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吴传钧先生也对区域研究中的行政区划和城市发展等要素进行了深入的研究。
早在1944年，他就在《国是月刊》上发表了《论缩改省区》的文章，就省的意义、历代省制演变、现行省制和省区缺点、新省区数、新省区划分原则、新省区命名和省治选定、新省区设计等进行了深入研究。1986年在开展国土规划研究时，又发表了《我国行政区划的沿革及其和经济区划的关系》一文，系统地论述了行政区和经济区差别、我国历代行政区演变、改革行政区等问题，并提出了调整行政区原则、一级行政区规模、行政区与经济区和中心城市关系、行政区与自然地理区关系以及省区以上设置大行政区的建议。
早在1951年，吴传钧先生根据自己的实践经验就发表《怎样做市镇调查》一文，不仅对市镇进行定义，而且具体论述了市镇调查的主要内容，包括位置、居民、工商业、市镇度、历史发展等，通过调查发现它们的关系，了解整个市镇的经济特征和发展规律。1983年在联合国大学和中国科学院联合召开的“区域开发规划”国际学术研讨会上，作了“北京的城市规划问题”（Urban Planning Problems in Beijing）的演讲，重点论述了工业化、城市化、城市结构、多样化城市功能，以及城市发展问题如不平衡的城市结构、环境污染、水资源短缺和郊区农业衰退等，提出城市增长控制、城市建设转向、老城区转型和强化与周边腹地关系等建议。在1987年英国曼彻斯特的中英双边城市地理学术讨论会上作“论中国城市发展”（The Urban Development in China）的专题演讲。