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许氏毕生研究仲景学说，勇于实践，善用经方治疗外感与内伤杂病。其诊治伤寒杂病的辨证与辨病思路、施方技巧、用药特色、临证经验等都体现于《伤寒九十论》和《普济本事方》之中。尤其《伤寒九十论》，案案有论，先列病证，后论治法。医案详细记录患者姓名、性别、年龄、居处、就诊时间、发病经过、诊断治疗情况、方药运用、治疗效果，并于每案之后，还以典籍有关理论，结合个人临床经验体会加以剖析，论述精要，使之成为一份珍贵的临床资料。该书不仅记载了许氏对伤寒之证的临床实践，且开后世医案专著之先河，对医案的日臻完善和中医医案学的形成，起到了不可磨灭的奠基作用。
1.善用经方，详论方药
（1）善用经方 许氏临证善用经方，如麻黄汤、桂枝汤、青龙汤、葛根汤、桂枝加葛根汤、桂麻各半汤、白虎汤、白虎加人参汤、大小柴胡汤、大小承气汤、猪苓汤、桂枝加厚朴杏子汤、黄芪建中汤、大陷胸汤、抵当汤、理中丸、蜜煎导、麻子仁丸、茵陈蒿汤、苓桂术甘汤、甘麦大枣汤、吴茱萸汤、真武汤等常用来治疗感冒、喘证、伤寒、阳明经证与腑证、寒热往来、温病、中暑、呕吐、头痛、黄疸、便秘、脏躁、喉痹等病证，并有临证医案验证，理论与实践结合，方案合参，相得益彰。如用大青龙汤治何保义伤寒案：何保义从王太尉军中，得伤寒，脉浮涩而紧。予曰：若头疼发热，恶风无汗，则麻黄证也；烦躁，则青龙汤证也。何曰：今烦躁甚。予投以大青龙汤（麻黄、桂枝、甘草、杏仁、生石膏、生姜、大枣，发汗解表，兼清郁热），三投汗解。许氏在案后阐发说：桂枝、麻黄、青龙，皆表证发汗药。而桂枝治汗出恶风，麻黄治无汗恶寒，青龙治无汗而烦，三者皆欲微汗解。若汗多亡阳为虚，则烦躁不眠也。（《伤寒九十论·大青龙汤证第五》）
（2）详论方药 许氏应用经方注重选药，论述甚为精当，如论桂枝、麻黄用药之证，论桂枝汤用赤、白芍不同，论桂枝、肉桂的区别使用。许氏指出应用麻黄汤，“夏至后须加知母半两、石膏一两、黄芩一分，盖麻黄汤性热，夏月服之，有发黄斑出之失”，以防夏季辛温太过而造成弊端。“里间张太医家，一妇病伤寒，发热，恶风，自汗，脉浮而弱。予曰：当服桂枝，彼云家有自合者，予令三啜之，而病不除。予询其药中用肉桂耳，予曰：肉桂与桂枝不同。予自治以桂枝汤，一啜而解。”案后阐发说：仲景论用桂枝者，盖取桂枝轻薄者耳，非肉桂之肉厚也。盖肉桂厚实，治五脏用之，取其镇重。桂枝清轻，治伤寒用之，取其发散。（《伤寒九十论·桂枝证第三十一》）“论曰：仲景桂枝加减法，十有九证，但云芍药。《圣惠方》皆称赤芍药。《孙尚药方》皆曰白芍药。《圣惠方》，太宗朝翰林王怀隐编集，孙兆为国朝医师，不应如此背戾，然赤者利，白者补。予尝以此难名医，皆愕然失措。”（《伤寒九十论·辨桂枝汤用芍药证》）
2.化裁经方，治疗杂病 许氏调治杂病也非常重视对经方的化裁和应用。如用来治疗肝虚受风的真珠丸系在《金匮要略》酸枣仁汤基础上，加入珍珠母、龙齿二味直入肝经以镇飞扬浮越之神魂，配伍人参、柏子仁、当归、地黄培土荣木、补血养肝；犀角（今用代用品，下同）凉血清火以除烦，沉香行气不伤气，温中不助火，扶脾达肾，引火归原，从而熔定魂与补虚于一炉，发展了前人理论，并在临床上取得了良好效果。民国名医张山雷在《中风斠诠》中对此作出了高度评价：“近世平肝熄风之法，知有珍珠母者，实自叔微此方（即真珠丸，编者注）开其端，是不可以不录。”
