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（1）命门作为一个器官首见于《内经》，《灵枢·根结第五》曰：“命门者，目也。”首先提出了“命门”这个词，说明是人体一个器官。《灵枢·根结第五》云：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”《灵枢·卫气第五十二》曰：“足太阳之本在跟以上五寸中，标在两络命门。命门者，目也。”
（2）命门作为一个独立脏腑首见于《难经·三十六难》曰：“脏各有一耳，肾独有两者，何也？然。肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。故男子以藏精，女子以系胞。故知肾有一也。”
《难经·八难》曰：“寸口脉平而死者，何谓也？然。诸十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原，一名守邪之神。故气者，人之根本也，根绝则茎叶枯矣。”《难经·十六难》曰：“假令得肾脉，其外证：面黑，善恐欠；其内证：脐下有动气，按之牢若痛。”《难经·六十六难》曰：“三焦所行之俞为原者，何也？然。脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。原者，三焦之尊号也。故所止辄为原，五脏六腑之有病者，取其原也。”《难经·三十九难》曰：“然五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也，其左为肾，右为命门。命门者，谓精神之所舍，男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通，故言脏有六也。”
以上说明《难经》首先提出“命门”是一个独立的脏腑组织，也首创了“命门肾间动气”学说。
（1）历代对命门位置的认识
①左肾右命门说：《难经·三十六难》曰：“肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。”
晋代王叔和《脉经·两手六脉所主五脏六腑阴阳逆顺第七》云：“肝心出左，脾肺出右，肾与命门，俱出尺部，魂魄谷神，皆见寸口。”
宋代陈无择《三因极一病证方论·卷之八·三焦精腑辨证》曰：“其所谓三焦者何也？上焦在膻中内应心，中焦在中脘内应脾，下焦在脐下，即肾间动气，分布人身，有上中下之异，方人湛寂，欲想不兴，则精气散在三焦，荣华百脉，及其想念一起，欲火炽然，翕撮三焦精气流溢，并命门输泻而去，故号此腑为三焦耳。学者不悟，可为长太息。”
南宋严用和著有《济生方》和《济世续方》，他在临床中很重视顾护脾胃正气，同时更重视肾的作用，他认为：“古人云补肾不如补脾。余谓补脾不若补肾，肾气若壮，丹田火经上蒸脾土，脾土温和，中焦自治，膈开能食矣。”这也是对命门肾中真火学说的继承和发展，对明代命门学说的发展产生一定影响。他所提倡的把仲景治疗肾虚的肾气丸，加上牛膝、车前子，用以治疗肾虚夹水湿的名方“济生肾气丸”，对后世影响很大。他所强调的先天之本肾中命火和后天之本脾的运化关系即温肾补脾，对明代温补学派的产生有一定影响。
明代李梴《医学入门·卷四·杂病提纲·外感·火》曰：“君相民皆静且和。五行惟火有二，心为君火，一身之主；肾为相火，游行于身，常寄肝胆胞络三焦之间。又膀胱为民火，亦属于肾，此皆天赋不可无者。若五志之火，则由于人，是以内伤火多，外感火少。噫！火不妄动，动由于心。静之一字，其心中之水乎！”《医学入门·卷四·杂病·内伤类·虚类·养老》曰：“老人无非血液衰，两肾中间白膜之内，一点动气，大如箸头，鼓舞变化，大阖周身，熏蒸三焦，消化水谷，外御六淫，内当万虑，昼夜无停。”
金元时期刘河间《素问病机气宜保命集·卷上·病机论第七》曰：“故左肾属水，男子以藏精，女子以系胞，右肾属火，游行三焦，盛衰之道由于此。故七节之傍，中有小心，是言命门相火也。”这说明，刘河间应是最先提出命门相火的人。
②两肾总号为命门说：明代虞抟《医学正传》不同意左为肾右为命门之说，认为“两肾总号为命门”。他说：“夫两肾固为真元之根本，性命之所关，虽为水脏，而实为相火寓乎其中，象水中之龙火，因其动而发也。愚意当以两肾总号为命门。”
明代张景岳《类经图翼·类经附翼·求正录》认为：“肾两者，坎外之偶也；命门一者，坎中之奇也。一以统两，两以包一。是命门总主乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者，为水火（大）之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦。”
他们的学术主张是两肾俱为命门，并非在肾之外还另有一个命门。
③两肾之间为命门说：明代赵献可《医贯》首创以命门独立于两肾之外，位于两肾之间。他根据《素问·刺禁论》中“七节之傍，中有小心”的描述，提出：“此处两肾所寄，左边一肾，属阴水；右边一肾，属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之宫，即太极图中之白圈也。其右旁一小白窍，即相火也；其左旁之小黑窍，即天一之真水也。”这种论点对后世影响较大，如陈修园《医学三字经》、林珮琴《类证治裁》、张璐玉《本经逢原》、黄宫绣《本草求真》等均宗此说。
④命门为肾间动气说：此说虽然认为两肾中间为命门，但认为其间非水非火，而只是一种原气发动之机，同时又指出“命门”并不是具有形质的脏器。
首倡此说者当属明代孙一奎，他在《医旨绪余》中认为：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极。五行由此而生，脏腑以继而成。若谓属水属火，属脏属腑，乃是有形质之物，则外当有经络动脉，而形于诊，《灵》《素》亦必著之于经也。”
（2）命门在全身部位的新认识：命门乃生命之门，因命门有藏精神和系原气的重要作用，而精神和气血都是关系到人生死存亡的关键问题，故称命门。因命门为阳气之根，故只患其衰不患其盛。命门并非一个脏器，而是一个系统。经临床实践和文献研究，认为人体应有四个命门。
①脑命门：指脑、百会（或泥丸宫）。此即为《灵枢·根结》中所指：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”《灵枢·卫气》中也指出：“足太阳之本在跟以上五寸中，标在两络命门。命门者，目也。”
近代有人认为脑命门在脑垂体，包括腺垂体与神经垂体，命门的作用与下丘脑—垂体性腺系统的作用呈正相关系。
②包络命门：包括甲状腺、甲状旁腺、胸腺、心包络、窦房结。
③三焦命门（胃命门）：包括胆汁、胰腺和胃肠内分泌液等及功能。三焦是命门的臣使之官，分布命门元气，命门通过三焦输布相火。
④肾命门：包括肾上腺、性腺、卵巢、前列腺。
命门的最大功能是释放出活力很强的精微物质，即元阴、元阳，俱称为元气。元气的生理功能主要有推动、气化、温煦、防御、固摄五大作用。命门为相火之门，肾为相火之宅，肝为相火之库，三焦为相火之路，脏腑为相火之用，肝胆为相火运行之枢机。由于心包络与三焦相表里，三焦主元气，心包络主血脉，命门之元阴和元阳是靠心包络与三焦输送到全身各部分。