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仲祖《伤寒论》，其中条绪井井，原系本文，非叔和所能编次。盖谓断简残篇者，是因讹传讹也。如痉、湿、暍三种，非伤寒之病，因病在太阳而与伤寒相似，故先提出于《太阳篇》外。温病风温，原因伤寒所致，然非卒病之风寒，故先分别于《太阳篇》中。太阳为诸阳主气，故首提太阳之为病，次中风 风即寒中鼓动之气，故篇名《伤寒论》而反先提中风 ，次伤寒，次传经，次桂枝汤证，次麻黄汤证。如六经篇首，则曰某经之为病，若六经所概论者，总归于太阳之首篇。其间条分缕析，有断有续。予于断续间，首加一圈，如学、庸、孔、孟之分章，便后学之体认。此皆仲祖位置，非叔和编次也。
再按仲祖一百十三方，为形层浅深、阴阳寒热而设，无分风与寒也。如邪在皮毛者，宜麻黄汤；在肌腠者，宜桂枝汤。故曰桂枝本为解肌，然中风之用桂枝者，始受之风邪，不闭于皮毛，而入于肌腠，故桂枝汤为中风之首方。如寒邪发汗不解，而入于肌腠者，亦属桂枝汤证。故邪病太阳，而无分风与寒者，则曰太阳病；有风寒之分者，则曰太阳中风，曰中风发热，曰伤寒。如风寒之邪，皆可为柴胡汤证者，则曰伤寒五六日；中风皆可为陷胸汤证者，则曰浮则为风，曰伤寒五六日结胸热实。如瓜蒂散证，则曰伤寒中风。盖始受之时，有风寒之分者，分中风、伤寒。如病在太阳，感太阳之热化者，则曰太阳病，病在阳明，感阳明之燥化者，则曰阳明病，而无分风与寒矣。至如大、小青龙汤证，乃病太阳寒水之气者也。
太阳之上，寒气主之，故太阳标阳而本寒。大青龙证，太阳标本之为病也；小青龙证，病太阳之阳而动其水气也。曰太阳中风，谓风中太阳之气也。脉浮紧者，浮则为风，紧则为寒，乃天之风邪，与太阳之寒气相搏，而见于脉也。发热者，风在太阳而为热也；恶寒者，病太阳之寒气也；身疼痛者，风寒之邪，尚及于形身；不汗出者，邪正之气陷于内也；烦躁者，太阳标本之气化也。此风中太阳之热邪，而兼病其本寒，故用麻黄、桂枝之复方，去芍药之苦平，易石膏之甘辛，直从内而透发于外也。如汗出恶风者，风邪在外，故不可服。盖汗之生，原有二：一出于表者，血液之汗也；一出于里者，阳明水谷之汗也。麻黄汤，发表汗之剂也；桂枝汤，解肌腠之邪也。如麻黄配石膏，乃直从里而发阳明水液之汗矣。邪不在里而妄动其阳明，是以筋惕肉
，阳明主肌而主宗筋也。又如伤寒脉浮缓者，乃寒伤太阳，而邪正之气，并陷于内也。夫天之寒邪，与太阳之阳气，相搏于肤表之间，其脉则紧
风与寒搏，寒与阳搏，乃阴阳相搏，其脉皆紧。
此寒伤太阳，寒已化热，邪正相合，而陷于内，故止见虚浮之缓脉也。身不疼者，邪在内也。但重者，阳气陷也。乍有轻时者，正气欲出也。太阳与少阴标本相合，如寒伤太阳而见少阴证者，则为一身手足尽热，以热在膀胱，必便血也。盖太阳与少阴，在标本寒热之合化，寒在太阳，则病反其本而为热矣；及于里阴，则同气相感于少阴之火气矣。故曰无少阴证者，大青龙汤发之。上章乃风动之邪，入于里而尚涉于形身，故见浮紧之脉、疼痛之证，宜大青龙汤主之。此乃寒凝之气，入于里而无形身之痛，故恐转属于少阴，借阳气之欲出，乍有轻时，而以大青龙汤发之。此风寒之邪，病太阳之标阳，而兼动其本气者也。又伤寒表不解，心下有水气者，病太阳之阳，而动膀胱之水气也。干呕者，水气上逆也
水火相交者，正气也；水气上乘者，邪气也。
