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1.注重脏腑及其功能联系
（1）脏腑之间生克制化的整体观 对脏腑之间的相互联系和影响，张氏多以五行生克制化之理加以注释，如其对《金匮要略·肺痿肺痈咳嗽上气病》篇“脉沉者，泽漆汤主之”条注云：“此水令强而土气弱也。土气不升，故脉沉，而沉则为水也。土令不及则水气盛强……盖土令不及则水欲上奔，土气独盛则水中之升阳不发……”说明本病是由于土令不及，土不制水而造成水欲上奔。其后在“大逆上气，咽喉不利者，止逆下气，麦门冬汤主之”条注中认为，“此则土气虚而水气大逆于肺也……此肾气上逆于肺，乃子来逆母，故曰大逆也”。这又是以生理上土金水的生克制化关系来论述病理过程中脏腑的相互联系和影响。脏腑之间以五行生克制化相互联系，若有一脏的太过或不及，则会导致整个脏腑间的生克制化紊乱而发生疾病。
（2）脏腑气机的上下阴阳交会 在伤寒研究中，张氏对脏腑气机上下阴阳交会的认识尤为深刻。张氏认为，人体脏腑间的气机活动主要在于肺、脾胃、肾等脏腑功能活动中所体现出的上中下三个环节。肺主气居高而属天，气为肾之所生。肾为水而居下，脾属阴而主地，气之所生者先天，所主者后天，上下先后相互生化。由于气发源于下焦肾，生于中焦脾胃，主于上焦肺，故气的生化途径是由下而中而上，又由上而下，天地之气上下循环，周而复始，既有金水之相生（上下），又有天地相生（上中）、地水相交（中下），由此构成气机的循环运动。如他在第十二篇“支饮不得息，葶苈大枣泻肺汤主之”条注中云：“肺为金天，脾为土地，天气下降，地气上升，天地交泰而有亭毒之功，又何虑支流之阻塞哉！……此章泻肺汤，亦可用为交泰之剂。”说明其对金水及金土天地上下相交的认识十分深刻。
2.注重气化学说 伤寒六经气化学说的形成与张志聪密不可分，他认为“学者当于大论中五运六气求之，伤寒大义思过半矣”。其中，张氏用开阖枢理论来说明六经生理、病理，不失为指导临床用方的原则之一。他认为从生理而言，太阳经主开，阳明经主阖，少阳经主枢，太阴经主开，少阴经主枢，厥阴经主阖，六经病证即是开阖枢功能失调而成。如张氏注释小柴胡汤云“言太阳之气运行于皮表，从胸膈而出入，若逆于三阴三阳之内，不能从胸膈以出入，须藉少阳之枢转而外出。盖胸乃太阳出入之部，胁为少阳所主之枢，小柴胡汤从枢转而达太阳之气于外者也”。后世陈修园十分赞同张志聪的观点，并在此基础上，以枢为主，具体阐明了开、阖、枢之间的联系，认为小柴胡汤既是太阳篇之重要方剂，又是阳明篇之大方，融气化、脏腑病机和证治为一体详加论述，足见张氏学术思想影响之深远。