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2001年2月6日，阿里尔·沙龙以压倒性优势获得62%的选票当选总理，巴拉克得票38%。受和平进程结果和持续进行的起义影响，很多传统上为左翼政党投票的人都转投沙龙。许多阿拉伯选民抵制竞选，进一步加大了沙龙获胜的优势。
只需要选举总理，旧的议会得以保留，这在以色列历史上是唯一一次，这种情况促使以色列返回到旧体系——保留议会不进行国家选举，而是间接选总理。因为利库德党只在120个议会席位中占19席，沙龙必须组建包括工党、三个宗教党派、一个中间党派和三个右翼党派的联合政府。
2001年3月，沙龙就任总理。大起义仍然继续，甚至在2001年愈演愈烈，以色列平民因为恐怖袭击伤亡惨重。经过90年代寄希望于和平进程取得重大进展的期望落空之后，以色列国民士气低落。由于放弃西岸地区和加沙地带的大部分地区，提供或允许巴勒斯坦民族权力机构安全部队的武装和培训，以色列面临比以往更艰难的安全处境。秘密潜入以色列、发动威力较大的自杀式炸弹袭击远比以前容易得多。此外，因为全世界一再被重复告知（即使以色列人都如此说），巴勒斯坦人现在只想建立自己的国家，而不是想让以色列毁灭，国际舆论对以色列的批评达到前所未有的高度。毫不奇怪的是，尽管许多以色列人非常赞同和平进程，却都认为长达7年的和平努力事与愿违。
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90年代和平进程的另外一个影响就是，西方国家现在接受甚至提倡建立独立的巴勒斯坦国，以此作为解决争端的唯一方法。2001年10月2日，美国总统小布什（George W.Bush）宣布支持通过谈判建立巴勒斯坦国。
最终，因恐怖袭击频发，再加上巴勒斯坦拒绝接受结束争端的条款，传统民族主义领导人面临更加强硬的伊斯兰组织的挑战，其中主要是哈马斯。阿拉法特曾想把这些组织作为他的工具，但他们与法塔赫一样越来越受人们欢迎。这种趋势与其他中东地区甚至世界各地的变化并行发展，正如2001年9月11日美国发生的恐怖袭击。
同时，巴勒斯坦恐怖分子对以色列平民的袭击继续，给以色列国内带来比以往更多的伤亡。如，2001年12月1日至2日，海法和耶路撒冷发生恐怖袭击，25名以色列人被杀，还有更多人员受伤。通过外交结束这些冲突的努力一再失败。阿拉法特甚至想要让冲突继续升级，还从伊朗购买了大量军火武器。2002年1月3日，以色列海军突击队在红海缴获一艘代号为“卡琳A号”（Karine A）的货船上载有50吨重型武器，其中包括火箭弹，这些武器能够让巴勒斯坦民族权力机构攻击以色列机场和主要城市。2002年2月10日，哈马斯从加沙向以色列首次发射火箭弹。
从2000年9月到2002年3月的18个月间，暴力行动持续发生，共有1065名巴勒斯坦人和344名以色列人死亡。仅2002年3月，就有130名以色列人死于一系列自杀式炸弹袭击和武装袭击。3月27日，袭击达到顶峰，哈马斯人体炸弹进入位于特拉维夫北部内坦亚一个酒店内，杀死了29名参加逾越节晚餐的以色列人。
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冲突还影响到了其他人。2002年4月2日，法塔赫、哈马斯以及伊斯兰圣战组织控制了基督教最尊崇的圣地——伯利恒圣诞教堂。这伙人把基督教神职人员劫持为人质，向以色列国防军开火。围困一直持续到5月10日双方达成妥协。巴勒斯坦武装人员被转移或驱逐到加沙和欧洲。