发热者，寒在太阳而为热也。咳者，水气上通于肺也。病表阳之气而动其水气，则气不化而水不行，故有或渴，或利，或噎，或小便不利、少腹满，或喘之证也，宜小青龙汤主之。用麻黄、桂枝、甘草、芍药，以清肌表之邪；用干姜、半夏、细辛，以助火土之气；用五味子之酸，助春生之木气，以泄冬令之寒水也。渴者，火郁于上，水逆于下，故去半夏之燥，加栝蒌根，通水液以上滋。利者，寒水在下，火气不能下交。荛花性寒属水，用花萼之在上者，如鸡子大，熬令赤色，皆取其象心，导火气温煊于下也。水得寒气，冷必相搏，其人即噎，故加附子以散寒。小便不利、少腹满者，土受所胜之侮，而不能制化，故加茯苓补中土以伐水邪。喘者，加杏子以利肺气。此在表之邪，入于里而动其水气，故并去其麻黄。又伤寒心下有水气，咳而微喘，发汗不渴，服汤已渴者，此寒去欲解也，小青龙汤主之。此表邪已解，而寒水之气上逆也。咳而微喘者，水气上乘于肺也。发热不渴者，得太阳之气化也。服汤已渴者，水寒之气外散，而复伤太阳之气也，故仍以小青龙主之。经曰：太阳之上，寒气主之，在天呈象，在地成形，在天为寒，在地为水。天有六气，地有五行，人秉天地之气而生，兼有此五行六气，是以大青龙证，病太阳之阳，而动其寒气者也。故宜大青龙汤以发汗，谓在天之龙，能行云而施雨也。小青龙证，病太阳之阳，而动其水气者也，故宜小青龙主之，谓潜藏始蛰之龙，能泄冬令之寒水也。又如少阴病，真武汤主之者，病少阴而动其水气也；四逆散主之者，病在少阴得君火之热化而动其水气也。盖太阳、少阴，乃水脏水腑，皆有寒热之气化者也。若夫外因之水，停饮于中焦者，又属五苓散证。盖其因有不同，而治法亦别，是以有发表之方，有解肌之方，有散寒之方，有行水之方，有气分之方，有血脉之方，有胸胁之方，有腹胃之方，有却邪之方，有补正之方，有大凉之方，有大热之方，有大补之方，有大泻之方，有和解之方，有寒热补泻兼用之方，皆从形层外内之浅深，寒热虚实之气化
麻黄、桂枝分形层，大、小青龙论气化
，不然止属风、寒二邪，奚有三百八十九证之分耶？明乎形层、气化之道，伤寒大义，思过半矣。（《侣山堂类辩·卷上》）
所谓要者，得其纲领也。知其要者，一以贯十，十以贯百，可千可万，一言而终；不知其要，流散无穷，此之谓也。内如妇人妊娠章云：怀身七月，太阴当养不养，此心气实，当泻劳宫。类而推之，则知八月有手阳明之当养不养矣。十月之中，各分主养之脏腑，而各有当养不养之患，若止以七月论之，是举一隅而不以三隅反也。学者潜心此书，得其要而引申之，天下之理，其庶几乎！（《侣山堂类辩·卷上》）
太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。
太阳为诸阳主气，有通体、分部之不同。通体太阳如天，主周身皮肤毫毛肌表，一似天之环绕于地外；分部太阳如日，主头项脊背尾闾血室，一似日之旋转于躔度。此首明太阳主通体之毫毛，而复有循经之分部也。太阳之为病脉浮，言太阳运行于周身之肤表，病通体之表阳，故其脉应之而浮也。头项者，太阳经脉所循之分部也，病在表而涉于分部，故强痛也。恶寒者，恶本气之寒也。盖太阳之上，寒气主之.以寒为本，以热为标故也。天元纪大论云：太阳之上，寒气主之，所谓本也。六微旨大论云：本之下，中之见也，见之下，气之标也，六气皆然。此下五节，言太阳受风寒之邪而传阴传阳之义。（《伤寒论集注·卷第一》）
