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国际经济学与马克思主义政治经济学既存在共性，也存在差异。国际经济学是在西方经济学的基础上发展起来的，而西方经济学与马克思主义政治经济学都是在研究社会化大生产和市场经济的基础上产生的，两者的理论基础、研究视野都有共同之处。比如马克思主义政治经济学的研究目的是揭示生产关系及其发展规律，为建立与生产力发展相适应的生产关系提供理论支持，为更好地解放和发展社会生产力服务，而国际经济学的研究目的也是为了提高整个世界的经济运行效率，发展生产力。经济学的发展实质上也是一个综合复杂、不断发展的过程，经济学的各种理论被兼收并蓄地容纳进国际经济学框架里，这其中也包括马克思主义的政治经济理论，所以说在研究目的上，马克思政治经济学与国际经济学有一定的共性。
国际经济学与马克思政治经济学也存在差异性。国际经济学所研究的都是经济活动，包括产品和劳务的生产、交换、流通、分配等问题，研究生产和流通过程中经济利益和行为主体之间的关系，探索商品经济与市场运行机制、运行规律、资源配置、分配制度、宏观与微观的市场调控方法。而马克思政治经济学研究的目的是揭示资本主义社会经济运行过程中的内在矛盾，进而揭示资本主义产生、发展和灭亡的规律，从而揭示资本主义社会为社会主义所代替的历史必然，具有阶级性。从本质特征上说，马克思主义政治经济学是“经济哲学”“历史哲学”，是站在人类社会发展规律的历史高度来研究经济问题。马克思政治经济学采用历史唯物主义的方法，从历史与哲学的视野研究资本主义社会经济关系的产生、发展和灭亡的运动规律。尽管它深入到了资本主义的微观领域，比如剩余价值的生产过程、资本主义再生产过程、流通过程等，但是其目的并不在于为资本主义市场经济的运行提供一种有效的模式或解决方案，而是始终围绕着一贯主题，即科学分析资本主义经济制度的历史暂时性与过渡性，然而国际经济学并不具有这样的特征。