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1.《伤寒论条辨续注》 成书于1705年，共十二卷。其以明代方有执《伤寒论条辨》为本，旁参程郊倩的《伤寒论后条辨》、喻昌的《尚论篇》、张璐的《伤寒缵论》三家著作之长，并附以己见，续注而成。该书论理审慎，对《伤寒论》研究颇有参考价值。
2.《伤寒论证辨》 成书于1711年，共三卷。该书辨论伤寒，汇证标目，就证分经，每一条目下或书仲景原文，或采晋唐以降名医二十余家高论注释，或加郑氏自注，论证详备，辨证明晰，具有较大的临证参考意义。
3.《温疫论补注》 成书于1710年，共两卷。该书为郑氏对明末吴有性《温疫论》重新编次，并添加评论和注解而成，对后世温病学发展起到了一定的推动作用。
4.《素圃医案》 成书于1707年，共四卷。该书系郑氏承曾祖郑梦圃所辑录临证验方，结合自己平生行医之心得，重修整理而成。共集辑医案184则，涉及伤寒、暑证、疟疾、痢疾、诸中证、男病、妇病、胎产等病证。