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┃ 病证分类 ┃
《五十二病方》所载283个药方（原数应在300个左右）分列于五十二类疾病之下，涉及内、外、妇、儿、五官等科。病证分类便于临床以病索方。
┃ 组成分类 ┃
组成分类是以病邪的轻重、病位的上下、病势的缓急、病体的强弱作为制方的依据。金·成无己在《伤寒明理药方论·序》中说：“制方之用，大、小、缓、急、奇、偶、复七方是也。”
大方 指药味多或用量大，用治邪气方盛的药方。
小方 指药味少或用量小，用治病浅邪微的药方。
缓方 指药性缓和，用治病势缓慢且需长期服用的药方。
急方 指药性峻猛，用治病势急重且取效迅速的药方。
奇方 指单数药味组成的药方。
偶方 指由双数药味组成的药方。
复方 指两方或数方组合的药方。
┃ 治法分类 ┃
治法分类又称为功用分类，是以治法作为分类依据，分为解表剂、泻下剂、和解剂、清热剂、祛暑剂、温里剂、补益剂、固涩剂、安神剂、开窍剂、理气剂、理血剂、治风剂、治燥剂、祛湿剂、祛痰剂、消食剂、驱虫剂等。此分类法概念比较明确，切合临床实际需要。
┃ 笔画分类 ┃
现代大型方剂辞书等仅为检索之便，以方名汉字笔画为纲进行分类。此分类法便于查阅，利于鉴别同名异方。