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《内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。《素问》以阴阳五行作为说理工具，重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同，除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴、针具、刺法及治疗原则等。
阴阳，本属中国古代哲学范畴，是指事物内部相互对立的两个方面。阴阳学说认为，自然界万事万物的发生、发展、变化都是事物内部的阴阳矛盾运动所决定。《内经》引入阴阳学说作为说理工具，认为事物内部的阴阳双方既相互交感、互根互用，又对立统一、消长转化，为世界万物发生、发展、变化、消亡的内在动力，《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”并借用阴阳的理论来阐释人体的组织结构、生理功能、病理变化，以及疾病的诊断和治疗。如《素问·宝命全形论》中的“人生有形，不离阴阳”、《素问·生气通天论》中的“阴平阳秘，精神乃治”，用以说明人体的生理活动；《素问·调经论》中的“阳虚则外寒，阴虚则内热”，用以说明人体的病理变化；《素问·阴阳应象大论》中的“善诊者，察色按脉，先别阴阳”，用以诊断疾病等。
五行，是指木、火、土、金、水五种物质的运动，其间存在着生克制化的关系。自然界一切事物都是由五行之间的运动变化而生成，如果说阴阳学说主要是阐发事物的发生与发展规律，那么五行学说则主要是揭示事物之间的内在联系。《内经》运用五行学说作为说理工具，来阐明人体的生理现象和病理变化，如运用五行的特性来阐明脏腑的功能，运用五行之间的生克制化来论证脏腑之间功能上的联系和病理上的影响，建构人体内部的统一体。不仅如此，更重要的是《内经》运用五行学说来说明人与自然的关系，即采用五行归类的方法，将人体内的脏腑组织、气血津液与自然界的季节、方位、气味、音色等联系起来，人体内外息息相关，相互沟通和感应，形成统一的整体。
值得提出的是，阴阳学说与五行学说虽各有特点，但在《内经》中常将二者结合在一起来阐释有关医学问题。如《灵枢·官能》说：“言阴与阳，合于五行，五脏六腑，亦有所藏，四时八风，尽有阴阳。”总之，阴阳五行理论被成功地引入中医学领域，成为《内经》理论体系的重要组成部分。
《内经》藏象学说是专门研究“象”与“藏”相互关系的一种理论，是以五脏为主体，将六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等各组织器官分成五大系统，五大系统之间通过经脉的络属沟通，相互联系，形成统一的整体。《内经》藏象学说的研究目标是脏腑的形态及其生理功能、病理变化，其研究特点有二：一是通过解剖分析的直接观察法，来认识脏腑的形态和功能，如《灵枢·经水》说：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小……皆有大数。”二是运用哲学思维以天人相应的整体观的方法认识脏腑的生命活动规律，如《素问·六节藏象论》云：“肾者，主蛰，封藏之本，精之处也，其华在发，其充在骨，为阴中之少阴，通于冬气。”将脏腑的功能特点和自然界联系起来，肾通应于冬，天人相应，因之具有潜藏精气的作用。又精生髓，髓充于骨，精血互生，发赖血养，故肾又有主骨、生髓、润养毛发的作用。《内经》藏象学说是中医学理论体系的核心内容，是中医临床辨证论治的重要理论基础。
经络是人体气血运行的通道，人体的脏腑组织器官、身体的内外上下通过经络联系在一起。《内经》的经络系统包括了经脉、络脉、经别、经筋、皮部等部分，其中经脉部分又分为十二正经、奇经八脉、十二经别；络脉则有别络、浮络、孙络之分；十二经脉又各与其本身脏腑直接络属，从而沟通了脏腑之间以及脏腑与经络之间的复杂联系；而十二经筋和十二皮部则沟通了经络与体表组织之间的联系。《内经》经络学说，即是研究人体经络系统的生理功能、病理变化及其与脏腑、气血津液相互关系的学说。因此，它与藏象学说一样，也是《内经》理论体系的重要内容。
《内经》的经络系统是中医学的一大发现，自古以来对其研究者众多，随着科学技术的发展，经络现象吸引越来越多的学者研究，他们运用电生理学、解剖学、生物物理学、神经系统等的研究方法，采用穴位皮肤电测定、皮肤温度测定及照相、放射核素穴位注射、液晶热象图、激光照相、离子微电极技术、声发射测试、低频脉冲电刺激、磁共振技术等多种手段，证实了经络现象的客观存在。对于经络实质的探究，已成为学术界研究的热点。
