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90多年的历史见证了南京大学人文地理学科发展的辉煌成就，彰显了南京大学人文地理学科对于中国当代人文地理学发展的突出贡献。在过去的90多年里，南京大学人文地理学科大致经历了三个发展阶段，即三个30年。
从1919年南京高等师范学校设立文史地部开始，到新中国成立初期院系调整为止，在这30多年的时间里，南京大学近代人文地理学科的先辈们，积极引进国外人文地理学前沿理论，在国内开始了初步的实践，一直引领着中国近代人文地理学科建设与发展的方向。介绍“新地学”、“韦伯区位论”，讲授欧美的“人地学原理”、“人生地理”以及区域地理、世界地理、政治地理、历史地理、边疆地理和建设地理等，阐明近代科学地理学的新内容与新方向，构建了中国近代人文地理学学科体系。1931年九·一八事变前组织了东北地理考察团，随后又开展了云南、两淮盐垦区考察以及内蒙古、青藏高原等地理考察，以及西北五省铁路旅游、京滇公路六省周览等考察，均开近代中国地理考察风气之先，野外考察和实践不仅有助于验证新地理理论和技能，更使得我国古老的地理学开始焕发出密切联系国家建设和社会进步的青春。1934年在校老师竺可桢、胡焕庸、张其昀、黄国璋等先生发起成立了中国地理学会，以弘扬地理科学、普及地理知识，随后又创立了我国最重要的专业学术专刊《地理学报》。由于学会自成立至1950年一直挂靠在南京大学（中央大学）地理学系（先后由竺可桢、胡焕庸任理事长，张其昀、胡焕庸、李旭旦、任美锷任总干事），南京大学成为当时全国地理学术活动的组织核心，成为全国的地学研究中心。作为近代中国人文地理学科发展的奠基者，这一时期的南京大学也孕育了一批人文地理学科的先驱和大师，他们中的杰出代表有胡焕庸、张其昀、任美锷、吴传钧、李旭旦、黄国璋等。南京大学人文地理学在保持自身发展兴旺的同时，向全国输送大量优秀人文地理学者，带动了中国人文地理学的发展。因此，这一时期，南京大学人文地理学构成近代中国人文地理学的发源地和人才培养的摇篮。
从新中国成立初期，到20世纪70年代末80年代初的30年左右时间里，同其他高校和相关院系一样，南京大学地理系在曲折中时而顺利、时而艰难地前进。一方面，在国家百废待兴的时刻，南京大学地理系强调教学联系实际，注重为生产发展服务，积极承担起全国性的科学研究和生产任务，广泛参加新中国成立以来的铁路选线、综合考察、水利建设、流域规划、农业区划、工业布局和城乡规划等大规模社会主义建设。正如时任南京大学教授的宋家泰先生所言，包括经济地理学、人文地理学在内的整个地理学，应该发展成为“一门极富于建设性，理论密切联系实际，为经济、社会发展服务的应用性科学，经济地理学、人文地理学的发展一定要和我国社会主义经济建设和生产实践紧密结合起来”。在此定位下，南京大学地理系通过践行为经济社会生产服务，不仅为地区的开发建设提供了决策上不可或缺的参考，而且有力推动了自身学科前进，使人文地理学的教学和研究进入一个广阔的天地，并得到进一步的发展和壮大。另一方面，也曾因全盘地学习苏联，彻底否定人文地理学，将地理学简单划分为自然地理和经济地理两部分，过分强调基于生产关系和经济统计的经济地理学，使教学内容比较单一化，在一定程度上对人文地理学科发展造成了消极影响。此外，又备受“左”倾路线的干扰，特别是在“文化大革命”中受到很大挫折，人文地理学的有关课程也被迫停开。即便如此，富有教学和科研传统的南京大学，仍然为中国近现代人文地理学科培养出宋家泰、张同铸以及曾尊固、郭来喜、佘之祥、沈道齐、毛汉英、郭焕成、崔功豪、包浩生、林炳耀、彭补拙、郑弘毅、虞孝感等一批时代精英。
