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综合前人的论述，对命门的功能有以下几种不同的认识。
《难经·三十六难》曰：“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。”阐发了命门与人之神精和元气的密切关系。盖人之胚胎乃父母生殖之精凝聚而产生，此谓先天之精；精化气，即胚胎中之生气，是为元气；元气发挥生理作用，则机体具有生命本能，称之元神。此三者均藏于命门，故云先天之本者实为命门，得后天之培育才能源泉不绝。《难经·八难》云：“所谓生气之原者……谓肾间动气也。”
《难经·三十六难》曰：“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。故男子以藏精，女子以系胞。”说明命门藏精舍神还具有生殖功能。陈修园在《医学实在易》中指出：“凡称之曰门，盖指出入之处而言也。况身形未生之初，父母交会之际，男之施由此门而出，女之受由此门而入，及胎元既足，复由此门而生，故于八门即飞门、户门、吸门、贲门、幽门、阑门、魄门等七冲门［加上溺窍气（空）门］之外，重之曰命门也。”他们认为命门在女为产门，在男为精关之门。
张景岳《景岳全书·传忠录·命门余义》曰：“命门为精血之海，脾胃为水谷之海，均为五脏六腑之本。然命门为元气之根，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。”他在《类经图翼·类经附翼·求正录》中说：“命门之火，谓之元气；命门之水，谓之元精。”由此可见，张景岳认为命门的功能包括了肾阴、肾阳两个方面的作用。
《石室秘录》认为：“命门者，先天之火也……心得命门而神明有主，始可以应物，肝得命门而谋虑，胆得命门而决断，胃得命门而能受纳，脾得命门而能转输，肺得命门而准节，大肠得命门而传导，小肠得命门而布化，肾得命门而作强，三焦得命门而决渎，膀胱得命门而收藏，无不借命门之火以温养之也。”把命门的功能称为命门真火，或简称命火，也就是肾阳，认为是各脏腑功能活动的根本。比如《吴医汇讲》指出：“命门者，人身之真阳，肾中之元阳是已，非另是一物也。”
从历代医家对命门的不同认识看，可分为三类：一是形态，有的认为无形，有的认为有形；二是部位，有认为命门为右肾，有认为两肾之间；三是功能，有主火与非火之争。但各家对命门的主要生理功能，以及命门的生理功能与肾息息相通的认识是一致的。我认为肾阳是命门之火，也是元阳、真阳；肾阴是命门之水，即元阴，真阴。