病因，即致病因素。《内经》认识到外在自然气候的反常变化和内在情志的刺激，是导致疾病发生的两大重要致病因素，前者称为“六淫”，后者称为“七情”，且以二者之内、外来源不同，将其分为阴、阳两大类。《素问·调经论》说：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒。”《内经》将病因分阴阳，是中医学最早的病因分类法，是后世“三因”分类法的基础。
六淫是风、寒、暑、湿、燥、火六种外感病邪的总称。六淫致病虽各有其特点，但季节性是其共同的特点，如春季多风，夏季多暑，长夏多湿，秋季多燥，冬季多寒；此外，还有地域性特点，如《素问·五常政大论》说：“地有高下，气有温凉，高者气寒，下者气热。”《素问·阴阳应象大论》曰：“东风生风”“南方生热”“中央生湿”“西方生燥”“北方生寒”等。七情，分为喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七类，在一般情况下属于生理活动的范围，并不足以致病。但若长期的精神刺激或突然受到剧烈的精神创伤，超出了生理活动所能调节的范围，则会导致人体阴阳气血、脏腑经络的功能失调，称为情志致病。另外，不良生活习惯、刀伤等亦可致病。
病机即疾病发生、发展、变化的关键。《内经》病机学说的主要内容就是研究疾病的发生、发展与变化的机理，包括发病和病理机转两个方面。
《内经》认为，致病因素作用于人体后能否使人发病，与人体内的正气强弱、个体体质差异及精神状态有着密切关系，因而提出“正气存内，邪不可干”（《素问·刺法论》），“邪之所凑，其气必虚”（《素问·评热病论》）的疾病发病观，强调正气在发病中的重要作用，正气的强弱是决定人体是否发病的关键，并以斧斤伐木为喻，说明了体质与发病的关系。
在疾病的病理机转上，《内经》概括为正邪相搏、阴阳失调、升降失常、虚实盛衰等几个重要病机，提出“邪气盛则实，精气夺则虚”（《素问·离合真邪论》），“阴阳离决，精气乃绝”（《素问·生气通天论》），“非出入则无以生长壮老已，非升降则无以生长化收藏”（《素问·六微旨大论》）等学术观点。并在《素问·至真要大论》中强调“审察病机，无失气宜”，专立“病机十九条”以作审察病机之垂范。关于疾病的传变与转归，《内经》除指出某些“卒发”疾病无明显传变规律外，着重提出了表里相传、循经传变、脏腑相移、生克次第等多种传变方式，均示人以规矩。
病，指疾病；证，指证候。病证是在一定条件下致病因素作用于机体，引起人体脏腑气血功能失调的病理过程。但《内经》中并未将病与证严格分开，有以病的概念述之，如咳嗽、消渴、肿胀、癫狂、煎厥、薄厥、泄泻、痿病、痹病、疟疾、温病、中暑、痈疽、积聚、阴阳交、劳风、鼻鼽、鼻渊、不寐、闭经等；有以证的名称述之，如头痛、胁痛、腰脊痛、目疼、身热、汗出、恶风、鼻干、咽干、耳聋、腹满、不欲食、谵言、小便数、手足寒、手足热、呕血等。据不完全统计，《内经》论述的病证多达300多种，可以分为六淫病证、脏腑病证、经络病证、气血津液病证、情志病证、饮食病证、起居病证等病证，涉及内、外、妇、儿、皮、五官等临床各科，反映了《内经》时代已有较高的临床水平，为后世临床学科的发展奠定了基础。
诊法，即诊断疾病的方法。《内经》的诊法是在“有诸内必形诸外”理论的指导下，通过对疾病现象的观察，采用望、闻、闻、切等手段收集临床资料，然后进行分析、归纳、综合，最后作出判断。其特点是保持观察对象的完整性，“从外知内”“知常达变”。如《内经》的望诊，主要是通过观察患者的精神、形体、颜面、官窍、毛发、二便、肤色等，以获取色泽、形态、神色等方面的异常变化。《内经》的望诊非常重视色泽的变化，凡色泽明润含蓄，表示脏腑精气充足；色泽枯槁晦暗，则是脏腑精气衰弱的征象。闻诊主要是通过听觉、嗅觉来获取患者呼吸、语言、声音、气息、气味等方面的变化。问诊则是通过医患交流，来获取患者的饮食、居处、情志、喜恶及其发病的经过方面的资料。切诊是《内经》诊法的重要内容，包括切脉象、按胸腹、触肌肤、握手足等。在《内经》诊脉方法中，有遍诊脉法、三部九候诊法、人迎寸口脉诊法及寸口脉诊法等。仅寸口脉诊，就有二十余种脉象和主病。此外，《内经》还发明了用健康人的呼吸来测定患者脉搏迟速的诊断方法，以及描述了“真脏脉”的脉象特征和预后，至今仍为中医诊断学的重要内容。
