“中国公学之设，本部堂为培植人才养成士气起见，多方扶植，并集合官绅之力，得以有成，缔造经营良非易易。校中一切规程经前监督郑绅厘定以后尤为平允，公溥诸生等宜如何仰体官师裁成之意，切实遵守。据禀学生罗毅、朱绂华等欲校中设自治公会名目，擅改章程，要求发布，酿成九月初四日全体停课等情，设心破坏，实为无意识之举动，详阅折开各条开诚公布，立言得体，据称于九月十三日恢复秩序，照常授课，办理得宜，殊堪嘉许，所请究惩倡首诸生一节，查奏定学务纲要，各学堂犯规学生概不准更名改籍另投他处学堂，各学堂遇有斥退学生，应将该学生姓名籍贯事由详请督抚咨行本省外省各学堂，又学生故犯禁令希图退学，应追缴在学堂一切费用，惟保人是问各等语。该生等极端反对，鼓动风潮，照章施罚，实属咎由自取，仰该监督遵照办理，毋少宽纵。”
两江总督对于新公学的反对态度，也加剧了新公学募款的难度。
新旧公学并存，严重影响到旧公学的发展。最典型的例子就是新旧两公学争夺浙江省的津贴。1910年1月，中国新公学浙江学生具禀浙江巡抚，请停浙省准拨中国公学常年经费三千元，转用于新中国公学，并攻击旧公学有名无实，揭露其“腐败情状”。
7月，中国公学监督夏敬观请浙省汇补助公学常年经费。
应浙江省教育总会呈请，浙省决定“分拨一半助新公学”，由此引发两校的抗议。
为此，中国公学董事电浙江巡抚称，“近闻彼等辄禀各省大宪求止公学助款，始于疾视终以破坏，殊可寒心”
。可见新公学四处筹款，对旧公学形成压力。
新公学在艰难中维持了一年左右，几经调停，最终选择与旧公学复合为一。中国新公学虽募集到一些款项，但并不足以维持其运转，新公学的存在也影响旧公学的声誉。在新旧公学董事及干事的调和下，两校合并。校董熊希龄是推动新旧公学合并的重要人物，熊希龄是中国公学校董会的副董，同时又是中国新公学发起人之一朱经农的姑丈，对于新中国公学的维持赞助颇多。据胡适的回忆，熊希龄“对中国新公学就很同情，所以他肯写介绍信，给募捐的同学带到各省去”
。1909年7月6日，新公学干事罗毅到郑孝胥处，“商新公学诸生仍归中国公学事”，郑孝胥允与熊希龄商办此事。
7月8日，罗毅与张邦杰到郑孝胥处，双方同意新公学停办，学生并入旧公学之办法。但7月11日，郑孝胥接到中国新公学来书，称新旧公学合并事，校内已开会，公议作罢。
8月13日，新公学干事薛传斌、李琴鹤致书熊希龄，称江苏巡抚程德全允助新公学银三千两，专为建筑校舍之用。
9月10日，熊希龄致函郑孝胥，“中国新公学薛生来奉筹款，蒙程雪帅捐助规银三千金，但云须留充建筑校舍之款，不能作常年支费等语。兹将存义公汇票规银叁仟两，托陈树藩部郎带沪，并雪帅函送呈，均乞察收为荷。此次新公学学生在学部具禀立案，措词婉转，绝未损及老公学一语，龄颇嘉其所力，又以薛生等栖栖道路，情状窘迫，特为转恳雪帅，仗公之力，得捐此款，所以声明留充建筑费者，虑新公学学生之随意支销也。异日者，两公学感情浃洽时，再谋合并，则此款亦可为新中国公学还清外欠之需，于雪帅无分新旧之意亦相合也。此中微意，想邀洞及”
。
另据新公学教员王云五回忆：“到了上半年（1909年），新公学与老公学间，复合的机运日渐成熟，新公学拥有多数优良的学生，却缺少经费，老公学则拥有充裕之经费，却只有少数学生，而且程度远不如新公学的。于是调停人士益加强撮合，结果双方协定了若干条件，其中最重要者，一为所有新公学的学生成绩一律由老公学承认，已毕业者由老公学补发毕业证书；二为新公学一切债务由老公学偿还。”
1909年11月13日，新中国公学董事李平书及干事李琴鹤、罗毅与原中国公学董事郑孝胥、干事谭心休、梁乔山商议合并办法，“约定即日将庆祥里新公学房屋退租，学生皆移入中国公学，所有新公学欠款由公学分别缓急酌为认还”
。11月17日，中国公学开合并会。罗毅等人清点账目，“新公学亏一万一千元”
。11月18日，梁乔山来，以程德全所捐公学银三千两付之。
新旧公学合并，参与调停之事的重要人物中独不见监督夏敬观，而据郑孝胥日记所载，1909年8月31日，张邦杰来，商电留夏剑丞为监督事，并嘱王敬芳即赴南京见安帅。
9月12日，王敬芳来，示瑞澂电，令夏剑丞暂兼中国公学监督。
由此可以推知，在新旧中国公学商议合并前后，夏敬观拟辞去监督之职，可见夏对于此前的风潮仍心存芥蒂。另据张承槱回忆，“此次风潮以后，虽仅数月，双方意见经数度调解，又复合而为一，准许退学全体同学，仍回原校读书，但昔日由日本归国重要著名有党籍之分子，多数均不愿再回原校，俱叹学校精神已非昔比，逐渐官僚化也”
。胡适在题十月新校教员合影的诗中提到，“应有天涯感，无忘城下盟”
。表明当时部分学生坚持早先争自治的理想，而不愿接受合并的事实。胡适称新中国公学这一年是“为一个理想而奋斗，为一个团体而牺牲，为共同的生命而合作”
。不愿回老公学的还有林君墨、但懋辛、任鸿隽、唐桂梁、朱绂华、朱经农等人。
新旧公学风潮反映了清季新式学堂学生对于共和自治理想的信仰，而新公学难以维持的现实则突显了学生诉求的理想化。清季新式学堂学生在革命思想的熏陶下，追求民主自由，在校内要求自治，校外则与清廷疏离。但风潮的结果也反映了学生自治体制的困境，即欲求学校之发展须有官方的资助，而官方资助必然损害学校自治。1908年11月17日，中国新公学的学生谢尹、王谟、郭光济等人找郑孝胥，“言公立之中国公学不应改为官立事”。郑孝胥答称：“如学生能自筹费，不借捐款、官款则可；今‘公立’二字久已卖却，复何言乎？”中国公学性质的改变背后最重要的驱动力是经费来源的改变，故官方补助常款与学生自治实际上不能兼得而并存。