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宋代伤寒学风浓郁，重理论阐述而有所发明，代表人物如韩祗和、庞安常、朱肱等，皆探幽索隐，各抒己见，于仲景之学不无发蒙解惑之功。许氏承先贤遗绪，立足临床，岀以新意，以症类证研究伤寒，别树一帜。清代俞震《古今医案按》评价说：“仲景《伤寒论》犹儒书之《大学》《中庸》也，文辞古奥，理法精深。自晋迄今，善用其书者，惟许学士叔微一人而已。所存医案数十条，皆发明，可为后学楷模。”
1.阐发“三纲鼎立”学说 孙思邈《千金翼方》云：“夫寻方之大意，不过三种：一则桂枝，二则麻黄，三则青龙。凡疗伤寒，不出之也。”许氏亦说：“桂枝治中风，麻黄治伤寒，青龙治中风见寒脉，伤寒见风脉。”许氏在王叔和与孙思邈的基础上，提出了“三纲鼎立”，他在《伤寒百证歌·伤寒病证总类歌》中说：“一则桂枝二麻黄，三则青龙如鼎立。精对无差立便安，何须更数交传日。”对于三方的临床运用，桂枝、麻黄、青龙，皆表证发汗药，而桂枝治汗出恶风，麻黄治无汗恶寒，青龙治无汗而烦。随后，明代医家方有执单列《卫中风篇》《营伤寒篇》《营卫俱中伤风寒篇》，至此“三纲鼎立”之说基本成形，又经喻昌进一步发挥而完善。
2.临证辨病，注重八纲 八纲辨证在中医学中占有非常重要的地位，是各种辨证方法的总纲和辨证论治的核心。早在《内经》当中，就有关于八纲的内容，如“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本”。张仲景继承了《内经》中关于八纲的理论基础，创造性地提出了六经辨证论治体系，使八纲理论寓于六经辨证当中。方隅《医林绳墨》说：“抑尝考之仲景治伤寒，著三百九十七法，一百一十三方……然究其大要，无出乎表、里、虚、实、阴、阳、寒、热八者而已，若能究其的，则三百九十七法了然于胸中也。”
许氏认为，《伤寒论》虽以三阴三阳分证，但是分析病情、决定治则的关键在于明辨阴阳、表里、寒热、虚实。他指出：“伤寒治法，先要明表里虚实，能明此四字，则仲景三百九十七法，可坐而定也。”在《伤寒百证歌》中，参照仲景《伤寒论》，印证《金匮要略》及《内经》，旁及晋唐众家，并引述宋人诸说，以歌诀形式着重阐述了伤寒的辨析证治，形成了独特的八纲辨证体系。
阴证、阳证是伤寒病的总纲。阴阳不辨，就不能进一步分析表里、寒热、虚实。许氏认为，三阳为阳，而阳热之证以阳明为甚；三阴为阴，而阴寒之证以少阴为甚。所谓“发热恶寒发于阳，无热恶寒自阴出；阳盛热多内外热，白虎相当并竹叶；阴甚寒湿脉沉弦，四逆理中最为捷；热邪入胃结成毒，大小承气宜疏泄”。这种以阴阳总括伤寒证候，揭示仲景心法，确有提要钩玄之妙。
表里是疾病的位置，亦是《伤寒论》辨证的基本内容之一。许氏常把它与阴阳、寒热、虚实“相合而热”言其表，则“身热恶寒脉又浮，偏宜发汗更何求”，言其里，则有阴阳之别。在阳专指阳明腑证，在阴则总赅太阴、少阴、厥阴，许氏说：“不恶寒兮反恶热，胃中干燥并潮热，手心腋下汗常润，小便如常大便结，腹满而喘或谵语，脉滑而沉里证决……三阴大约可温之，积证见时方发泄，太阴腹满或时痛，少阴口燥心下渴。”
寒热、虚实也是辨证的重要内容。寒热、虚实有表里之分，同样，表里也分寒热、虚实。因此，许氏进一步分析说：“病人身热欲得衣，寒在骨髓热在肌”；“病人身寒衣褫退，寒在皮肤热在髓”；“脉浮而缓表中虚，有汗恶风腠理疏；浮紧而涩表却实，恶寒恶风体焚如；脉沉无力里虚证，四逆理中为对病；沉而有力紧且实，柴胡承气宜相应。”便于学者掌握。
许氏强调八纲辨证的重要性，并不等于忽视六经分证的意义。在许氏的辨证体系中，六经分证也是一个组成部分。他反对笼统地谈阴证和阳证，主张应结合六经。事实上，八纲辨证能揭示六经学说之实质，六经辨证也能丰富八纲学说的内容，只要两者紧密结合，灵活应用，就能提高辨证的准确性。
3.阐发脉法，阴阳统领 许氏对脉象颇为重视，《伤寒百证歌》第一证为“伤寒脉证总论歌”，在《伤寒发微论》中也有专篇论述脉象，并著有《仲景脉法三十六种图》（已亡佚）。
首先，许氏论脉，以仲景脉法为本，在《伤寒百证歌·伤寒脉证总论歌》中，其用阴阳统筹脉象。“大浮数动滑阳脉，阴病见阳生可得，沉涩弦微弱属阴，阳病见阴终死厄”。简洁明了地指出了脉象的阴阳属性。又说：“发热恶寒发于阳，无热恶寒自阴出，阳盛热多内外热……阴盛寒湿脉沉弦。”同时，他还强调“仲景伤寒脉不可与杂病脉同日而语”。伤寒以脉之大、浮、数、动、滑为阳，沉、涩、弦、微为阴，而《脉诀》则以动脉为阳，弦脉为阴，许氏认为这是伤寒与杂病之脉不同之处。