值得提出的是，在诊断疾病过程中，为最大限度避免误诊，《内经》强调诊法要诸法并用，四诊合参。如《素问·脉要精微论》说：“切脉动静而视精明，察五色，观五脏有余不足，六腑强弱，形之盛衰，以此参伍，决死生之分。”指出了“四诊合参”的重要性。
论治包括治则、治法、制方。《内经》论治疾病是以正确的诊断为前提的，其特点就是因人、因时、因地制宜原则，后世称为“三因制宜”。
治则，即治疗原则，是决定治疗方向的大法。《内经》中的治则归纳起来有治病求本、因势利导、同病异治、异病同治、标本缓急、虚实补泻、寒热温清，以及无病先防、有病早治等。
治法，即治疗方法，是具体实施的治疗措施。《内经》所记载的治疗方法甚多，如针砭、灸焫、药物、熏洗、药熨、敷贴、按摩、导引、束指、饮食和精神疗法等，反映了《内经》治法的广泛性和多样性。其特点是详于针刺，略于药物，如从针具的选取，到针刺的手法、宜忌及据病选穴等均有记载。而关于药物的组方，全书却只有区区13个方剂。
在制方遣药上，《内经》不但推出了君、臣、佐、使的制方法则，而且最早提出大、小、缓、急、奇、偶、重之“七方”分类法，这些内容奠定了中医方剂学的理论基础。
养生，即保养生命，延年益寿，又称为摄生、卫生、道生。《内经》非常重视养生，其开篇《素问·上古天真论》就详细地阐述了养生学说的理论、原则和方法。《内经》的养生学说是在“天人相应”的理论体系下建立起来的，分为养形和养神两大类，皆以保养精气作为养生之根本。首先，强调养生的总体原则是顺应自然。要求一个自然机体在“法于阴阳”的原则下“顺四时而适寒暑”“春夏养阳，秋冬养阴”。对于自然界阴阳的变化“逆之则灾害生，从之则苛疾不起”。其次，提出养生的重要措施是调摄情志。“恬惔虚无”则“真气从之”，“精神内守”而“病安从来”？只有做到“志闲而少欲，心安而不惧”，才能“气从以顺”“皆得所愿”。其次，指出养生中不可忽视的一个方面还有饮食、起居的摄养，如饮食方面要“食饮有节”“谨和无味”；劳作方面要“形劳而不倦”，避免“醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真”。最后，还应积极参加导引按
等健身活动。只有自觉地综合运用这些养生方法，才能做到“形与神俱，而尽终其天年”。总之，《内经》的养生学说对我们研究预防医学、康复医学具有重要价值。
五运六气，简称运气。《内经》的运气学说主要来自《素问》的七篇大论，是在“天人相应”的理论指导下，以阴阳、五行为说理工具，以天干、地支作为演绎工具，来揭示自然界天象、气象、人象的变化规律及其之间的密切关系。其主要内容是运用干支纪年的推算法，以“甲子”六十年为一周，又将十天干联系五运，十二地支联系六气，通过五运与六气相互运动，形成了六十种气象变化的模型，用于推测自然界的“生长化收藏”规律对人体的健康和疾病流行的影响。所谓“形气相感，而万物化生矣”。（《素问·天元纪大论》）运气学说作为古代的医学气象学，是《内经》理论体系的组成部分之一，它对今天研究医学与气象学的关系及对流行疾病的监测有重要的参考价值。
依据学术界公认之善本——明·赵开美翻刻宋本《仲景全书·伤寒论》，本书共10卷，总22篇。分为3个板块“前4篇”“中10篇”“后8篇”。前4篇依次为辨脉法、平脉法、伤寒例、辨痉湿暍脉证；中10篇依次为辨太阳病脉证并治（上、中、下）、辨阳明病脉证并治、辨少阳病脉证并治、辨太阴病脉证并治、辨少阴病脉证并治、辨厥阴病脉证并治、辨霍乱病脉证并治、辨阴阳易差后劳复病脉证并治；后8篇依次为辨不可发汗脉证并治、辨可发汗脉证并治、辨发汗后脉证并治、辨不可吐、辨可吐、辨不可下病脉证并治、辨可下病脉证并治、辨发汗吐下后病脉证并治。而通常所说的《伤寒论》398条，是指中10篇内容，其核心是六经病证的辨证论治，也是学习《伤寒论》的重点，本教材《伤寒论选读》条文即是摘录于“中10篇”的内容。
《伤寒论》是以“六经”分类辨治诸病证的，被后世称为六经辨证。所以学习《伤寒论》必须明白六经、六经病和六经辨证的概念。
六经是三阴三阳的统称，包括太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴。但《伤寒论》并无“六经”之名，其名来自宋·朱肱《南阳活人书》。朱氏将《伤寒论》中的三阳病、三阴病称为六经病，自此所谓《伤寒论》六经辨证由是而生。六经又各分为手、足二经，总为十二正经。然而，这里六经的“经”，并非专指经络，也包括所属相应脏腑，如太阳病，既指足太阳的经络病，也包括足太阳的膀胱腑病。所以，“六经”的概念乃是十二经脉及其所属脏腑功能气化的统一体。
