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朱丹溪深受理学思想的影响，其代表作《格致余论·相火论》集先贤之大成，独树一帜地从人体相火的性质、部位、作用，相火的常与变以及反常相火的不同治疗方法等，进行了多角度、全方位的详细论述。他认为阴阳是动静变化的结果，火有君相之分，君火为人火，相火为天火，二者本质均属于火，其性质为内阴而外阳，其本质属性均是“动”。
在生理情况下（常），火是万物化生的原动力，是支持人体生命活动的重要物质。在病理状态下（变），火也可化为贼邪而成“五性厥阳之火”而伤害人体。
关于相火的贮藏位置，《格致余论·阳有余阴不足论》曰：“主闭藏者，肾也；司疏泄者，肝也，二脏皆有相火，而其系上属于心。”而《格致余论·相火论》曰：“具于人者，寄于肝肾二部，肝属木而肾属水也。胆者，肝之腑；膀胱者，肾之腑；心胞络者，肾之配；三焦以焦言，而下焦司肝肾之分，皆阴而下者也。”这说明朱丹溪在前人的基础上，对相火部位进行了总结，使相火学说初步形成。
丹溪不只是提出了相火的性质和相火贮藏位置，还从相火的生理功能和病理状态进行了研究。在生理上，他在《格致余论·相火论》中说：“人有此生，亦恒于动。其所以恒于动，皆相火之为也。”“彼五火之动皆中节，相火惟有裨补造化，以为生生不息之运用耳。”这说明人体的生命活动皆有赖于相火之动，动而中节，才能发挥其生理作用。在病理上，他指出相火动而不中节，则为妄动。《格致余论·房中补益论》曰：“吉凶悔吝生乎动，故人之疾病亦生于动，其动之极也，病而死矣。”又云：“相火易起……火起于妄……无时不有……阴虚则病，阴绝则死。”指出相火炽盛，损耗阴精，导致“阳常有余，阴常不足”的病理状态。这种阴虚火旺的“火”是邪火，是“元气之贼”。
《格致余论·阳有余阴不足论》中指出：“主闭藏者，肾也；司疏泄者，肝也，二脏皆有相火，而其系上属于心。心，君火也，为物所感则易动，心动则相火亦动。”这种以人心之欲望引动之邪火，丹溪叫“人火”。而“相火易起，五性厥阳之火相扇，则妄动矣。火起于妄，变化莫测，无时不有，煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死。”这里指为五脏之火比“人火”而更危重，当为天造之火。
在治疗和预防上，丹溪认为相火妄动的主要原因是人的“欲望”之火，引动“贼火”导致阴虚火旺（人火），甚至引起五性厥阳之火（天火），造成阴绝而死。所以他提倡应该首先做到“收心、正心、养心”，以防止心火妄动引发相火妄动，导致“五性厥阳之火”燎原而致死，并提出可用大补阴丸滋养肝肾之阴以降妄动之火。
丹溪对相火学说的贡献是巨大的，对后世影响深远。