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土地利用计划作为土地政策参与宏观经济调控的重要手段，对抑制过度开发和有效保护耕地发挥了良好的作用 [11-12] ，但随着我国经济社会的快速发展，土地利用计划的区域结构、城乡结构、时间结构都存在着一定的矛盾和问题。
我国土地利用计划管理遵循保障发展和保护耕地两大原则，但计划指标并没有覆盖全国国土范围。目前纳入土地利用年度计划的指标主要有新增建设用地指标、土地开发整理计划指标和耕地保有量等，而对填海造地、集体土地等如何纳入统一的计划管理范围尚处于探索阶段。海洋空间是沿海地区经济社会发展的基础和载体，早在2002年国家就开始规范围填海审批。从2011年开始，国土资源部在下达土地利用年度计划时将建设用围填海计划同时下达；2018年，国务院全面停止新增围填海项目审批。虽然我国全面从严管控围填海，但海洋空间利用应该处理好保护和发展的关系，将海洋空间利用纳入统一的计划管理范围，才能既保护好海洋资源，又保障经济高质量发展，实现海洋空间资源节约、高效、绿色利用 [13] 。此外，随着近些年经济的飞跃发展，农村集体建设用地作为资产的性质逐渐显现，自发流转农村集体建设用地的行为在广东、福建、浙江等发达地区屡屡发生，随着新修订的《土地管理法》开始实施，应该尽快将农村集体建设用地纳入国土部门对土地资源的统一计划管理 [14] 。
在土地利用计划制定过程中，主体仅为政府和土地行政主管部门，规划采取“自上而下”的单一纵向的方式 [4] ，容易造成弹性与活力不足，缺乏灵活性 [15] 。在土地利用计划的编制、实施及监督过程中，政府与使用土地的公众在互动上的微弱，导致土地规划缺乏各相关主体的利益权衡 [16] 。省级预留土地利用指标较多，加大了用地审批强度，延长了报批时间，进一步降低了计划的弹性和活力。与此同时，采用因素法分解指标，虽然尊重了历史传统，但对当前用地需求考虑不足，特别是经济由中高速增长转为高质量发展阶段后，创新成为经济增长的动力，资源依托型地区发展则面临许多困难，部分城市甚至出现收缩，再以历史数据为依据分解土地指标显然是不合适的。此外，中央与地方、地方与项目之间的信息不对称，会导致计划用地指标与实际项目需求难以精准匹配 [9] ，但又尚未建立一套行之有效的指标调节或交易方案，分配中的不匹配问题缺乏消化解决机制。
土地利用计划存在区域间和城乡间的用地结构性矛盾。2014年，原国土资源部印发的《关于推进土地节约集约利用的指导意见》提出，严格核定各类城市新增建设用地规模，适当增加城区人口100万~300万的大城市新增建设用地，合理确定城区人口300万~500万的大城市新增建设用地，从严控制城区人口500万以上的特大城市新增建设用地。但经济向特大城市、省会城市集聚态势非常明显，两者不匹配。我国以城市群为单元的区域经济正日渐成为中国经济发展的重要载体，人口增长又是城市发展的重要因素。改革开放以来，人口大量流向东部尤其是京津冀、长三角、珠三角等地区。从新经济分布状况看，未来相当长一段时间内东部沿海和中西部省会城市都将是发展的重点地区。但为了支持中西部贫困地区经济发展，我国多次出台相关政策和规划，加大对其新增建设用地指标倾斜力度。这在一定程度上造成建设用地指标和区域人口规模、经济体量间的错位，使得区域间建设用地结构性矛盾突出。与此同时，城乡建设用地结构性矛盾也十分突出。人均农村居民点用地规模远高于国家标准，农村居民点用地所占比例偏大而城镇用地所占比例偏小。然而在实践中，城镇建设用地需求快速上升，供求缺口巨大，而农村建设用地需求则相对较低，城乡用地结构失衡。
自土地参与宏观调控以来，调控手段和工具不断完善，取得了较好的成效，但年度土地利用计划总量基本稳定，对宏观经济变化体现得较弱，土地指标管理未能充分体现年度供需变化和不断变化的经济环境、市场环境。地区土地利用年度计划管理中存在有些年份土地利用计划指标供不应求，有些年份土地指标被低效使用甚至闲置。此外，用地计划对经济波动的反应相对迟缓。例如，当前涉及农用地转用的项目，申报用地必须预先确定地块用地规模、位置和用途，按区块汇总后上报用地需求量和用地类型后由省级人民政府批准，而地方国土资源部门只能根据各部门提供的意向性项目进行用地预测，但项目本身受市场影响具有可变性，申报与实际情况可能并不完全一致，出现批而未用、批而未供的现象，进而影响后续指标分解和下达 [17-18] 。