六经病，《伤寒论》以外感病作为切入点，将外邪侵入人体所导致的各种证候进行分析、归纳、综合，分为六大类，以六经概括之。每一类证候实为外感疾病的不同阶段的证候群，病在经络者为经证，属于六经表证；病在脏腑者为脏证、腑证，属于六经里证。三阳病有经证、腑证，三阴病有经证、脏证。此外，外邪在侵犯人体后，或因失治、误治，或因邪气转化，或因体质差异，可出现兼夹证及变证，后者实已属于杂病范畴。
六经辨证是根据六经所属的脏腑经络、气血津液的生理特点和病理变化，对临床证候进行辨治的方法和体系。具体而言，《伤寒论》的六经辨证，就是根据人体正气的强弱、病势的进退、病情的缓急等各方面的因素，对疾病发生、发展过程中的各种证候，即病、脉、证、治各方面进行分析、归纳、综合，借以判断病变的部位、病邪的性质、正邪的盛衰以及治疗的顺逆等，从而作为其诊疗的依据。
《伤寒论》的六经辨证是在《素问·热论》六经分证的基础上，吸收汉以前有关平脉辨证与医疗实践的经验，使之更加系统化和更具有实践性。如《素问·热论》只是将六经作为一个分证的概念，而不是作为一个辨证的方法；在内容上，也只论述了六经的热证、实证，而未论及其虚证、寒证。而《伤寒论》的六经是以脏腑经络为基础，既作为分证的纲领，又作为论治的依据；在内容上，不仅论述了热证、实证，也论述了虚证、寒证；既论单一本证，又论兼证变证；既论两感于邪，又论合病并病。因此，《伤寒论》六经辨证较之《素问·热论》六经分证有了质的改变，它既是辨证的纲领，又是论治的准则，不仅指导外感病的治疗，而且被广泛用于杂病的辨治，是后世八纲辨证、脏腑辨证、经络辨证、卫气营血辨证、三焦辨证等诸多辨证方法诞生的摇篮。
《伤寒论》中10篇的题目皆是以“某病脉证并治”的格式书写，从这里可以看出，所谓六经辨证的内容主要表现在病、脉、证、治四个方面，其目的是找出六经病的病位、病势、病性等，从而施以对应的方剂治疗。兹将六经辨证内容简介如下。
太阳病是外感疾病的初期阶段。太阳主表，为人身之藩篱，所以邪气侵入人体，太阳首当其冲，而表现为经表证。太阳病以“脉浮，头项强痛而恶寒”为提纲证，凡见此脉证者，即为太阳病。太阳病分为太阳表证（经证）和太阳里证（腑证）两大类。而太阳表证又根据感邪的性质和患者的体质不同，分为太阳中风、太阳伤寒、太阳温病三个证型：太阳中风以发热、汗出、恶风、头项强痛、鼻鸣干呕、脉浮缓为主要表现。其病机为卫不外固，营不内守。由于其汗出、恶风、脉浮缓的病理特征，后世又称为表虚证。太阳伤寒以恶寒、发热、头项强痛、身体疼痛、恶寒而喘、呕逆、脉浮紧为主要表现。其病机为营卫郁滞，肺气郁闭。因其无汗、恶寒、脉浮紧的临床特征，后世又称此为表实证。太阳温病以发热、口渴、轻微恶寒或不恶寒、脉浮数为主要表现。其病机为温热袭表，肺卫失和。因其初起即现热象，后世又称之为表热证。太阳里证，有蓄水、蓄血之分：太阳蓄水证为太阳受邪，循经入腑，与水相结，导致膀胱气化不利所致。临床以脉浮、发热、口渴、小便不利、少腹满为主要表现。太阳蓄血证为表邪不解，循经入里化热，热与血结，蓄于下焦膀胱位置。其临床以少腹急结或硬满、其人如狂或发狂、小便自利为主要表现。此外，太阳病还有许多兼证，如太阳中风兼项背强急、兼喘、兼汗漏不止、兼胸满、兼身疼等。又有因太阳病失治误治而导致的诸多变证，如结胸、痞证、脏结，以及心、脾、肾多脏器阳气虚衰诸证。
阳明病是外感疾病的极期阶段。阳明多气多血，邪气侵入阳明，正邪斗争激烈，邪热亢盛，表现为里、热、实证。阳明病以“胃家实”为提纲，其临床特征表现为，发热、汗自出、不恶寒、反无热、脉大等，凡见此脉证者，即为阳明病。阳明病分为阳明热证（经证）和阳明实证（腑证）两大类。阳明热证，初起表现为热扰胸膈，可见心中懊
、饥不欲食、但头汗出、手足温等症。随着邪热亢盛，充斥表里，导致表里俱热，或兼津气受损，则可见大热、大汗、大渴、脉洪大等阳明热证之典型脉证。若阳明邪热与肠中糟粕结聚，形成燥屎，导致腑气不通，出现腹满硬痛、不大便、潮热、谵语、手足濈然汗出，脉沉实者，则为阳明实证。若阳明邪热下劫肾阴，导致阴虚水热互结，可见小便不利、发热、口渴、心烦不寐等症。阳明病的核心病机为阳明邪热，临床除表现为上述两大主证型外，还可以见到脾约、发黄、蓄血、血热等证。阳明邪热损伤脾阴，脾转运津液失常，津液偏渗于膀胱，而见小便数、大便硬者，为脾约；阳明与太阴相表里，若阳明邪热与太阴湿气相合，湿热蕴结，而为发黄证；若阳明邪热窜入血分，瘀热互结，则会导致喜忘、大便色黑而硬但排出较易的蓄血证，或血热妄行而见衄血、便血等。
