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气机理论起源于《内经》提出的升降出入学说，其要点有三：
（1）指自然界：《内经》认为自然界的五运六气、阴阳相对、上下相召、升降相因、期而环会、寒暑交替等相互运动，促成了万物的生长。
《素问·五运行大论》曰：“夫候之所始，道之所生，不可不通也……言天地者，万物之上下；左右者，阴阳之道路。”《素问·六微旨大论》曰：“升已而降，降者谓天；降已而升，升者谓地。天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。故高下相召，升降相因，而变作矣……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。故器者生化之宇，器散则分之，生化息矣。”《素问·天元纪大论篇》曰：“夫五运阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，可不通乎！”王冰注曰：“气之施化故曰生，气之散易故曰极，无期禀候故曰神，无思测量故曰圣。”
（2）指所有物体：如《素问·六微旨大论》所言：“是以升降出入，无器不有……故无不出入，无不升降。”
（3）指人体
①生理：清阳升发，浊阴降泄，阴阳相交，升降有序为生理之机。《素问·阴阳应象大论》云：“黄帝曰：阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。治病必求于本。”又曰：“天地者，万物之上下也；阴阳者，血气之男女也；左右者，阴阳之道路也；水火者，阴阳之征兆也；阴阳者，万物之能始也。故曰：阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”
②病理：阴阳升降反作，清浊相干，导致各种疾病。故《素问·四气调神大论》曰：“故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也，逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。”
《伤寒论》《神农本草经》等中无“气机”这个术语。以后的南北朝、两晋、隋唐、五代的医籍中也很少见对气机的论述。
（1）宋代：“气机”一词最早见于宋代的《圣济总录·卷四·治法·导引》，曰：“一气盈虚，与时消息。万物壮老，由气盛衰，人之有是形体也。因气而荣，因气而病……盖斡旋气机，周流营卫……升降无碍……身体轻强。”宋代正是“气一元论”的发展鼎盛时期，《圣济总录》在导引中把气机理论引入了中医学，进一步发扬了《内经》升降出入学说。
（2）金、元、明时期：对气机的研究也不多，可能是战乱，或是《圣济总录》被靖康之变的金掳掠至北地，此书未能很快流行之故。但丹溪独具慧眼，他在《局方发挥》中指出：“夫周流于人之一身以为生者，气也。阳往则阴来，阴往则阳来，一升一降，无有穷已。”他还强调：“上升之气，自肝而出，中挟相火。”
（3）清代、民国时期：“气机学说”盛行。这一时期许多学者推崇气机升降出入理论，如：①清代御医黄元御，精研气化学说，造诣甚高，而且融贯于其全部医著之中，诸凡生理、病理、药理之阐释、处方遣药之意旨，无不以气化为本。他在《四圣心源·天人解》中曰；“阴阳未判，一气混茫。气含阴阳，则有清浊，清则浮升，浊则沉降，自然之性也。”他对后天脾胃的生理病理认识至为精彻：“清浊之间，是谓中气，中气者，阴阳升降之枢轴，所谓土也。枢轴运动，清气左旋，升而化火，浊气右转，降而化水。化火则热，化水则寒……水、火、金、木，是名四象。四象即阴阳之升降，阴阳即中气之浮沉。”黄氏此论源于《内经》，而发挥至为精湛。②华岫云、顾松园、周学海都称升降出入为病机之紧要、要领，是百病的纲领。周学海明确提出：“升降出入者，天地之体用，万物之橐籥，百病之纲领，生死之枢机也。”③叶天士、王孟英在病案记叙中运用了“气机流行不通”“气机窒塞”等术语。
总之，气机理论始于《内经》，气机术语初见于宋代，流行于清代和民国时期。气机的含义是人体中升降出入的生命活动之气，与《内经》人体之“气”的概念相同。而气的运动机制，则渐发展至用“气机”一词来表达。