随着伤亡人数的上升，通过外交途径解决问题已然无望，巴勒斯坦民族权力机构明显不愿停止冲突，2002年3月29日，以色列政府发动名为“防御盾牌行动”的大规模进攻以平息叛乱。巴勒斯坦民族权力机构及其相关机构似乎是冲突的根源，所以以色列坦克攻击了巴勒斯坦民族权力机构安全部队设施，进入巴勒斯坦城镇，1994年以来首次控制了大部分巴勒斯坦城镇。阿拉法特被围困在法塔赫总部大楼中。
“防御盾牌行动”中最激烈的战斗发生在西岸地区北部的杰宁难民营，以军与巴勒斯坦武装人员在那里进行巷战。以色列士兵经常为了遵守防止平民伤亡的交战规则而面临生命危险。4月9日，13名以色列预备役军人在进入难民营一处设置了陷阱的建筑时被炸死。交战中共有23名以军士兵战死。后来，一些国际媒体报道说以色列军队摧毁了大部分难民营，而航拍照片显示并非如此。巴勒斯坦发言人也宣称以色列军队在杰宁屠杀了将近500名巴勒斯坦平民，很多西方媒体未经甄别便发布了这一消息。后来，联合国调查显示这些指控失实，冲突中死亡的巴勒斯坦平民人数很少。
对以色列军事行动的夸大和误传日渐成为以色列面临的难题。不仅巴勒斯坦武装力量歪曲事实，指控以色列犯有战争罪行和其他罪行，国际媒体、外国组织甚至西方政府都开始相信这些指控。
为了解救巴勒斯坦民族权力机构，美国督促以色列克制进攻态势。4月6日，联合国安理会通过第1403号决议，要求双方停火，并要求一旦巴勒斯坦民族权力机构接受停火协议，以军就要撤出巴勒斯坦城镇。但美国促成停火的努力均告失败，因为沙龙不同意撤军时间表，阿拉法特不愿意保证将管束恐怖组织。
沙龙宣布以色列将继续战斗，直到消灭恐怖主义势力，4月9日，美国再一次要求以色列撤兵。以色列军队撤离凯勒基利亚和图勒凯尔姆，但在其他地方继续其军事行动。作为对美国要求和施压的回应，在阿拉法特同意审判暗杀以色列旅游部部长泽维（Rehavam Zeevi）的凶手后（2001年10月泽维被解放巴勒斯坦人民阵线暗杀于耶路撒冷一个酒店内），以色列允许阿拉法特离开他在拉马拉的官邸，5月2日起可在巴勒斯坦民族权力机构控制的区域自由行动。但阿拉法特这次还是没有信守承诺。
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在“防御盾牌行动”中约有4000名巴勒斯坦人被捕，包括巴尔古提（Marwan Barghouti），他后来因为组织和领导大起义而受审并定罪。在这次行动结束后，暴力行动虽然有所减少，但仍在持续。2002年6月，又有26名以色列人死于发生在耶路撒冷的两次自杀式炸弹袭击中。当月末，以色列军队开始重新占领西岸地区的大部分区域，防止发生更多袭击。
2003年到2004年，虽然巴勒斯坦民族权力机构并未信守承诺停火，但针对以色列的恐怖袭击大幅减少。从2000年9月27日大起义开始，到2004年3月23日，总共造成2728名巴勒斯坦人和917名以色列人伤亡。巴勒斯坦死亡人数中大约35%都是非战斗人员，而以色列死亡人数中有78%都是平民。巴勒斯坦死亡者中大约5%是妇女，而以色列这一比例为31%。巴勒斯坦人中大多数受害者是极端主义分子，而巴勒斯坦自杀式炸弹袭击中的大多数以色列受害者都是平民。
以色列继续有针对性地暗杀那些领导并实施对以色列发动恐怖袭击的巴勒斯坦人。其中最重要的暗杀对象是哈马斯的精神领袖艾哈迈德·亚辛（Ahmad Yassin），他于2004年3月22日在加沙被暗杀；还有哈马斯首领兰提西（Abd al－Aziz al－Rantisi），他在4月17日被暗杀。2004年8月31日，也就是沙龙宣布撤离计划时间表的同一天，哈马斯在贝尔谢巴的两个公交车上发动自杀式炸弹袭击，造成16死、93伤。10月7日，西奈半岛度假胜地又发生两次重大袭击事件，33人死亡（大部分为以色列游客），120多人受伤。不过此时，大起义已经在很大程度上受到遏制，并逐渐消失。
