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中国公学是留日学生激于民族义愤，为抗议日本政府的取缔规则，而归国自办的新式学堂。仅凭一腔义愤并不足以使一所新学堂卓然自立，中国公学在困厄中屡屡绝处逢生是由于其创办宗旨恰符合时代的需要。正如中国公学创办者所言：“今日海内论者皆曰中国公学之创起，盖由于乙巳之冬留学生争取缔规则不得而停课而归国者之所组织者也。固也，然此特其表非其内容也。”
此处所谓“内容”实际上是指留学生归国兴学之真正目的，即纠留学运动之弊，树民立学堂之典范。
言及归国兴学之目的，中国公学发起者称，“至科举停，留学界人数骤增，谋出身者往焉，弋虚誉者往焉，并且营差缺矜冶游者，亦联袂东渡纷纷焉。以扶桑三岛为尾闾之泄，流品既杂，其不道德之行为，载诸新闻纸者，几至不堪寓目，留学生万金身价，盖将扫地尽矣。嗟夫！我中原以文明古国见重全球，而今不竞至低首下心求学岛国，抚衷自维，已足愧耻，乃复堕落。堕落受人嫚骂，贻羞祖国，自非木石，安能恝然”。出现上述乱象的原因，“实由于留学生多未受普通教育之故，而中国无完善普通学校”。为救济此种弊病，“斯时归国兴学之现象已跃跃于有心人之脑海中。虽无取缔规则，亦乌能长此终古者，取缔规则不过益促此机之成熟耳”。
中国公学发起者在上两江总督周馥的禀帖中，详述中国学生无普通之预备而留学日本的弊病。
究其害，亦有八端：普通学乃养成国民之基础，其中如地理、历史、伦理、国文等，最足发生人爱国心，若以此等教育授诸外人，则国民基础必难坚固，害一。学无根柢见异思迁，往往染媚外人蔑祖国之恶习，害二。国学不深成就难期远大，今留学既不一律，即预兆将来鱼目混珠，政界芜杂不端，而学生愈多，朝廷反难得人才之效，害三。于祖国历史之习惯，国民之程度，少所研究，学成归国，不免于强足就履，往往施诸实行，利不胜弊，害四。日本近有握支那教育权之说，闻之寒心，然平情思之，实我自取，夫教育为一国命脉，授权于人即难免有太阿倒持之虞，害五。留学普通，人既鄙我为无教育之国，且资格既浅，外人又因轻留学生，故遂生轻视全国人之观念，而贬损国体于无形，害六。目下东西洋留学生每年所费已不下五六百万金，且科举既停，又纷纷以留学为终南捷径，而日加未已，已成我中国一大漏，害七。日本之实业专门各高等各大学等科，非中国所能及，我若预备有素，不可不留学采择固己。至其专为我国人所设之普通速成各科学堂，秩序亦属紊乱，且教西洋文字者既音韵失真，即教日本语者亦有言语不通，比附不类之困难，且所讲各科既经翻译，上堂时刻旷废其半，反不如学之中国者之简便而详明，夫留学生涉远洋掷巨金以往，而所得乃不如本国，徒增国耻，害八。
纠正留学生无普通教育预备即留洋的弊病，实际上是当时朝野的共识。据清政府驻日公使杨枢1907年所撰《游学计划书》称，综计留日学生毕业人数，其中速成者占60％，普通者占30％，中途退学辗转无成者占6％—7％，专门高等者则仅居3％—4％，而入大学者不过1％而已。
1906年以前的情况大致相类。鉴于速成留学所带来的一系列问题，清政府有意停止速成留学生的派遣，而提高本国普通学校的水准。后来，两江总督端方在请拨中国公学经费的奏片中称，“查学部片奏内载嗣后京外派遣游学生，无论官费私费，皆应切实考验，性行纯谨，具有中学堂毕业程度，通习外国文字能直入高等专门学堂者，始予给咨。又准学部电开：预备游学之学堂，或独设，或合筹，应请察酌会商办理各等语。该公学宗旨办法，皆与相合”。
可见，中国公学兴学之初衷契合时代之需要，自有其发展之空间与前途。
纠正留学运动之弊病，何以不改造国内既有之学堂而要另创新学堂？据参与发起创办中国公学的王敬芳所言，中国公学的创办“隐然有二大涵义，一曰中国长此派遣学生出洋留学而不自办学校，终非久计。二曰创办与外国大学同等程度之学校，必集全国才智而为之，不可操自政府。前者为自树高深知识之泉渊，不复仰给外邦；后者，为委教育事业于社会，初不依赖国家”
。学校首任监督郑孝胥也有对中国各省所办学堂的批评，称其“纯用官场办事，毫无法度，遂成上下相贼之景象”
。故归国自办学堂，对外则表现自强自立，对内则是自我树立，打破成规，故须创立新校。
中国公学之创立虽如上所述与时代需求若合符节，但在创立之初少有人赞助，历经艰难困苦始得以保存。以后见之明而论，毋庸讳言，因取缔风潮而罢课归国的运动确系过激的非理性运动，