少阳病是外感病的正邪分争期，后世称为“半表半里”证。邪入少阳，胆火内郁，枢机不利，表现为“口苦，咽干，目眩”的提纲证。少阳病主要脉证特点是往来寒热、胸胁苦满、默默不欲饮食、心烦喜呕、脉弦细等，而其标志性的症状有三：口苦、往来寒热、胸胁苦满。“少阳为枢”，枢机不利可以导致若干兼夹证候，如兼太阳之表，可见发热、微恶寒、支节烦疼、微呕、心下支结；兼阳明之里，可见呕不止、心下急、郁郁微烦、不大便，或心中痞硬、呕吐、下利；兼太阴之寒饮内结，可见往来寒热、心烦、胸胁满微结、小便不利、渴而不呕，但头汗出；如少阳邪气弥漫，扰乱神志，表里俱病，虚实互兼，则可见胸满烦惊、小便不利、谵语、一身尽重不可转侧等。
太阴病为三阴病的初始阶段。邪入三阴，阳气不足，“脏有寒也”。故以“腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛”为提纲证。其病机则是脾阳不运，寒湿内盛。太阴病有脏证、经证之分，提纲证即是太阴脏证；而太阴经证是太阳病误下，表邪内陷于足太阴经脉，气血不通，以腹满时痛，或腹大实痛为主要表现，而无呕吐、下利等脾气运化失常证候。此外，若太阴寒湿在里不解，郁而发黄，则见寒湿发黄；若太阴病进一步发展，往往演变为脾肾虚寒，形成少阴寒化之证。
少阴病是外感病发展过程中的危重阶段。病至少阴，心肾阴阳气血皆衰，故提纲证云：“脉微细，但欲寐。”少阴病主要分为寒化证、热化证两大类。寒化证为心肾阳气虚衰，阴寒内盛，症见手足厥冷、恶寒蜷卧、冷汗淋漓、下利清谷、小便清利、渴喜热饮、脉沉微，甚至脉微欲绝等；热化证为少阴心肾阴虚，阳亢化火，症见心中烦、不得卧、咽干咽痛，或下利口渴，舌红少苔或无苔，脉细数等。此外，少阴病还兼有太阳表证的太少两感证、少阴水竭土燥转归阳明的急下证、少阴热移膀胱证，以及阳衰于下、阴竭于上的下厥上竭证等。
厥阴病为外感病的末期阶段。厥阴为六经之尽，阴尽阳生，加之厥阴肝木，上连心火成子母相应，下接肾水为乙癸同源，既可热化，又可寒化，所以病至厥阴，往往是寒证、热证、寒热错杂证俱可呈现，故以“消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食则吐蛔”的寒热错杂证为提纲证。寒热错杂、上热下寒为厥阴本证之核心证候，甚至可因正邪相争，阴阳消长，见手足厥逆与发热交替出现，谓之厥热胜复。若木从水化，阳气虚衰，则为厥阴寒证，为少阴寒化进一步发展，临床表现与少阴寒证同；若木从火化，阳气亢奋或来复太过，则为厥阴热证，可见热利下重、便血、喉痹等。若厥阴肝木疏泄失常，“阴阳气不相顺接”，可见四肢厥冷之诸厥逆证；影响脾胃，则可见呕、哕、下利等症。
此外需要指出的是，六经可以单独为病，也可以两经或三经合并为病，因此，在六经病证中又有“合病”“并病”之称。凡两经或三经证候同时出现，称为合病。《伤寒论》中有太阳阳明合病、太阳少阳合病、阳明少阳合病、三阳合病四类。凡一经的病证未罢，又出现另一经证候，称为并病。《伤寒论》中有太阳与少阳并病、太阳与阳明并病、少阳与阳明并病三种。
六经病证是脏腑经络变化的临床表现，人体脏腑经络互为表里，相互络属，成为一个不可分割的整体，故往往一经有病，就会影响到其他经，从而产生六经病的传变。六经传变学说是《伤寒论》在《内经》外感病发展变化规律的基础上所创立的，揭示了外感疾病发生发展变化的内在规律，也是六经病的特征之一。传，是指病情循着一定的趋向发展，由一经而传到另一经，分别有循经传、表里传等形式。如太阳病传到阳明病，少阳病传到太阴病等，即为循经传；若太阳病直接传到少阴病，少阳病直接传到厥阴病，则为表里传。变，是指病情在某些特殊情况下，不按一般传变规律发展，而发生了性质的改变，《伤寒论》称之为“坏病”。如太阳病变为结胸、痞证、脏结等。传与变都是强调疾病不是一成不变的，而是在不断变化着的，所谓某经病，只是外感疾病过程中的一个相对表现有该经特点的病理阶段，而且传与变之间存着一定的联系，临床往往以“传变”统称。
六经病传变与否，主要取决于三个方面：一是决定于正气的盛衰。正气充盛，抗邪有力，则邪不能内传；反之，正气虚衰，抗邪无力，则邪气内传。即使邪已内传，若正气得到恢复，足以祛邪外出时，则可使病情由里出表而向愈。二是决定于邪气的轻重。感邪重，其势盛，则邪气往往内传，甚至直入三阴；感邪轻，或在与正气斗争中衰退，则无力内传，即使内传，致病能力也较弱，往往容易被正气或药物驱之外出。三是决定于治疗得当否。在外感疾病发生发展的过程中，能否进行早期治疗、正确治疗，则是关系到疾病能否传变及传变趋向的重要因素。
