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张志聪研究伤寒的著作主要包括《伤寒论宗印》《金匮要略注》《伤寒论集注》三部。
1.《伤寒论宗印》 书名“盖以印证先世遗意”，故名“宗印”，成书于1663年，八卷。书中首先依次辑录《伤寒论》原文，然后逐条诠释，注文条晰明畅，对伤寒方义诠释尤为详细，且有很多个人见解，是张氏早年研究《伤寒论》的代表作。其中卷一载辨脉法，卷二载平脉法、痉湿暍、太阳病，卷三、四载太阳病，卷五载太阳病、阳明病，卷六载阳明病、少阳病、太阴病、少阴病，卷七载厥阴病、霍乱病、阴阳易差后劳复、不可发汗及可发汗，卷八载发汗后病等、伤寒例。
2.《金匮要略注》 又名《金匮要略注释》，成书于1664年，全书四卷，二十五篇。系张氏对《金匮要略》采用以经解经之法，对全书进行考订注释，所引书目包括《素问》《灵枢》《伤寒论》《难经》等，并附批注。其注会通百家，阐明要略，字注节解，论辩精深。
3.《伤寒论集注》 本书刊于1683年，六卷。卷一、卷二为太阳病上下篇，卷三为阳明、少阳病篇，卷四为太阴、少阴、厥阴病篇，卷五为霍乱病篇、阴阳易差后劳复病篇、痉湿暍病篇及诸可诸不可病篇，卷六为辨脉法、平脉法篇。全书一百章，四百七十四证，广集前贤之说，采用“汇节分章”方法，将《伤寒论》中内容相似的条文汇为一节概括注论，纲目清楚，旨趣明畅，尤重于《伤寒论》原文的互注。又认为仲景撰《伤寒论》本于五运六气，运气学说是《伤寒论》的重要理论依据，故提出了“六经气化为病说”，用六气标本、中气升降等有关理论对《伤寒论》进行了阐发。并反对“三纲鼎立”之说，指出“辨脉法”之“风则伤卫、寒则伤营、营卫俱伤”另有旨意，非为区别风与寒。因书中对《伤寒论》颇有阐发，从而自成一家。