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2011年4月，美国国家海洋和大气管理局发表了一份报告，指出南极磷虾数量的变化与企鹅数量的减少有关。磷虾的大量捕捞和全球变暖导致的磷虾数量减少，似乎都在剥夺企鹅的主要食物来源。有几份出版物利用这份报告，声称企鹅的数量减少了50%或者更多，而且幼年企鹅的生存受到的影响更大。然而，最初的论文其实煞费苦心地避免对整个南极企鹅种群做出断言，作者明确表示，他们的数据只与某些特定种类的企鹅（在南极总共有17种企鹅），以及某些受到密切监控的繁殖地有关。
英国南极调查局的科学家则更为谨慎。关于企鹅的数量是否在减少，他们表示：“有些物种在减少，而有些没有——这取决于你观察的区域。”阿德利企鹅的数量有所波动，帽带企鹅的数量大幅减少，而巴布亚企鹅的数量则有所上升。
南极探险家纪尧姆和珍妮弗·达戈尔在他们的网站上更明确地表示，我们对南极企鹅所知的极其有限：
南极洲的许多地方，包括一些海岸，都从未被探索过，所以企鹅的确切数量无从得知。评估也是通过人工计算某些地区的企鹅数量，然后来推断出整个南极大陆的企鹅数量……但我们要记住，这些数据极不准确，大多数企鹅聚居地几十年来都没有人造访过，同时还有更多的企鹅聚居地甚至一直无人问津。
确切的南极企鹅数量普查显然还没有开始。