六经病证特别是三阴经病证的发病，不仅只是从传经而来，而且还有“直中”一途。直中是指病邪不经太阳初期或三阳阶段而直接进入阴经的一种发病形式。之所以会产生直中，其主要原因是机体正气虚弱，抗邪无力，因此病邪才得以越阳而达阴，所谓“邪之所凑，其气必虚”。
论治包括治则、治法、方药三个方面。《伤寒论》的治则主要是调和阴阳和扶正祛邪两大类。调和阴阳是治疗疾病的总法则，《内经》认为，人体的疾病状态是阴阳失衡的表现，所以《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”《伤寒论》实践《黄帝内经》理论，第一首方桂枝汤就是调和阴阳的，论中诸多方剂也是本于阴阳之盛衰而用，充分体现《内经》“治病必求于本”，本于阴阳的思想。扶正祛邪在《伤寒论》中贯彻始终，扶正体现了“扶阳气”和“存津液”的基本精神，达到正盛则邪去、邪去则正安的目的。
在具体的治法上，《伤寒论》概括有汗、吐、下、和、温、清、消、补、涩九法。如麻桂剂之汗法、瓜蒂散之吐法、三承气汤之下法、柴胡剂之和法、四逆辈之温法、白虎剂之清法、抵当汤之消法、理中汤之补法、桃花汤之涩法等。总的来说，三阳病多表、热、实证，宜用祛邪之法；三阴病多里、虚、寒证，宜用扶正之法。
《伤寒论》奠定了中医方剂学的基础，所列方剂精当灵验，备受历代医家推崇，被誉为“方书之祖”。《伤寒论》中共载方117首，计汤剂98方，散剂8方，丸剂6方，含咽剂2方，灌肠剂2方、肛门栓剂1方。其中有2方（禹余粮丸、土瓜根汁方）缺药物组成，实为115方。还有两组方剂属于一方两法，即药物组成相同而剂型不同，如半夏散与半夏汤、理中丸与理中汤，如将之合二为一，则实为113方。这些方剂配伍严谨，主治明确，且方后附有煎服法、加减法、禁忌证及注意事项，具有较强的针对性和实用性，用之于临床，屡验不爽。
《金匮要略》共25篇，除最后三篇为杂疗方和食物禁忌外，前22篇均以条文形式论述，共计398条。篇名中记载疾病有近50种，载方205首（其中4首有方名而无药物组成），用药155味。
首篇《脏腑经络先后病脉证第一》从整体观出发，对疾病的发病原因、病因分类、诊断方法（望诊、切诊）、疾病论治及预防护理等均做了原则性论述，相当于全书的总论。自第二篇至第二十二篇则为各论部分，每篇篇名均冠以“病脉证治”，以病为纲，以证为目，病证结合，脉证合参，对多种疾病进行了辨证论治。其中第二篇至第十七篇论述了内科病的证治；第十八篇论述了外科病的证治；第十九篇论述了趺蹶等五种不便归类疾病的证治；第二十篇至第二十二篇则专论妇产科病的证治，被称为“妇人三篇”。最后三篇记载了杂疗方和食物禁忌，相当于附录部分。
《金匮要略》可谓是中医杂病之集要，但从篇名而言，就有50种疾病。其中有以主症命名者，如痉、咳嗽、心痛、短气、消渴、小便不利、胸满、腹满、呕、哕、下利、黄疸、惊悸、吐衄、下血等。这些症状，正是临床辨证的核心，也是辨病的关键，如此命名，突出了主症，便于确认病变脏腑。如消渴以渴欲饮水、饮不解渴为主要临床表现，围绕此主症进行辨治，热者清，虚者补，如“渴欲饮水，口干舌燥者，白虎加人参汤主之。”“男子消渴，小便反多，以饮一斗，小便一斗，肾气丸主之”。有以病因病机命名者，如湿、暍、蛔虫、宿食、痰饮、水气、瘀血、中风、血痹、虚劳、积聚等，乃是据其主要病因而命名，如此则直接揭示出病因，便于有针对性地制定治则治法。如痰饮病的命名，揭示出致病因素为痰饮，再据痰饮的性质提出治疗原则为“当以温药和之”，并根据痰饮停留的部位不同而分为痰饮、悬饮、溢饮、支饮进行辨证论治；有以病位结合病机而命名者，如胸痹、肺痿、肺痈、肠痈、肝着、肾着、脾约、趺蹶、手指臂肿、妇人热入血室等，如此命名则易于厘清病位，抓住病机。如胸痹病，仅看病名便知其病位在胸膺部，以胸阳不振、阴寒痹阻不通为基本病机，在此基础上，再辨别其虚实、轻重、缓急进行论治；此外，对不符合上述命名原则的疾病则以特殊临床表现而命名，如百合、狐
、阴阳毒、历节、奔豚气、阴狐疝、浸淫疮等，这些疾病临床表现具有唯一性，是其他杂病不具备的。如奔豚气病，发于惊恐，为气作祟，发作时气从少腹上冲胸咽，患者痛苦异常，过后或平时则一如常人，其发病特征非常明显，见其症便可断其病。如此命名，更利于初学者掌握。