3.虚人伤寒，扶正祛邪 虚人受风，正虚伤寒，临床常见，许氏发仲景未言之言，补仲景未备之方，主张先扶正然后祛邪。如感冒风寒，“脉浮紧者，法当身疼痛，宜以汗解之。假令尺中迟者，不可发汗，何以知然，以荣气不足，血少故也”。“脉浮数者，法当汗而愈，若下之，身重心悸者，不可发汗，当自汗出乃解。所以然者，尺中脉微，此里虚，须表里实，津液自和，便自汗出愈，然仲景条文未出方药，只系示后人以法”。故许氏先用小建中汤加当归、黄芪补益营气，以固其本，乃六七日营气足，尺脉应，再用麻黄汤汗出而病除。至于寻常伤风，提出不必用麻黄汤等峻剂，用轻宣即可，方如拒风丹。《伤寒九十论·麻黄汤证第四》有案例为证：乡人邱忠臣，寓毗陵荐福寺，病伤寒，予为诊视，其发热头疼烦渴，脉虽浮数无力，自尺以下不至。予曰：虽麻黄证，而尺迟弱。仲景云：尺中迟者，营气不足，血气微少，未可发汗。予于建中汤加当归黄芪，令饮之。翌日，病者不耐。其家晓夜督发汗药，其言至不逊。予以乡人隐忍之，但以建中调理而已。及六七日，尺脉方应，遂投以麻黄汤。啜第二服，狂言烦躁且闷，须臾稍定，已中汗矣。五日愈。
因此，许氏强调治伤寒注重保养真气，扶助正气，否则抗邪无力，正不胜邪即可发病。其在《伤寒发微论·论伤寒以真气为主》中云：“伤寒不问阴证阳证，阴毒阳毒，要之真气完壮者易医，真气虚损者难治。谚云：伤寒多死下虚人。诚哉是言也！盖病人元气不固，真阳不完，受病缠重，便有必死之道。何也？阳病宜下，真气弱则下之多脱；阴病宜温，真气弱则客热便生。故医者难于用药，非病不可治，主本无力也。”又说：“自身无病，真气完固，虽有寒邪，易于用药。”许氏认为，不管伤寒是阴证还是阳证，其人体的真气最为重要。真气充盛，正气充足，抗邪能力强，邪不易侵袭而致病，即使患病，也多为正邪斗争剧烈的实证，病势虽急，但不易传变，病程也较短暂，容易治愈；真气虚衰，正气不足，抗邪能力弱，不但易于感邪，且易深入，病情多变，易发生重证或危证，难于治疗。强调了真气的盛衰对于疾病的治疗与转归有着决定性意义。当然在杂病的治疗过程中，许氏也注重保养人体的真气，尤其注重对先后天之本的顾护。
4.重视灸法，兼顾针刺 许氏私淑仲景，不废针刺，重视灸法，灸药合用，综合发挥中药、针刺、艾灸三者优势，取得良好的效果，并提出风府穴“禁不可灸”。
（1）师法仲景，阴证用灸 仲景《伤寒论》论述针灸治病，总的原则是“阳证宜针，阴证宜灸”。许氏推崇仲景学说，对仲景关于灸法的观点颇赞同。他结合自己的临床实践，主张阴毒、阴证、阳微之证最宜用灸。就《普济本事方》而言，书中载方数百，除药物治疗外，基本上只用灸，极少用针。许氏将灸法用于阴证，尤其是阴盛阳脱之危急症期，这对后世灸法治疗学有很深远的影响。
（2）灸补肾阳，善用重点穴 《普济本事方》中重视温补的学术思想非常突出，除临床用药之外，在灸可温补原则的指导下，许氏常采用灸法治疗肾元不足诸证，如《普济本事方·卷二》治疗肾厥证：“治肾气不足，气逆上行，头痛不可忍，谓之肾厥，其脉举之则弦，按之石坚。”除了服玉真圆外，“更灸关元穴百壮”以温肾降逆。
许氏非常强调阳气在人体生命活动中的重要性，主张利用灸法温补肾阳，在用穴方面，重视并善于运用关元、气海、肾俞、神阙，对这些穴位的位置、主治、可灸壮数都有详解。这些穴位或属任脉，位于下焦，或属五脏俞穴，均与肾脏关系密切。《普济本事方》记载气海穴“在脐下一寸五分，任脉气所发”，“此男子生气之海也，脏气虚惫，真气不足，一切气疾，悉可灸之。阴证伤寒，不限壮数”。“关元穴，在脐下三寸，小肠之募”，治“脐下痛”，“可灸三百壮”。
（3）创隔巴豆、黄连灸 许氏创隔巴豆、黄连灸法治结胸。《普济本事方·卷九》载：“巴豆十四枚，黄连七寸和皮用。上捣细，用津唾和成膏，填入脐心，以艾灸脐上，腹中有声，其病去矣，不拘壮数，病去为度，才灸了，便以温汤浸手帕拭之，恐生疮也。”结胸证是指邪气积于胸中而出现胸脘疼痛、胀满之证，分为热实结胸与寒实结胸。并在正文下用小字注：“阴毒伤寒，关隔不通，腹胀喘促，四肢逆冷，亦依此灸之，气通可治。”可见该法利用巴豆辛热毒烈之性泻下冷积，通利逐实，黄连性寒善清，制约巴豆性味，将这两味性质有霄壤之别的药物共同使用，实是许氏的创见。