其次，他对三部九候之诊也很重视。如“右手气口当主气，主血人迎主其位。气口紧甚食必伤，人迎紧甚风邪炽。趺阳胃脉定死生，太溪肾脉为根蒂”。趺阳、太溪二脉对后天脾胃、先天肾气的诊察颇为重要，对危重病人的预后也有参考价值。
此外，他还重视从脉的盛衰变化来分辨疾病的传变及转归预后。如脉见一息九至，乃精气消，神气乱，须急救治；若九至十至，如泉之涌，脉无人气，乃天真尽，为必死亡候。只有三部调匀，大小浮沉迟数同等，才为脉已和，虽有寒热不解，病亦可愈。许氏所言内容虽大都源于仲景之论，但若无临证之深入体验，是难有如此深刻认识的。
许氏诊小儿不仅重视脉象，还重视指纹。他说：“凡婴儿未可辨脉者，俗医多看虎口中纹色与四肢冷热，验之亦可取……紫热红伤寒，青惊白色疳，黑时因中恶，黄即困脾端。”这是最早关于指纹验病的记载，在中国医学史上具有极为重要的意义。
4.编纂歌诀，传播伤寒 两宋时期政府重视中医，《伤寒论》《金匮要略》不仅是当时的学校教材，而且是学习中医的必读之书。为便于后学习诵，许氏取仲景方论，以“七字韵言，意赅言简”纂为歌诀100首，名之曰《伤寒百证歌》。其主要阐述《伤寒论》中证、治、方、药等问题，强调以阴阳、表里、寒热、虚实为辨证关键，因证论方，因方辨证，且“注中所引《素问》《难经》《甲乙经》《伤寒论》《金匮》《巢源》《千金》《外台》《活人》、华元化以及孙兆、庞安时诸公，又皆神奇，出人意表”，并将自己的心得体会夹述其中，以裨后学。这种由博返约的写作方法，对《伤寒论》辨证论治精神之普及起到了一定作用。
近代名医何廉臣谓：“宋时为其学者，有成无己之注，李柽之《要旨》，王实之《证治》，韩祗和之《微旨》，庞安常之《总病论》，朱翼中之《活人书》，钱闻礼之《百问歌》，虽皆各有所长，而知可之书为最能得仲景之精义。”“足以继往开来，大有功于仲景者，当以《伤寒百证歌》为第一。其间有所缺点者，为之新增；有所难解者，为之浅之，以成完整，庶几治伤寒者得所依据，以深入南阳堂奥乎？”
如第三证表证歌云：
身热恶寒脉又浮，偏宜发汗更何求。（仲景云：脉浮，宜以汗解之）
要须手足俱周遍，不欲淋漓似水流。（《金匮》云：凡发汗，欲令手足皆周，
一时间益佳，但不欲流离。若病不解，当重发汗。汗多则亡阳，阳虚不得重发汗也）
轻则随时与和解，重须正发病当瘳。（仲景有和解之者，有正发之者。和解若小柴胡、桂枝是也，正发若麻黄之类是也）
初春阳弱阴尚胜，不可亟夺成扰搜。
夏时暑热脉洪大，玄府开时汗易谋。（初春阳弱，不可大发汗以扰乎阳。夏则玄府汗空开，故易汗）
不可汗脉微而弱，更兼尺中脉迟缓。（《金匮》云：脉微不可发汗，无阳故也。又云：尺中脉迟，荣不足，血气少，不可汗）
微弱无阳迟少血，安可麻黄求发散。
更有衄血并下血，风温湿温如何发。（仲景云：衄家不可发汗，发汗则额上陷。亡血家不可发汗，发汗则寒栗而振）
坏病虚烦且慎之，腹间动气宜区别。（此五证皆不可汗。解在第三十一）
妇人经水适来时，此是小柴胡证决。
忽然误汗表里虚，郁冒不知人作孽。（妇人经水适来适断，属小柴胡证。误汗，郁冒不知人）
第三十九证发热歌云：
太阳发热恶寒栗，阳明身热汗自出。
少阳发热多干呕，三阳发热证非一。（仲景云：发热而恶寒者，发于阳也。大抵三阳多发热。太阳证云：啬啬恶寒，翕翕发热。故太阳发热则恶寒栗也。阳明证云：身热汗出，不恶寒，反恶热，故阳明发热则自汗也。少阳证云：头痛发热，胁下坚满，干呕，故少阳发热则呕）
大抵寒多为易治，热多寒少因寒极。（寒极生热，故热多者寒之极。寒多者病浅，故易治焉）
解热大小柴胡汤，更看浅深为妙术。（若发热无表证，当用大小柴胡汤。热浅者，宜小柴胡，热深者，宜大柴胡。小柴胡解肌，大柴胡正下之也。当以外证内脉为之准）
三阴初无发热证，唯有少阴两证实。
脉沉发热属麻黄，里寒外热宜四逆。（仲景云：少阴病始得之，反发热，脉反沉者，麻黄细辛附子汤主之。又云：少阴病下利清谷，里寒外热，手足厥逆，通脉四逆汤主之）
另外，许氏在《伤寒百证歌》中把仲景运用汗、吐、下、火、水、针等法的内容进行归纳比较，条分缕析，示人法度。这种方法，王叔和早有发轫，但许氏却能师古不泥，并加以发挥，使所选条文更具代表性和说服力，而且所立方剂也愈加丰富，显示了其真知灼见。