早在《内经》中就将病因分为“阴”“阳”两大类，但较系统而全面进行病因分类者，《金匮要略》实属首创。仲景以天人相应的整体观念为指导，在病因方面以脏腑经络分内外，提出了“千般疢难，不越三条”的病因分类学说。《金匮要略·脏腑经络先后病脉证第一》云：“千般疢难，不越三条：一者经络受邪，入脏腑，为内所因也；二者四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”同时强调人体正气在发病中的重要性，提出“若五脏元真通畅，人即安和”的发病学观点。在病机方面以“厥阳独行”为例，指出阴阳失调是一切内伤杂病的总病机。在此基础上根据人与自然以及人体内部各脏腑间的相互关系，论述了发病和病机演变规律，如《脏腑经络先后病脉证第一》篇云：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾。”掌握了疾病的传变规律，即可进行预见性的治疗，及时截断疾病的传播途径，使病变局限化，易于治疗，这是杂病防治的关键。
脏腑经络辨证，是根据脏腑、经络的生理功能、病理表现，对疾病证候进行分析归纳的一种辨证方法，是各种辨证的基础。《金匮要略》在《内经》整体观念思想指导下，继承《内经》脏腑经络分证的理论和方法，结合内伤杂病的发病特点和临床实际，并与治法方药结合起来，形成了脏腑经络辨证论治体系。如《中风历节病脉证并治第五》篇对中风病按照在络、在经、入腑、入脏进行辨治；《水气病脉证并治第十四》篇根据水肿形成的源头及其证候特点，将水气病按五脏进行分类辨治等，从而确立了脏腑经络辨证在内伤杂病中的主要地位。
人体是一个整体，各脏腑之间通过经络相互联系，因此某一脏腑病变可以影响到另一脏腑，基于此，《金匮要略》特别重视对疾病的预防，未病先防，既病防传。《脏腑经络先后病脉证第一》对预防疾病的具体方法做了详细说明，首先指出：“若人能养慎，不令邪风干忤经络……更能无犯王法、禽兽灾伤；房室勿令竭乏，服食节其冷、热、苦、酸、辛、甘，不遗形体有衰，病则无由入其腠理。”若预防不及，已经患病，就应及早诊治，防止疾病发展传变。故该篇又说：“适中经络，未流传脏腑，即医治之。四肢才觉重滞，即导引、吐纳、针灸、膏摩，勿令九窍闭塞。”“见肝之病，知肝传脾，当先实脾。”提出在疾病初期应提早治疗，先安未受邪之地，以截断疾病的传变途径，使病变局限化而易于治疗，充分体现了早治防传的治未病思想。
在治则治法及方药运用上，《金匮要略》秉承《内经》制定的调和阴阳、扶正祛邪、因势利导治疗原则，在治法上集汗、吐、下、和、温、清、消、补、涩及行气、活血、化痰、驱虫等诸法之大成，方剂大致归为近20类。在剂型上除汤、丸、散、酒等内服药剂，还有熏、洗、坐、敷等外用药剂10余种。在治疗手段上，除药物治疗外，还有针灸疗法、食物疗法等，并重视临床护理，对煎药方法、服药事宜、药后禁忌等都有具体要求。总之，《金匮要略》是集中医基础理论、中药学、方剂学、中医诊断学、临床杂病学于一体，形成了较为完整的且独具特色的辨证论治的诊疗体系。
温病是外感温热之邪，临床表现以发热为主症，属于热象偏重、易化燥伤阴的一类疾病。其特点是致病因素为温热之邪；多具有传染性、流行性、季节性、地域性；以卫气营血及三焦为传变规律，由表及里或自上而下，由轻至重、由实转虚；临床表现以发热为主症，且起病急、传变快，易化燥伤阴或内陷生变。所以温病是外感疾病中性质属热的一类疾病，范围非常广泛，正如吴鞠通《温病条辨》所说：“温病者，有风温，有温热，有温疫，有温毒，有暑温，有湿温，有秋燥，有冬温，有温疟。”
温病分为温热病和湿热病两大类。温热类的温病有风温、春温、暑温、秋燥、大头瘟、烂喉痧、暑热疫等。这类温病大多起病较急，发展较快，发热症状突出，易伤津耗液，治以清热保津为主；湿热类温病主要有湿温、伏暑、湿热疫、霍乱等。这类温病以湿热相兼为患，所以初起大多起病较缓，发展较慢，发热和伤津症状多不明显，治疗重在化湿透热。
温病的致病因素是温热之邪，包括多种属性温热的邪气，如风热病邪、暑热病邪、湿热病邪、燥热病邪、温毒病邪、疫疠病邪等。
风热病邪：多发生于冬、春季节。春季阳气升发，气候温暖多风，或冬令气候异常，应寒反暖，皆可产生风热病邪，人体也易感受其邪而发病。风热病邪的致病特点是：①多从口鼻而入，首先犯肺。②易化燥伤阴。③变化迅速，易逆传内陷。
暑热病邪：有特殊的季节性，是发于夏季的一种致病因素。夏季火热之气有暑、热、暍等不同名称，由暑热病邪引起的温病为暑温。暑热病邪的致病特点：①伤人急速，径犯阳明。②易耗气伤津。③易犯心包，闭窍动风。④易夹湿邪，郁阻气分。
