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喻昌一生攻读医书，对岐黄以下历代名医的著述均有研究，尤深受仲景的影响，其在《医门法律·卷五》阐发说：“谈医者，当以《灵》《素》为经，《金匮》为纬，读《灵》《素》而不了了者，求之《金匮》，矩矱森森。”指出了医者学习《内经》《伤寒论》《金匮要略》的重要性，并善于运用其中的理论指导临床实践。
1.《内经》为源 喻昌认为医者治病当依循《内经》之理，并在《医门法律·申明 〈内经〉法律》提出：治病应辨明标本，重视四时、地域对疾病的影响，审查病势之逆从，辨别脉与证是否相符，懂得疾病发展与转归的四难四易，分辨病程长短、新病久病，探求运气规律对疾病的影响，掌握药性的寒热、方剂配伍的原则、药物的毒副作用，体察患者的生活起居与情志苦乐，还要做到融会贯通、知常达变。
喻昌受《内经》五运六气理论的启发，提出热、暑、湿三气交病理论。《内经》认为：一年之中的主时之气可分为六个时间段以反映气候变化的规律，其中春分至小满为二之气，少阴君火主之；小满至大暑为三之气，少阳相火主之；大暑至秋分为四之气，太阴湿土主之。喻昌对这一学说进行发扬与改进，认为春分以后，秋分以前，少阳相火、少阴君火、太阴湿土“三气合行其事”，从自然气候方面来看，这一时间段热、湿、暑三气并行，难以区分明显的时间界限，三种气候特征常同时存在；而从临床病证方面来看，也出现了三气交病的特征，其中“痉病”“风湿”“中暑”又是三气交病的典型病证。
临证用药方面，他认为临证之中湿、热二邪联系密切，治疗用药也有相似之处，并援引《素问·至真要大论》：“热淫所胜，平以咸寒，佐以苦甘，以酸收之。湿淫所胜，平以苦热，佐以酸辛，以苦燥之，以淡泄之。湿上甚而热，治以苦温，佐以甘辛，以汗为故而止。火淫所胜，平以酸冷，佐以苦甘，以酸收之，以苦发之，以酸复之。热淫同。”基于“湿上甚而热”之说，喻昌发挥说：“可见湿淫而置于上甚，即为热淫。其人止汗，必为湿热所郁，而不能外泄，故不更治其湿，但令汗出如其故常。”湿邪郁而化热，形成湿热相交，治疗方法当令湿热随汗而解。
2.儒佛影响 喻昌的一生，有“先儒而禅、禅而后医”的经历，对于“经史百家以迄释典道记，星历戎铃，山经水注，综析无外”。
（1）儒学影响 受“仁爱”“修身立德”“济世利民”“不为良相，便为良医”思想影响，注重修养和医德。将行医作为体认天道之仁和推行仁心的慈善事业，认为从医救人具有无量无边的功德。在处理医患关系时，对自己提出了要对病人“笃于情”的严格要求，即“笃于情，则视人犹己，问其所苦，自无不到之处”，只有对病家怀有深切的同情和仁爱之心才能急人之所急，痛人之所痛。
（2）佛教影响 喻氏精通佛学，以“慈悲为怀”，“度人苦厄”，注重医德修养和自律规范。
3.学宗仲景，推崇《伤寒杂病论》 喻昌认为“先圣张仲景生当汉末，著《伤寒杂病论》，维时诸佛初传中土，无一华五叶之盛，而性光所摄，早与三世圣神，诸佛诸祖把手同行，真医门之药王菩萨，药上菩萨也”。基于对张仲景的推崇，以及《伤寒杂病论》原书已不可复见，于是以六经为纲，三百九十七法为目，详论六经证治，以尽伤寒之意，重编《伤寒论》条文，为《尚论张仲景伤寒论重编三百九十七法》，兹特以自然之理，引申触类，阐发神明，重开生面，读之快然，觉无余憾。
4.兼收并蓄 两宋金元及明代中医界的学术争鸣，临床验证，取长补短、融合各家，勇创新说的学风，不仅促进了中医学的发展，而且对喻氏影响很大。他认为“三人行必有我师”，故对历代医家的学术观点、临证经验，进行“综列群方，赞其所长，核其所短”，为我所用，在理论与实践相结合的基础上，探讨辨证论治规律，提高临床疗效。