太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒，体痛，呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒。
太阳病者，病太阳通体之表气也。或已发热者，感太阳之标阳而为热也；或未发热者，寒邪始袭于皮毛未得太阳之热化也。太阳以寒为本，故无分已未发热，而必恶寒也。通体之气为阴邪所伤，故体痛；凝敛于周身之毛窍，则里气不舒，故呕逆也；夫阴阳邪正相持，其脉则紧，今寒伤通体之表阳，故脉阴阳俱紧，而名为伤寒也。（《伤寒论集注·卷第一》）
此论风邪薄于太阳通体之肌表，而为桂枝汤证也，盖风寒之邪必先毫毛而入于肌腠。太阳中风阳浮而阴弱者，太阳主表，故阳气外浮而热发；风伤肌腠，故阴气内弱而汗出，此风伤太阳之肌腠而然也。若风邪始薄于毫毛而未入于肌腠之际，则有啬啬、淅淅、翕翕之象。啬啬者，皮毛栗栗之状，邪在皮毛，故啬啬恶寒；淅淅者，洒淅不宁之貌，肌腠未开，故淅淅恶风；翕翕者，动起合聚之意，太阳邪正之气相持，故翕翕发热。夫风邪从表入肌，在皮毛则肺气不利而鼻鸣，入于肌腠则三焦不和而干呕，桂枝汤主之。
本论云：桂枝本为解肌，盖三焦木火之气通会于肌腠，桂为百木长，气温色赤，秉木火之性，主助肌中之气，以解肌表之邪；芍药气味苦平，花开赤白，放于二气之中，得少阴君火之气，主益神气以助肌中之血，肌腠之血气调和而邪自不能容矣；甘草、生姜宣达中胃之气，而辛甘发散；大枣色黄，味甘，脾之果也，主助脾气之转输而为胃行其津液。汗乃水谷之津，故啜热稀粥以助药力，中焦之津液外布，即有留舍之邪与汗共并而出矣。津液外泄，则中气暴虚，故忌食生冷、肉面、酒酪、臭恶等物，使勿伤脾胃之气。（《伤寒论集注·卷第一》）
《辨脉篇》曰：病有洒淅恶寒，而复发热者何？答曰：阴脉不足，阳往从之；阳脉不足，阴往乘之。曰：何谓阳不足？答曰：假令寸口脉微，名曰阳不足。阴气上入阳中，则洒淅恶寒也。曰：何谓阴不足？答曰：尺脉弱，名曰阴不足。阳气下陷入阴中，则发热也。阳脉浮阴脉弱者则血虚，血虚则筋急也。其脉沉者，营气微也。其脉浮而汗出如流珠者，卫气衰也。营气微者，加烧针则血流不行，更发热而躁烦也。夫脏脉为阴，腑脉为阳；血为阴，气为阳；营为阴，卫为阳；内为阴，外为阳。此所言阴阳者，非此之谓也，乃阴阳之气耳！阴阳之气者，先天之水火也。在地为水，在天为寒；在地为火，在天为热。无形之气，曰阴曰阳；有形之征，曰水曰火。阴阳气交，是为平人。乘于脉中，则为往来寒热矣。故始曰阴脉，曰阳脉，复曰寸口，曰尺脉，曰阴气，曰阳气，曰阴中，曰阳中，谓阴阳之气相乘，入于脉中而见于寸尺也。盖以寸尺分阴阳，非脏脉为阴脉，腑脉为阳脉也；又非谓内络于脏腑者为阴脉，外络于形身者为阳脉也。中脉中也，阴中、阳中者，谓身半以上为阳，身半以下为阴，故曰上入下陷也。此阴阳之气，乘于脉中，而为寒为热，非脉中之血虚，故曰阳脉浮、阴脉弱者，则为血虚也。血虚则筋急者，谓血行脉中，渗于脉外，肝脏所主，而血自有阴阳之分也。 脉内为阴，脉外为阳。 营气微者，其脉沉，卫气衰者，其脉浮。谓阴阳相乘者，见寸口脉微，尺中脉弱，非营卫之为阴阳，而脉之浮沉也。如烧针则血流不行者，谓血随营转，非随阴阳之气而往来也。更发热而躁烦者，谓营气之生于阳明，而主于心肾也。烧针之火气伤阳明则发热，伤心肾则躁烦。此言营血生于后天水谷之精，阴阳本于先天水火之气，乃阴阳之气乘于脉中，而为寒为热，非营血之为寒热也。男玉师曰：何以治之？曰：金匮肾气丸为主方，配四物以养血。（《侣山堂类辩·卷上》）
