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喻昌一生著作甚多，著有《寓意草》《尚论篇》《尚论后篇》《医门法律》《（痘疹）生民切要》《喻氏古方试验》《伤寒尚论篇编次仲景原文》《伤寒抉疑》《伤寒问答》《温症朗照》《会讲温症语录》《伤寒杂论十二则》《伤寒脉证歌》《温热燥论治》《伤寒后论》《张机伤寒分经注》等。
1.《尚论张仲景伤寒论重编三百九十七法》 又称《尚论张仲景伤寒论》，或简称《尚论篇》，成书于1648年，是喻昌研究《伤寒论》的代表著作，同时也是研究伤寒的学派中错简重订派的重要代表著作。该书集中体现了喻昌研究伤寒的思想，其体例主要是承袭明代方有执的《伤寒论条辨》，将仲景《伤寒论》条文重新编次，但在内容上多有补正，编次也有所不同。对于经文的注释，前后互文见意、相互比较，善用比喻的手法解释病机，在注释上多有不同于其他医家的独到见解。《尚论篇》全篇分为《尚论篇》4卷和《尚论后篇》4卷。《尚论篇》的学术思想主要集中体现在错简重订立论的基础上，以三纲鼎立、以纲统法的思想来重新编次《伤寒论》，重新解读《伤寒论》。卷首医论有“尚论张仲景伤寒论大意”“先辨叔和编次之失”“先辨林亿、成无己校注之失”“驳正王叔和序例”“论春温大意，并辨叔和四变之妄”“详论瘟疫，已破大惑”6篇，后论伤寒六经证治，共有4卷。喻昌在《寓意草》中还提出《伤寒论》中的397个条文，即为397法，分隶于各自纲目之下。《尚论后篇》4卷是由门人整理而成的，其中喻昌对于温病尤其是《内经》伏气温病的病因、病机及治法做了全面的阐述，此外还通过答门人问阐述了自己很多独特的观点。
2.《医门法律》 喻昌“顾穷源千仞，进求《素》《灵》《难经》《甲乙》诸书，文意浩渺，难以精研，用是参究仲景《金匮》之遗，分门析类，定为杂证法律十卷”。初刊于1658年。该书对《金匮要略》内容多有发挥，尤其强调辨证论治所应该遵循的法则，即“法”，并指出在临床辨证治疗上容易犯的错误、需要注意的，列举临床治疗的禁例，即“律”；针对诸多内科杂病的病因、病机及病程的发展变化，做了详细的论述，溯求《内经》《伤寒杂病论》之源，阐释杂病辨证理论，以风、寒、暑、湿、燥、火六气为纲进行归类；另外单列疟证门、痢疾门、痰饮门、咳嗽门、关格门、消渴门等。
3.《寓意草》 是喻昌第一部医学著作，成书于1643年，刊于1648年。这是一部具有笔记文学特征的医案集，为喻氏治疗伤寒与内科疑难杂症的病例，见解独到，用方奇特，共计60余例。前两篇是医论，后载内科杂病为主的案例。喻氏强调诊病之法则应“先议病、后用药”。“先议病”即辨病为先，而不是辨证为先，这是先病后证，尔后用药，对于临床诊疗具有重要的意义。“与门人定议病式”篇则提出病案书写要求规范，详细陈述疾病病因、病情，剖析判断辨证论治思路，层层设问，阐明验案肯綮，便于学习与掌握，对后世中医病案学的发展产生了深远的影响。
另外，书中还较早记载了人工种痘以防治天花的案例，是医案著作中的经典，对临床治疗有很高的参考价值。