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中国大学的起源与民族国家观念的兴起有着密切的关联，中国公学的创立就是此种时代趋向的直接产物。中国公学之创立源于民族主义运动，其区别于当时国内其他新式学堂的特质亦源于此。
甲午战败开启了中国向日本学习的序幕，加上清政府奖励游学的政策以及留学日本的便利，到20世纪初开始出现留学日本的高潮。据时人言：“十余年来，国耻重叠，爱时之士知非吸收海外文明必不足以自存于物竞惨酷之秋，日本为东亚新进国，与我神州有同种同文之关系，且以同洲故壤相接也，间接吸收西洋文明，形势为便。于是日本遂为我中国留学生之第一出产地，而收效之伟，亦莫与伦比。”
到1905年科举废止，留日学生人数骤增。据统计，1901年，留日学生为280余人，而到1905年冬，人数已超过8 000人。
正当留日运动达到高潮之际，留日学界却发生因抗议日本文部省颁布的取缔规则而罢课归国的风潮。
中国公学的创立直接导源于取缔规则风潮，如当事人所言：“欲记本校成立之历史必追源于未成立以前之种种原因，其真相始可得而见。”
故欲重建中国公学创立之历史，追本溯源，必自取缔规则风潮起。
1905年11月2日，日本文部省颁布《关于许清国留学生入学之公私立学校之规程》，该规程共有十五条细则，其中：“第九条、受选定之公立或私立学校，其供清国学生宿泊之宿舍或由学校监管之公寓，须受校外之取缔。第十条、受选定之公立或私立学校，不得招收为他校因性行不良而被饬令退学的学生。”
日本文部省颁布《取缔规程》的本意在于“一面励行监督此类学校，一面谋求刷新堕落学生之道”
，即整顿不合格的公私立学校，取缔品性不良的留日学生，以提升中国留日学生的教育品质。但在中国留日学生看来，这两条规定涉嫌限制自由，且伤害民族自尊，由此引发中国留日学生的大规模抗议，并进行集体罢课，最终演变成大规模的退学归国的风潮。
《取缔规程》颁布后，日本各大报全文刊登。至11月26日，中国学生留学的各校贴出布告，要求所有中国留学生于29日前将原籍及现住地址、年龄及学历等情形一律上报，逾期不报，若发生不幸事件，自行负责。布告一出，舆论大哗，各校及各省学生代表于留学生会馆集议，拟有所表示。
留日学生总会召集干事及各省分会代表，连续集议，最后撰成《学生公禀》，于12月1日上呈清政府驻日留学监督杨枢。
学生的公禀认为日本文部省颁布取缔规程之“用意至为美矣”，但第九条关于寄宿之规定，于中国学生之经济、求学、卫生、兼学皆有损害，第十条性行不良一语，意义默然，恐生陷害，启争端，故上书监督，请照会日本外务省转咨文部省，请其将规程第九条及第十条允予取消。
驻日公使杨枢随后将禀帖转呈日本外务省，提出修改取缔规则的要求。但未等日本文部省回应，留日各省同乡会即议决停课抗议。
其时留学生会馆的干事长及主要职员大多为立宪派，对于取缔规则主张采取和缓的抗争方式，而革命派认为取缔规程的背后是清廷与日本勾结打击革命党的阴谋，故主张采取激烈的抗争方式。
在革命派的鼓动下，各校学生开始采取激烈的抗议方式。12月1日，湖南西路同乡会开会，商议应对取缔规则事，弘文书院学生提出，“日本政府专与留学生为难，不尊重吾辈人格，如不取消取缔规则，宁全体退学”
。12月3日，留学生会馆召开各省留学生代表会议，议决：由各校代表和会馆干事一同前往清政府驻日使馆，要求彻底取消取缔规则。12月4日，湖南西路同乡会召开全体会议，讨论抵制日本取缔规则事，“群主张以停课要求，若日本政府不许，则全体退学回国”
。当日，弘文书院学生致书各校留学生，谓该校本部及分校的留日学生皆已开始罢课，呼吁各校集体罢课。12月5日，主张罢课的各校成立联合会，议决，“吾人认定此事如不能达到目的，就唯有行使自由归国之权利。然即使归国，亦应集体行动。否则，会招致外人之讪笑，讥为一盘散沙。吾人复请诸君坚定团结，以整然之秩序归国。勿失我辈留日学生之人格”
。至12月7日，京都各校留日学生以及各地女校之留日学生群起响应罢课，并前往东京汇合。同日，联合会总代表胡瑛，请驻日公使杨枢与日本外务省交涉，要求文部省完全取消《取缔规程》。至此，留日学生的要求从修改取缔规则变为完全取消，且声言不取消则全体退学归国。
12月8日，日本文部省发表《省令趣旨说明》，重申其宗旨“原为监督此等学校起见，并非羁束清国学生”，并对大部分条款尤其是第九、十两条做出了详细而明确的解释，但并无废止或修订此规程的表示。
日本政府对于留日学生的抗议采取强硬态度，且日本的报纸对中国学生的批评也日益增多，受此刺激，留日学生主张退学归国的呼声日渐高涨。
留学生内部“反对归国派”为前途计，主张不应放弃学业，但遭激进派强烈反对。12月8日，陈天华投大森东滨海峡而死。陈天华之死，被建构为因“取缔规则”而死，事件迅速升级，一时人心震动，群情激愤，成为推动留日学生集体归国的一个近因。
12月10日，湖南同乡会开会，议决湖南全省留日学生一律退学归国。随后，各省同乡会多数与湖南取一致态度。日本文部省的强硬立场和陈天华投海自杀，刺激了留日学生的情绪。12月10日，留学生总会商议归国事，到会者数千人，一致决议退学归国。