发起创校者对回国后可能面临的困难没有充分的估计，难免陷于困境，正如中国公学第一次报告书所言：“及今思之，凡所筹划何尝不详且明，而其卒也，竟无一焉，如所希望，从可知天下事求人之难，而处置之不易也。”
筹划兴学之初，发起者认为可恃者有如下数端：一是归国学生人数之多，二是留东学生之后盾，三是上书学部之请求，四是投书商学界巨公之希望，五是舆论之赞助。
然而这些只是理想而非事实。
原本罢学归国者有千余人，如此规模的群体行动，无疑是一种不可小视的力量。但1906年年初，清政府劝令归国抵沪学生迅速各回本籍，不许在上海逗留。驻日公使杨枢又发表通电，“限归国学生，近者一月内远者二月内，一体归东京上课，晚者官费生停费，自费生不送入学”
。于是“颜东渡者大半，穷蹙四散者，又半之。此负气之党，遂大为天下之所揶揄，其事殆近于儿戏”。
归国学生四散，或返回原籍，或东渡日本，使坚持留在上海的学生益形孤立。其次，国内官绅商学各界以及舆论亦不如预计的那样热心赞助，据发起者所言：“一般舆论则当我同人等初抵沪时，便已波谲云诡，谣诼横生。”致学部及商学界巨公书均销声匿迹，等诸幻泡。
最初的计划“既全不足恃”，中国公学“遂有孤军重围四面楚歌之势”。
对于维持学校发展而言，最重要的乃兴学之款项。据留日学生黄尊三所记，取缔风潮初起之时，“上海商会，亦来电愿尽招待之责”
。而到上海后却无人赞助，官绅商学各界皆犹疑观望，坐视中国公学陷于困境。归国学生原拟求助于沪上名流马相伯和严复，结果事与愿违。马相伯于1905年年底受两江总督周馥委派赴日，“安抚三江留学生，劝令照常上课，勿附和罢学归国之议”
。在苏绅劝谕学生的谈话中，马相伯表示，“日本此次新定留学章程，按其各条并无甚不合之处”，而留日学生之归国是“因同学有以强力相迫者势所不得不暂避其锋”。
由此可知，马相伯因反对留日学生罢课归国的举动，自然也不会赞助中国公学。留日学生致书上海总商会会长曾铸，请其协助，未有答复。此外，先后上书学部及各省学务处请将各省派遣学生的官费酌提若干作为兴办中国公学的经费，上书出洋考察宪政三大臣求其转呈学部拨款补助，均无收获。
中国公学开学不到十天，又发生江苏学生五十多人退学的风潮。
中国公学的师生，不忍同室操戈，始终退让，以“无辨息谤”，不愿兴笔墨之讼，以免为外人贻笑。虽经校方多方转圜，但江苏籍学生仍执意退学，并于4月9日另组健行公学。此事因省籍问题引起归国同人的分裂，退学学生登报攻击公学，使学校的形象大受损害。其时中国公学上书上海道瑞澂求其拨款援助，得瑞澂之褒奖。然因此次风潮爆发，沪上学界惑于攻击之语，对公学不能释然，而“瑞观察之热心阒无闻矣”
。
中国公学创办之初的困厄与清政府的阻挠和破坏有很大关系。驻日公使杨枢报告，“密探学生风潮，为孙文逆党煽动，借抵抗文部命令为名，现结死党三四百人，各携凶器胁众回沪，以租界为护符，实行革命，聚众起事”。湖广总督张之洞据此认为，取缔风潮“谋乱是实，其抵抗文部命令全系饰词附会”。于是，清政府饬令沪地方官对归国留学生加以管束，并派官员到沪负责遣散归国学生事宜。
据钱玄同1906年1月17日记，“是日闻阿兄说学生归国事，杨枢电告政府，言学生此次归国咸带凶器，意图革命，请速派兵舰至吴淞口截剿云云。政府虽不谓然，然亦命两江总督周馥调查。馥遣提督萨某往搜，一无所得”
。据胡适所作校史，“上海人士初见一大群剪发洋服的学生自办学校，多起猜疑，官吏指为革命党，社会疑为怪物。故赞助的人很少，经费困难”
。可见官方对归国学生的提防。在此氛围下，官方当然不可能赞助其事。
在向官绅商学各界求助均无结果的情况下，发起中国公学的全体学生只能转而求己，由学生捐款才得以开办。根据中国公学发起人在创办之初起草的《中国公学章程》，“凡学生入学时每人当先缴纳应捐开办费二十元，俟提拨巨款，经费充裕后截止”
。然中国公学虽勉强得以开办，但维持至为不易。参与发起创办中国公学的张承槱对创校之初所遭遇的困难，曾有较详尽的回忆。