咳者，肺证也。有邪在皮毛而为肺咳者；有五脏受邪，各传与之肺而为咳者。此外因之咳也。有寒饮食入胃，从肺脉上至于肺，则肺寒而咳者；有脏腑之郁热，上蒸于肺而为咳者。此内因之咳也。盖肺者，五脏之长也，轻清而华盖于上，是以脏腑之病，皆能上传于肺而为咳。然其标见于肺，而其本在于脏腑之间，故当以标本之法兼而行之，治无不应矣。《咳论》曰：肺咳之状，咳而喘息有音，甚则唾血。心咳之状，咳则心痛，喉中介介如梗状，甚则咽肿喉痹。肝咳之状，咳则两胁下痛，甚则不可以转，转则两胠下满。脾咳之状，咳则右胁下痛，阴阴引肩背，甚则不可以动，动则咳剧。肾咳之状，咳则肩背相引而痛，甚则咳涎。胃咳之状，咳而呕，呕甚则长虫出。胆咳之状，咳呕苦汁。大肠咳状，咳而遗矢。小肠咳状，咳而失气，气与咳俱失。膀胱咳状，咳而遗溺。三焦咳状，咳而腹满，不欲食饮。（《侣山堂类辩·卷上》）
天地所生万物，皆感五运六气之化，故不出五气、五味、五色、五行、寒热温凉、升降浮沉之别。经云：五味阴阳之用，辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴，淡味渗泄为阳，咸味涌泄为阴，六者或收、或散、或缓、或急、或燥、或润、或软、或坚，随所利而行之。此物性之纲领也。五气、五味，各归所喜。酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，咸先入肾。肝色青，宜食甘；心色赤，宜食酸；肺色白，宜食苦；脾色黄，宜食咸；肾色黑，宜食辛。辛散，酸收，甘缓，苦坚，咸软。毒药攻邪，五谷为养，五果为助，五畜为益，五菜为充，气味合而服之，以补益精气。四时五脏之病，随五味所宜也。又肝苦急，急食甘以缓之，欲散，急食辛以散之，用辛补之，酸泻之；心苦缓，急食酸以收之，欲软，急食咸以软之，用咸补之，甘泻之；脾苦湿，急食苦以燥之，欲缓，急食甘以缓之，用苦泻之，甘补之；肺苦气上逆，急食苦以泄之，欲收，急食酸以收之，用酸补之，辛泻之；肾苦燥，急食辛以润之 辛又能润，为能开发腠理，致津液通气也， 欲坚，急食苦以坚之，用苦补之，咸泻之。又辛走气，气病无多食辛；咸走血，血病无多食咸；苦走骨，骨病无多食苦 《灵枢》苦走血，咸走骨 ；甘走肉，肉病无多食甘；酸走筋，筋病无多食酸。此五味补泻宜忌之纲领也。夫百病之生也，不出乎表里、阴阳、寒热、虚实。虚者补之，实者泻之，寒者热之，热者寒之，坚者削之，客者除之，劳者温之 凡甘温、辛温，皆从补 ，结者散之，留者攻之，燥者濡之，急者缓之，散者收之，损者益之，逸者行之，盛者折之，惊者平之，高者抑之，下者举之，微者逆之，甚者从之，上之下之，摩之浴之，薄之劫之，开之发之，适事为故，逆者正治，从者反治。此治病之纲领也。万物各有自然之性，凡病自有当然之理，即物以穷其性，即病以求其理，得其性理，豁然贯通，则天地所生之万物，人生所患之百病，皆归一致矣。用之可十可百，推之可万可千，岂不绰然有余裕哉！（《侣山堂类辩·卷下》）
