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1999年《土地利用年度计划管理办法》颁布实施以来，土地利用年度计划指标管理制度在实际运行过程中不断调整优化，经过先后三次修订，管理方式逐渐成熟，被纳入国民经济计划协同管理，提高了法定效力，通过耕地保护、宏观调控、总量控制和支持发展等方式嵌入国家经济社会发展大势，通过强化国家和省两级统筹保障重点项目用地，并调整优化指标下达方式以及允许指标交易来增强指标管理的灵活性，积累了良好经验。
年度国民经济和社会发展计划是对五年发展规划的细化，主要对当年全国重点工作任务做出安排。把土地利用年度计划纳入国民经济和社会发展计划协同管理，显著提高了其在土地管理领域的法定效力。在1999年颁布管理办法时，只是规定全国土地利用年度计划由原国土资源部会同国务院有关部门编制后报国务院批准，并未纳入年度国民经济发展计划。随着2003年土地管理政策收紧和土地参与宏观调控，《办法（2004）》要求将全国土地利用年度计划草案纳入年度国民经济和社会发展计划草案。而年度国民经济和社会发展计划草案需要在每年召开“两会”时，由全国人大审议。这种协同管理赋予了土地利用年度计划法律效力，使其从部门计划上升为国家计划，大大增强了实施约束力。2006年修订的管理办法基本沿用了这一规定。同时，考虑地方实际用地需求发生在全年，而通常全国“两会”在3月份召开，土地利用年度计划到5月份正式下达，有一定的时滞，《办法（2006）》中规定在当年新增建设用地指标下达前，各省（区、市）可以按照不超过上一年度新增建设用地计划指标总量的 50%预先安排使用。
在完善和强化土地管控的同时，土地参与宏观调控的作用也逐渐凸显，通过差异化的指标安排来支持重点领域发展，深度嵌入国家经济和社会发展大势。2003年，开发区治理整顿被视作是土地调控政策的应急性启动，随后出台的一系列调控政策要求将土地宏观调控措施和以往的信贷调控手段一同使用，土地与银行信贷成为宏观调控的“两个闸门” [5-6] 。2004年出台的《关于深化改革严格土地管理的决定》意味着土地政策参与宏观调控的正式确立，土地利用年度计划指标的职能也从单一服务于土地资源特别是耕地的保护，逐步转向同时服务于耕地保护和宏观调控 [7] 。为更好服务国家经济和社会发展，2016年修订的管理办法中提出，土地利用年度计划管理要严格执行国家区域政策、产业政策和供地政策，优先安排社会民生建设用地，保障国家重点建设项目和基础设施项目用地，这一要求在每年的全国土地利用计划中得到体现。例如，在2016年的土地利用计划中，提出充分发挥土地计划的引导调控作用，积极服务供给侧结构性改革，坚持区别对待、有保有压的原则，通过差异化的指标安排来支持重点领域发展。为助力脱贫攻坚，2016年我国还为国家扶贫开发工作重点县每县专项安排600亩新增建设用地计划指标 [8] 。
土地利用年度计划指标由国家和省两级统筹，国家确定全国用地计划指标并对重点项目单独列出，省级在获得国家下达的指标后在省内进行逐级分解，这在1999年颁布管理办法时就已确定下来，在后来的历次修改中不断加以强化。在国家统筹方面，《办法（1999）》规定重点项目用地和地方用地分两类提出用地计划；在《办法（2004）》中，重点建设项目用地不再下达地方，直接在国家层面统筹；在《办法（2016）》中，进一步扩大了国家统筹的范围，将此前管理办法中均未涉及的军事用地纳入计划管理范围。省级统筹能力通过历次修订获得明显增强。在《办法（1999）》中，省级基本上只起到指标上传下达的作用；在2004年，允许省级预留少量的机动指标用于不可预见的重点急需项目，给予省级一定的调控空间；在2016年，明确规定各省应当根据省级重点建设项目安排、建设项目用地预审和市县建设用地需求，合理确定预留省级的土地利用计划指标和下达市县的土地利用计划指标，直接赋予了省级预留指标的权利，显著增强了省级分解土地利用指标的灵活性，统筹能力大大提升。
土地利用年度计划指标管理是一种自上而下逐级分配土地利用指标的方式 [9] ，在长期探索过程中，主要通过调整优化计划下达方式提高初次分配的合理性，并通过允许市场化的土地指标交易实现结余指标的再次分配，不断增强利用指标管理的灵活性。在计划指标的下达方面，2016年以前，都是确定当年的土地利用计划和指标，而在2016年修订管理办法后，开始以土地利用总体规划为控制，实行3年滚动编制、分年度下达的方式。同时，还通过强化考核，把考核结果与指标分配挂钩的方式，优化指标分配和使用。在新增建设用地管控趋严的同时，非新增建设用地计划指标管理则呈现出愈发灵活的“市场调剂”趋势。2016年提出允许集中连片特困地区、国家扶贫开发工作重点县和贫困老区，将增减挂钩节余指标在省域范围内流转使用。2017年出台的《关于支持深度贫困地区脱贫攻坚的意见》，以及2018年出台的《跨省域补充耕地国家统筹管理办法》《城乡建设用地增减挂钩节余指标跨省域调剂管理办法》，开始明确支持地方在省域内甚至跨省域，对补充耕地指标、城乡建设用地增减挂钩节余指标等计划指标类型进行调剂。随后，江苏、湖南、贵州、四川等地相继在省域内开展了指标交易流转。而对于跨省域的市场配置，目前还处于探索阶段，主要是允许深度贫困地区将增减挂钩节余指标与对口帮扶的省份进行交易 [10] 。