《各校联合会公报》的第三号中有《归国办法》与《善后办法》，此两项办法详细列举了归国留学生的组织和计划。
第一项：归国办法
1.全体学生一律准备归国。
2.商船开轮一次，为归国一次。每次派招待两人，经理船票、行装等事。
3.每次归国之学生，就中举代表一人，经理一切。每二十人以上，就中举纠察员一人，整理秩序。
4.每次归国时，由招待员于购票时记明姓名，报告总会。
5.每次归国学生，由代表人记录姓名及通讯地址，交在上海总会假定事务室。
6.在上海设立留学生假定事务所。
第二项：善后办法
1.由本会将归国理由报告学部。惟各省学务处由各省各会照本会报告之理由报告。
2.要求学部将北京派送留学生之官费给与本会，办理上海专门高等学校。各省派送留学生之官费，由本省分会请领，在本省开办普通学堂。但上海学校经费有不足时，由各省筹补。
3.开临时总会，由干事及各职员长联合会选举特派员二人，赴北京办理一切事务。各省分会选举特派员，向本省学务处商办一切事宜。
4.推选开办起草员二人，教育起草员六人，研究学校办法及教育方法。
5.专门高等学校之教员，聘外国人充当。普通学校教员，本国学问程度最高者充当。
6.由本会要求公使电致北京及各省，认明此次特派员回国之理由及其事件。
7.全体归国后，即移本会于上海作总机关，各选举职员为相属之分机关，以便统筹全局。
从《归国办法》的计划看，留日学生的归国系有组织的行为，负责的组织即留学生总会。留学生总会成立于1902年，全称“清国留学生会馆”，会馆以各省同乡会和各校校友会为基础联合而成，会馆设立干事会和评议会，干事由投票选举产生，半年改选一次，不得连任，评议会由各省选举代表充任，负责日常监督。留学生会馆是留日学生的综合性自治组织，对内担负接待新生的义务和约束留学生的责任，对外代表留学生争取权利。
取缔规则事件初起时，留学生会馆的干事和职员大多是温和派，主张协商解决。1905年12月4日，留学生总会进行改选，此前温和派的职员大多落选，主张激烈抗争的一派占据上风。此后温和派于12月24日组织维持留学同志会，反对归国，主张复课。而归国派以各校联合会和总会会馆为组织。
留学生会馆实则成为此后中国公学创校的枢纽机关，中国公学不分省界的公共性以及自治的传统与留学生会馆的组织模式有深刻的关联性。
《善后办法》明确了归国自办学校的计划，用学部官派留学的经费在上海创设专门高等学堂，用各省学务处的留学官费在各省办普通学堂。就办学经费来源而言，拟创办的学校乃官办，就教育层次而言，在上海的学校系高等学堂。
经联合会的鼓动，大量留日学生归国。据1905年12月20日的《各校联合会公报》记载，“大概已归国者，已写票者，实逾二千人外矣”
。《申报》12月29日报道，归国人数计有“三千余人”
。据《中国公学史略》所记，当时归国学生近千人。
各说不一，史略所记或更接近事实。
1905年12月10日，留学生总会推举刘棣英、吴勋、朱剑、王敬芳四人担任招待，到上海筹划兴学事宜。12月21日，刘棣英、吴勋、王敬芳等人抵沪。12月26日，留日学生总会设事务所于派克路东升里。1906年1月9日，留学生总会事务所开第一次各省代表会议，选举总会职员，正干事刘棣英，副干事朱剑，庶务廖嘉淦、吴勋，会计姚宏业、王敬芳，书记于右任、张石、唐演、吴仲旗，调查瞿钺、朱葆康、孙衡、吴枬，招待高裕文、龚威。留学生总会由日本移至上海，“与各省同乡会相联络，相提携，招待归人，调查行踪，为计划兴学之基础”
。
1906年1月12日，日本文部省采取和缓措施，部分修改取缔规则条款，清政府驻日留学监督也要求所有归国学生返日复课。1月13日，留日学生会馆召开第二次各省代表会议，议定行止，议决：“我辈归国初心为兴学耳，勿论东京交涉为失败之交涉，纵不失败，长此俯仰随人，长依赖外人之根性，堕独立国民之精神，非丈夫也，我辈只知兴学挽回教育权耳，不知其他。”
同时以多数之决议为兴学之初步，决定创办学校于上海，定校名为中国公学。中国公学的创立起因于取缔规则风潮，自始即与国内一般学堂不同，其创办目的具有鲜明的对外性质，强调自立自决，其创校主体是来自各省的留日学生，故而没有狭隘的地域性，有此二因，故名之为“中国公学”。1月17日，第三次各省代表全体会议召开，选定中国公学职员。1月20日，举郭果能、安永昌赴日聘请教员，一面置办校具为开学之筹备，一面举谭心休赴湘筹款，刘棣英亦赴南京筹款。
清末留日学生赴日的路线大多是从内地到上海，再由上海乘海轮东渡，尤其是四川、两湖地区的留日学生基本是循这条路线赴日的，由此上海成为留日学生群体流动的一个至关重要的枢纽。取缔风潮发生，留日学生归国欲自办学堂以求自立，各省学生既未返回原籍，也未在北京或其他通都大邑办学，而选择上海。之所以选择上海：一则是考虑到上海作为口岸城市商贸繁荣，可以争取到较多的办学资源；二则与上海在清末海外与内地的网络格局中的枢纽角色相关，这种枢纽角色源于交通的沟联作用，上海因此成为人员、信息流通的落脚点、聚集地和转运枢纽。
1906年2月28日，中国公学正式开学授课，总计收学生260余人，分有高等甲、乙两班，普通甲、乙两班，另有师范班、理化班。3月4日，学校在虹口新靶子路租定校舍。同日，行开校礼，至此中国公学终告成立。