经云：升降浮沉则顺之，寒热温凉则逆之。谓春宜用升，以助生气；夏宜用浮，以助长气；秋时宜降，以顺收令；冬时宜沉，以顺封藏。此药性之宜顺四时者也。春气温，宜用凉；夏气热，宜用寒；秋气凉，宜用温；冬气寒，宜用热。此用气之宜逆四时者也，而病亦如之。然时气、病气，又皆有常有变，知其常变，反其逆从，可以把握阴阳，裁成造化矣。（《侣山堂类辩·卷下》）
夫治病有专宜于寒者、热者、补者、泻者，又宜寒热补泻之兼用者。如《伤寒》有附子泻心汤，用大黄、芩、连、附子，寒热之并用者；有柴胡加龙骨牡蛎汤，以人参、大黄、黄芩、姜、桂，补泻寒热之并用者。《金匮》有大黄附子细辛汤，有大黄、干姜、巴豆之备急丸。此皆先圣贤切中肯綮之妙用，当参究其所用之因而取法之。今时有用凉药而恐其太凉，用热药而恐其太热，是止知药之寒热，而不知病之邪正虚实也。然亦有并用寒热补泻而切当者，反为不在道者笑之。开之曰：寒热补泻兼用，在邪正虚实中求之则得矣。（《侣山堂类辩·卷下》）
经云：在天为寒，在地为水，水气即寒水之气而无形者也。太阳秉膀胱寒水之气，运行于肤表，出入于胸膈。今寒伤太阳正气，不能运行出入，故表不解而致心下有水气；水气逆于心下，故干呕；表不解，故发热；水寒上逆，故咳气不化而水不行，故有或渴，或利，或噎，或小便不利，少腹满，或喘诸证，但见一证即是，不必悉具，小青龙汤主之。用麻黄、桂枝解肌表之寒邪，甘草、干姜、半夏助中焦之火土，芍药、细辛、味子启春生之木气，达太阳之水气，从胸膈而转达于肌表，表气行而水气散矣。若渴者，水逆于下，火郁于上，去半夏之燥，加蒌根以启阴液。利者，水寒下乘而火气不能下交，荛花秉性虽寒，能导心气以下降，花萼在上，如鸡子大，熬令赤色，咸助心火下交之义。水得寒气，冷必相抟，其人即噎，加附子以温水寒。小便不利，少腹满者，水气下逆，故加茯苓补中土以制伐其水邪。喘者，水气上乘而肺气厥逆，故加杏仁以利肺气。此皆水寒内逆，故并去其麻黄。（《伤寒论集注·辨太阳病脉证篇第一》）
肾气丸乃上古之圣方，藏之金匮，故名金匮方。夫人秉先天之阴阳水火，而生木火土金之五行。此方滋补先天之精气，而交通于五脏，故名肾气丸。用熟地黄八两，以滋天一之精，八者，男子所得之阴数也。用附子一枚重一两者，以资地二之火，两为阴数之终，一乃生阳之始，助阴中所生之阳。盖两肾之水火互交，阴阳相合，是以用地黄、附子，以助先天之水火精气者也。用桂通肾气以生肝，桂色赤，而为百木之长，肝主血而属木也古方原用桂枝。用牡丹皮通肾气，上交于心脾，丹属火而主血，牡乃阴中之阳升也。夫肾与肺，皆积水也。泽泻能行水上，复能泻水下行，主通水天之一气，是以配肉桂、丹皮、泽泻者，导肾脏之水火，上交于四脏者也。茯苓归伏心气以下交，山药培养脾土以化水，山茱萸乃木末之实，味酸色赤，复能导肝气交通于肾，是以配茯苓、山药、山萸、泽泻者，导四脏之气而下交于肾也。心肺为阳，故用三两之奇，肝脾为阴，故用四两之偶，此培养精神气血，交通五脏五行之神，方不可缺一者也。宋钱仲阳以为阳常有余，阴常不足，去桂、附而改为六味地黄丸。夫精血固宜补养，而神气可不资生乎？后人因而有加知母、黄柏者，有加枸杞、菊花者，有加麦冬、五味者，竟失本来面目矣。夫加减之法，因阴虚火盛之人，以之治病则可，若欲调摄阴阳，存养精气，和平水火，交通五行，益寿延年，神仙不老，必须恒服此金丹矣。元如曰：精生于五脏，而下藏于肾，肾气上升，以化生此精，是以五脏交通而后精气充足。（《侣山堂类辩·卷下》）