3.20世纪80年代初期至今：“大人文地理科学”的蓬勃发展和国际化趋势20世纪80年代初期以来，国家实行改革开放政策，南京大学人文地理学科进入了迅猛发展的黄金时期。地理学在服务于经济和社会发展方面获得了广阔的天地，政府有关部门对地理科学的应用性有了新的认识，应用领域的发展直接推动了学科的前进。学科发展方面，在21世纪城市化迅速发展的背景下，人口（包括城市）、资源、环境与可持续发展问题已成为广义“地理科学”研究的重要领域，这些问题需要地理学、建筑学和规划学等交叉学科联合攻关，以人地关系为主要内容的新方向得到大家的重视。与此相适应，由任美锷先生早年提出的“大人文地理学”学科发展思想成为新时期南京大学人文地理学科发展的核心思想。
目前，南京大学人文地理学科业已形成了以地理学、城乡规划学为基础学科，以建筑学、经济学、历史学、社会学等学科为交融的新“大人文地理科学”学科体系。整合资源成立了一系列重要的人文地理研究机构，包括区域发展研究所、旅游研究所、城市规划设计研究院、南京大学—江苏省国土资源厅国土资源研究中心等。这也正是对南京大学综合性大学多学科交叉优势的充分利用与特色彰显。南京大学以此为基础，在弘扬人文地理学科传统优势的基础上，通过“融入前沿、综合交叉、服务应用”的大人文地理学科发展理念，正积极建设和发展“南京大学人文地理研究中心”。南京大学人文地理学科紧跟国际学科发展前沿，瞄准国家发展需求，各分支学科蓬勃发展。城市地理、经济地理、旅游地理、交通地理等传统优势学科持续发展的同时，积极探索农户行为地理、社会地理、信息地理、企业地理、文化地理、女性地理等新的研究领域。
新时期，南京大学人文地理学注重国际视野和国际影响，积极走向世界。南京大学非洲研究所作为全国设立的第一批外国问题研究机构，顺应经济全球化趋势，目前已将非洲研究扩展到全球战略研究和中外比较研究，成为我国世界地理研究领域的重要基地。南京大学人文地理学不断扩大国际交流与合作，如与法国巴黎第十二大学建立了“中法城市·区域·规划科学研究中心”、与澳大利亚西悉尼大学建立了“虚拟城市与区域开发实验室”，与美国南卡罗来纳大学、英国Bournemouth大学签订了旅游学研究合作备忘录，以及若干国家和地区的人文地理学科领域优秀学者之间的互访与合作，使得南京大学人文地理学科的教学和研究内容不断趋向前沿，与国际日益接轨。
这一时期，南京大学为国家经济建设、科学研究和地理学教育输送了大批骨干人才，如顾朝林、石楠、陈雪明（美）、陈田、丁金宏、杨保军、陆林、苗长虹、吴缚龙（英）、杨桂山、陈雯、张小林、张捷等。南京大学人文地理学为全国人文地理学科研和教育机构输送了大量中青年优秀人才，分布于中国科学院、香港大学、清华大学、中国人民大学、浙江大学、中山大学、武汉大学、兰州大学、同济大学、东南大学、厦门大学、山东大学、云南大学、河南大学、北京师范大学、华东师范大学、南京师范大学、东北师范大学、陕西师范大学、福建师范大学、江苏师范大学等教育科研机构。
南京大学人文地理学科产生了中国人文地理学首位国家自然科学基金杰出青年基金获得者——顾朝林，国家级教学名师——李满春，国家自然科学基金重点基金获得者——顾朝林，国家社会科学基金重大项目获得者——黄贤金，全国青年地理科技奖获得者——李满春、濮励杰、张京祥、甄峰、罗小龙，教育部“新世纪（跨世纪）优秀人才培养计划”基金获得者——顾朝林、李满春、濮励杰、黄贤金、张京祥、甄峰。