虽然在2001年至2004年，恐怖袭击频发、以色列人伤亡惨重、国民士气低落，但公众并没有归责于政府。因为很明显以色列并没有其他军事和外交选择。尽管如此，沙龙政府仍需应对庞大的经济问题和复杂的联合执政。
2002年5月，为提振经济，政府出台紧缩方案，减少对贫困人口的补贴。极端正统派犹太人社区受到的影响最大。议会中的联合政府成员——两大宗教党派沙斯党和妥拉统一党拒绝支持紧缩方案，因为他们的选民依赖国家补贴生活，故而紧缩方案在议会投票中未获通过，反对和支持票数之比为47：44。沙龙解散了内阁中两个极端正统派犹太人政党。2002年10月底，工党因2003年预算问题退出联合政府，工党尤其反对向西岸定居点拨款。此时沙龙被迫进行提前选举，选举于2003年1月举行，只选举议会席位。利库德党以大幅优势打败工党，组建另一复杂的5党联合政府。
考虑到暴力事件频发，应对军事措施不足，以色列内阁批准了新的防止恐怖袭击策略：修建隔离墙，将西岸和以色列城镇分开。修建工作从2002年6月开始。到2003年10月，大多数以色列民众（83%）支持这一工程，主要的反对和批评来自左翼政党梅雷兹党支持者，他们抱怨隔离墙占用了太多土地，而右翼民族联盟党支持者则抱怨所占土地太少。由于这一地区的地形特点，出于安全因素考虑，隔离墙并没有按照1967年边界线修建（只有19%的公众认为应该遵循该边界），但以色列政府明确表示隔离墙并非要标记未来边界，将来一旦巴以双方达成边界协议，隔离墙是可以拆除的。
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虽然隔离墙招致国际批评，但它确实保护了以色列人，巴勒斯坦对以色列的成功袭击大幅减少。2003年9月，内阁又通过了耗资10亿美元的第二阶段修建工程的提议，隔离墙保护了80%居住在西岸地区的犹太人，他们居住在毗邻1967年边界线的较大犹太人定居点，但只把8%的西岸地区领土置于以色列一边。大多数定居点仍留在隔离墙之外。由于西岸地区巴勒斯坦人在以色列最高法院提起诉讼，美国也一再催促，隔离墙路线有过好几次改变。
在隔离墙问题上，如同杰宁大屠杀指控以及其他许多问题一样，国际社会的批评让以色列人更加团结。这些批评无凭无据、不考虑以色列人的安全，以色列人对这些不公平的批评做出了回应。总之，无论以色列采取什么样的行动，都会招来批评，而所做的妥协似乎很快就被人遗忘。比如，2004年7月，国际法庭大多数法官做出无约束裁决，谴责以色列修建隔离墙，并要求将其拆除。
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2003年4月30日，美国、欧盟、联合国和俄罗斯组成的中东问题四方集团公布了三阶段和平计划，目标是到2005年或2006年建立巴勒斯坦国。其后巴勒斯坦人将停止制造暴力，以色列撤离到2000年9月28日边界处，并拆除自2001年3月以来建立的定居点军事基地。预想中的计划第二阶段将包括和平会谈，建立临时巴勒斯坦边界，所有阿拉伯国家都承认以色列的存在权利。计划最后阶段为达成和平协议以及建立巴勒斯坦国。5月，以色列接受了该计划，但和以前一样，除了数以百计的会议、演说和访问之外什么结果都没有。看到这些西方主导的计划根本不起作用，沙龙和其他以色列政府官员想要寻求自己的解决方案。
巴勒斯坦人大起义以及和平进程的失败让多数犹太以色列人开始重新思考以色列的政策。新国民共识主要有两点：一、以色列人准备放弃几乎所有1967年战争中所占领土，接受独立的巴勒斯坦国。二、他们不相信巴勒斯坦人真的愿意为了和平而合作。从中间派到左派，很多或绝大多数人仍主张达成和平协议以终止冲突，形成一个稳定的两个国家解决方案，但大家早已放弃了这种希望。他们仍主张以色列保留大部分西岸地区，但不再相信这会长久下去，而更多把这看作是必要的而不是对自己有好处的权利。
