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《伤寒杂病论类编》，原名为《金匮玉函经类编》，初由内藤希哲执笔，撰成太阳病三卷、阳明病一卷、坏病篇二卷，共计六卷。希哲去世后，门人小岛伯玉继承其业，耗时近三十年完成全书十二卷，于日本明和二年（1765）脱稿，京都大学藏其写本。后又经馆林藩医大岛仲和与其侄小岛伯象重加修定，编为十三卷，于日本文政二年（1819）刊行。
本书将《伤寒杂病论》条文分类重编，并加注解，卷一为序论、脉法、辨证、治法篇，卷二至卷五为太阳篇，卷六至卷七为阳明篇，卷八至卷十为少阳、太阴、少阴、厥阴篇，卷十一至卷十三为辨坏病脉证并治，末附《伤寒杂病论类编》附言、平脉法贬伪及后叙。如果把内藤希哲所撰《医经解惑论》看作希哲学术思想体系的总论，那么后人为希哲整理的《伤寒杂病论类编》则可以看作研究各论，二书互为根本与补充，构成了内藤希哲医著的完整框架。若将二书相互参照研究，对于我们系统、全面研究内藤希哲的伤寒学术思想体系将大有裨益。