当时组织中国公学，毫无基础，全体同仁，确遭遇极大困难，同情者虽多，而实际援助者除就地向上海总商会会长曾少卿募得数千元外，其他各界，毫无表现。全凭我数百人自己解囊相助，大多数困苦不堪，连自己生活都难于维持。经数百人东奔西走，各方张罗，穷数月之力，始稍有头绪，而校址尚为一困难问题，至翌年二月底，始租定越界筑路之北四川路底新靶子路一六〇号至一六五号三层西式住宅六幢，作为校址。每幢租银一百六十两，共计每月需付九百六十两。此顷房屋，为李鸿章所有，由外国洋行代为经租，电灯自来水，须另外付款，每一到月，必须付租，否则要迫令迁移。……但不幸成立数月，经费困难，达于极点，教员薪俸付不出，日用开支无着，而伙食将不能维持；最严重者，校舍两月房租未付，即将勒令迁移，是为极大威胁，全局势将瓦解。
如再无经费挹注，则临时租借之校舍亦将不保，初创之学校即面临瓦解之势。时负庶务之责的姚宏业
即因此忧愤不已，蹈黄浦江以殉中国公学，其绝命书缕述中国公学创立之意义及维持之困难，吁请各界赞助学校。
姚宏业在遗书中，谈及发起创校同人之艰难，“人情所最畏者祸耳，当客岁初归国时，蜚语四起，留学生居上海者俱有头颅不保之虞。我同志为兴学故弗顾也。人情所最思念者室家耳，谁无父母？谁无妻子？客岁归国之同学皆归家一探问，而我同志为兴学故旅居沪上无一归者。人情所最不忍牺牲者学问耳，而我同志之留学也，又多半官费，且多寒家，自费不能留学，一不东渡，势必官费裁撤。而我同志等为兴学故，置裁撤官费而不恤，是不惟牺牲目下之学问，并将来学问亦牺牲之矣。人情所最嗜好而终日营营者权耳，而我同志等之组织此公学也，以大公无我之心行共和之法。而各同志又皆担任义务，权何有？利何有乎？”由此可见创校诸人牺牲之种种，而“所以一切不顾，劳劳于此公学者，诚以此公学甚重大，欲以我辈之一腔热忱，俾海内热心之仁人君子一同维持我公学成立，扶助我公学发达耳”。但开办以来，“海内热心赞助者，除郑京卿孝胥等数人外，殊寥寥。求助于政府无效，求助于官府无效，求助于绅商学界又无效，非独无效，且有仇视我公学，诽谤我公学，破坏我公学者，我同志等虽拮据号呼，然权轻力薄，难动听闻”。姚宏业以“不忍坐待我公学破坏”而“蹈江而死”，留下遗言，希望诸同学、同事“振起精神，尽心扩张，无轻灰心，无争意见。于各事件不完者补之，不良者改之，务使我中国公学为中国第一学堂，为世界第一学堂而后已”。希望同胞“贵者施其权，富者施其财，智者施其学问，筹划以共维持扶助我中国公学”。
当时报载，“据详知烈士者云，烈士此次之死，其原因不一，而筹款一层居一大部分，因烈士担任湖南捐款，先湖南各款认捐统计已有四万元后忽变局，由四万而减至二万五千元后，连二万五千元而又不果。于是烈士心灰气阻，兼之有各种感情，故激而出此。呜呼痛哉！想海内君子当亦必为之深痛矣”
。姚宏业因筹款受挫而蹈江，其牺牲引起社会同情，对于中国公学筹款大有助益。
姚宏业的尸身和遗书于1906年4月13日被发现之后，社会各界大受震动，于是赞助中国公学的人稍多，同志诸人受他深刻的刺激，振作精神，向各处奔走求助。5月12日，中国公学在上海颐园开追悼会，绅商学界到者颇多，群相哀烈士志，筹所以助公学者。
时论谓“公学不成，吾中国此后决无一可成之事”，故“吾同胞生死所系在公学与中国诸事之成不成耳。近之义者，或曰国民宜捐助公学，以慰烈士之死。或曰宜募集烈士吊仪作为公学费，以体死者之心”。
除同情之私人解囊相助外，各省如湖南、四川、广东均认捐款项助学，海外华侨陆续捐款者亦不少。
中国公学之厄运，因姚宏业之牺牲，得以挽救。蔡元培曾提到，姚宏业“因奋斗失败而自杀”，当时学校“经济困难达于极点，他用尽方法总是无效。他想办的就是中国公学，然而总没有能力去开办，他想绝望了，就投黄浦江而死。……他这一死，也激动了许多同志，后来居然成功”。
胡适就自称是“当时读了姚烈士的遗书大受感动的一个小孩子”，于是选择转到中国公学读书的。
姚宏业的志愿虽然没有亲身达成，但有人替他达成了。
中国公学创校学生多为取缔风潮中的激进派，原本以罢课归国为反对不成之最后办法，不料最后变成事实。因计划未周，事实与理想差距过大，坚守初衷的“负气之党”在创校之初经历了常人难以想象的各种困难，然之所以历万难濒死而得生，则得益于发起诸人的坚忍不拔。诚如郑孝胥所言，创校诸人“其所经营计划者未必尽当而无失，成而无败，惟善用民气者然，失而有道，败而可救，观于公学之成立，则士气之可用信矣”
。捐助人林晴波也认为，“诸君子当危疑震撼之交而艰难缔造以成就此莫大之中国公学，此其心甚苦而其志之诚则可贯金石”
。