巴拉克在1999年大选时曾提出一种新的方式，即撤离政策：以色列从西岸和加沙地带撤离。在巴拉克的设计下，撤离很大程度上是达成完全和平协议前的过渡步骤。在2003年竞选期间，沙龙再次当选总理，工党提议单方从西岸和加沙地带撤离，并解散50多个定居点。
有中立派背景的利库德党人埃胡德·奥尔默特（Ehud Olmert）与沙龙关系密切，其后来也提出类似想法，得到大约一半以色列民众的支持。2003年12月18日，在荷兹利亚跨学科研究中心的演讲中，沙龙正式提议单方从加沙地带撤离。他解释撤离不会妨碍最终的两国方案，但两国方案短时间内不可能达到。在此过渡期需采取措施创建最好的战略条件。国防军对此想法表示支持，因为相对于每天派军队进入敌对地区，在清楚确定的长边界驻防要容易得多。
因此沙龙计划从整个加沙地带撤离，并解散那里所有的17个定居点以及西岸北部的4个定居点。以色列的撤离给了巴勒斯坦民族权力机构机会，以证明他们恪守承诺，以和平的邻国身份管理加沙，集中精力进行经济建设。就最乐观的一面来看，撤离将是重要的建立互信措施。
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2004年4月，小布什总统认可撤离计划。但沙龙在利库德集团和联合政府内部却遇到了阻力。在2004年5月2日举行的公投中，60%的利库德党员反对这一计划。后来在内阁最终批准计划的时候，两个右翼党派退出联合政府表示反对。然后沙龙向工党建议一起组建联合政府，来保持他在议会中的多数党地位，但2005年8月18日，利库德会议上58%的成员反对这一提议。这些因素都促使沙龙后来决定建立独立政府。
然而，沙龙的计划却为普通民众所欢迎。2004年6月进行的民意调查表明，68%的人支持单边撤离计划。巴勒斯坦方面6月的调查也显示，34%的巴勒斯坦人欢迎撤离计划，65%的人反对。此外，59%的巴勒斯坦人说即使以军撤离后，他们仍支持对以色列平民发动袭击。2004年10月25日，议会以较大投票优势批准撤离计划。另外还通过了一项法律补偿迁走的定居者。
12月反圣职变革党退出政府，沙龙的联合政府进一步被削弱。虽然他们支持撤离计划，但反对向极端正统派拨款，并对此议案投了反对票。沙龙从内阁中解雇变革党部长转而任命工党部长，工党随后于2005年1月进入联合政府。
2004年11月11日，阿拉法特去世。在他生命的尽头，国际社会和巴勒斯坦人对其腐败的批评日益增多。很多人把他的死看作是以色列和巴勒斯坦关系的新的转折点。阿拉法特从未任命过继任者，2005年1月9日，马哈茂德·阿巴斯（Mahmoud Abbas）赢得选举，担任巴勒斯坦民族权力机构领导人，权力开始转移。阿巴斯当政后，出现了新的乐观主义。2005年2月21日，以色列释放了500名巴勒斯坦犯人，以此来建立互信并加强阿巴斯和以色列的关系，巴勒斯坦民族权力机构也尝试加强对安全部队的管理。总之，双方的关系似乎开始好转。
自2000年9月发生第二次大起义后，巴勒斯坦和以色列之间首次举行了高层会议，结果颇有成效。2005年2月8日，阿巴斯和沙龙在沙姆沙伊赫举行的会议上发表联合停火宣言，呼吁完全停止暴力行为。在这次会议后，埃及和约旦重新将2000年暴力发生时召回的外交大使派驻到以色列。哈马斯和伊斯兰圣战组织并不支持停火宣言，但整体袭击水平已经下降。
2005年3月28日，在单边撤离之前进行全民公投的议案未获通过，沙龙撤离计划的最后一个障碍得到清除。当时以色列国内出现了反对撤离计划活动，抗议者的口号是“犹太人不驱逐犹太人”离开他们的家园。8月7日，在内阁投票批准第一阶段计划之前，内塔尼亚胡因对撤离计划不满，辞去财政部部长职务。他批评政府不能从撤离中得到任何回报，此计划将有损以色列的安全。后来沙龙任命奥尔默特取代内塔尼亚胡。内塔尼亚胡宣布他将与沙龙竞争利库德领导人职位。
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2005年8月15日，撤离计划开始实施，加沙地带向以色列人关闭，防止更多抗议者前来。接下来两天，愿意离开加沙的以色列居民首先撤离。8月17日开始武力清退，政府部署了大约1.4万以色列军人和警察，确保撤离顺利进行。到8月22日，留在内察利姆定居点的最后一批以色列居民撤离。拆迁人员开始拆除定居点房屋。8月23日开始撤离西岸地区北部的4个定居点。2005年9月12日，最后一批以军人员撤离加沙。
因有拉宾遇刺的前车之鉴，大家都希望尽量避免暴力，加沙定居点撤离并未发生重大事件，显示出以色列人的力量和团结，这也是以色列社会的骄傲之处。
撤离事件极大地影响了利库德党的团结和沙龙的领导。压垮骆驼的最后一根稻草源于沙龙想要任命他的两个盟友齐夫·波依姆（Ze’ev Boim）和罗尼·巴安（Roni Bar－On）为部长，遭到议会60：54投票否决，其中反对撤离计划的利库德部长们都投了反对票。然后在2005年11月20日，沙龙宣布因为党内不同意见而退出利库德集团，组建新的中间派政党，即后来的前进党。13名利库德部长随沙龙加入该党，此外资深工党成员西蒙·佩雷斯、达利亚·伊吉克（Dalia Itzik）、伊姆·拉蒙（Haim Ramon）以及变革党的尤利尔·瑞克曼（Uriel Reichman）都随之加入前进党，增加了该党的公信力和吸引力。
工党内部发生的事件也造成了这些工党人士的脱党。代替西蒙·佩雷斯的以色列总工会主席阿米尔·佩雷茨（Amir Peretz）排挤很多资深党员。11月21日，在沙龙宣布退出一天后，佩雷茨从政府辞职，迫使以色列进行提前选举。12月份，内塔尼亚胡被选为利库德主席代替沙龙。
新大选日期定于2006年3月28日。一开始，沙龙的新前进党在民调中一路领先。然而，2005年12月18日，沙龙突然中风。虽然两天后他就出院了，但2006年1月4日，他再次中风并陷入昏迷。财政部部长埃胡德·奥尔默特出任代理总理。选举如期举行，奥尔默特为前进党主席，民调显示对前进党的支持仍保持稳定。到1月中旬，前进党成为留在内阁中的唯一党派。之前，内塔尼亚胡说服四位利库德部长辞职，以此抗议政府政策。
3月28日，以色列竞选活动表现非常的克制。工党的竞选重点几乎完全放在社会和经济问题上，这些都是佩雷茨主要兴趣所在。利库德竞选重点为警告进一步实行单方撤离将有损以色列安全。竞选期间，奥尔默特宣布，一旦当选他将实施第二轮单方撤离行动，撤去西岸地区的一些犹太人定居点，他把这称为“趋同计划”。他提议以色列仅保留约10%的西岸控制权，将这些地区作为安全区，其中包括3个大定居点：耶路撒冷以南的古什埃齐翁（Gush Etzion）、耶路撒冷以东的马阿莱阿杜米姆（Ma’ale Adumim）和特拉维夫以东耶路撒冷以北的埃里尔（Ariel），以及约旦峡谷。
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在选举中，前进党获得最多的29个席位；工党第二，为19个席位；利库德惨败，仅获 12 席。2006 年 5 月 4 日，埃胡德·奥尔默特总理领导下的新政府获得批准，主要由前进党和工党联盟管理。佩雷茨任副总理及国防部部长，齐皮·利夫尼（Tzipi Livni）任外交部部长。