湿热病邪：湿热病邪是兼具湿与热两重特性的一种外感病邪。湿热病邪虽四时均有，但长夏季节因气候炎热，又雨水较多，湿气较重，热蒸湿蕴，故更易形成湿热病邪。由湿热病邪引起的温病是湿温。湿热病邪的致病特点：①起病较缓，传变较慢，病势缠绵。②病位以脾胃为主。③易困阻清阳，闭郁气机。
燥热病邪：是发于秋季，既具干燥之性，又有温热之性的一种病邪。立秋后，湿去燥来，若再逢久晴无雨，气候干燥，更易燥邪为患。燥属次寒，又易从火化，故随着秋令气候的差异，其发病又有温燥、凉燥之不同。早秋承夏，暑气之余，受之多发温燥；晚秋接冬，寒气之始，受之多为凉燥。由燥热病邪引起的外感病是温燥。燥热病邪的致病特点：①病位以肺为主。②易致津液干燥。③易从火化。
温毒病邪：是指六淫邪气蕴蓄不解而形成的属性为温热性质的一类致病因素。因其致病与时令季节相关，常在春季发病，并能引起流行，故又称为温热时毒。温毒病邪的致病特点：①攻窜流走，致病部位广泛。②蕴结壅滞，易成肿毒。
疫疠病邪：又称疠气，或疫疠之气，因其致病暴戾，亦称戾气。疠气致病常常具有流行性、病状具有统一性，即在同一时令内许多人患同样的病，包括现在所说的多种流行病、传染病，具有强烈传染性，并能引起播散、流行。疠气为病称为温疫，如疫疹、霍乱等。疫疠病邪的致病特点：①致病力强，常常不分男女老幼，众人触之即病。②多从口、鼻而入，有特异的病变定位，而且在不同动物的种属间所伤也有选择。③具有强烈的传染性，易引起流行。④为病严重，病情凶险，传变迅速，症状复杂多变。
温病的发病内容包括发病因素、感邪途径及发病类型三个方面。
温病发病因素主要有体质因素、自然因素、社会因素、情志因素等。①体质因素：是外感温病的先决条件，外感温热之邪是否发病取决于体质的强弱，亦即正气的盛衰。正气盛则防卫能力强，邪气就难以侵入；反之，正气虚则防卫能力下降，邪气就较易侵入而发病。此外，体质的强弱还决定着正邪力量的对比，从而影响着发病之病势转归，即正盛邪衰者病轻易愈，正衰邪重者病重易变。若群体正气不足，防御力低下，外感温热病邪则易发生及导致流行。预防措施不力，计划免疫实施情况不佳，均可使人群易染性增加。②自然因素：主要是指气候因素，气候变化异常，不仅可影响人体的抗病能力，而且也会影响外感病邪的产生和致病。如非其时而有其气，骤冷暴热，疾风霪雨，人体不能适应寒暖的骤然变化，则易感邪发病。③社会因素：是指人体所处的社会状况，包括经济条件、营养调配、体育锻炼、卫生习惯、卫生设施、防疫制度等都会影响人体的健康水平和防御外感病的能力。④情志因素：情志活动是外界刺激所引起的内脏机能的反应，情志的好坏与机体所处的自然和社会条件密切相关，长期的情志过激，如多怒、烦惊、易恐等会造成机体的正气虚弱，防御病邪能力下降，从而因易招致外邪的侵入而发病。
温病感邪途径有空气相染、饮食相染、接触相染三种。①空气相染：邪气从皮毛和呼吸道入侵，初起病变多在上焦手太阴肺。②饮食相染：邪从口腔而入，多系饮食不洁所致，邪气直犯胃腑及肠道。湿温、霍乱等湿热性质温病的感邪途径属于这一类型。③接触相染：邪从皮毛而入，与某些具有传染性的患者直接接触，病邪可从皮毛而入，染易其人。
温病发病类型分新感温病和伏邪温病两类。①新感温病：指感邪后立即发病的一类外感病。这类外感病的特点是：初起病邪在表，一般无里热证，以发热恶寒、无汗或少汗、头痛、咳嗽、苔薄白、脉浮数等卫表证候为主。初起治疗以解表透邪为大法，若治疗得当，邪自外解，预后较好。属于这类温病的有风温、秋燥、暑温、大头瘟、烂喉痧等。②伏邪温病，简称“伏邪”。指感邪后未即发病，邪气伏藏，逾时而发的温病。阴精不足的体质易患伏邪温病。伏邪温病的特点是：病发即显现出一派里热证候，若无外邪诱发，一般无表证，初起以灼热、烦躁、口渴、尿赤、舌红等里热表现为主。伏邪的治疗初起以清泄里热为主。伏邪温病主要有春温、伏暑。
卫气营血辨证方法，为清代温病学家叶天士所创，它是一种论治外感温热病的辨证方法，即将外感温热病发展过程中所反映的不同病理阶段分为卫分证、气分证、营分证和血分证四类，用以说明病位的深浅、病情的轻重和传变的规律，并指导临床治疗。
卫分证：是温热病邪侵袭人体肌表的初期，导致卫外功能失调的一种证候。卫分证是温热病的初起阶段，病位在肺卫，临床以发热、微恶风寒、口微渴、咽喉疼痛、咳嗽、舌边尖红、脉浮数为主要表现。治宜疏风泄热，代表方剂为银翘散、桑菊饮等。
气分证：是指温热病邪内传脏腑，正邪相争激烈，邪热亢盛所表现的里实热证候。气分证的病变较广泛，凡温邪不在卫分，又未传入营（血）分，皆属气分范围。临床以发热，不恶寒反恶热，汗出，口渴，心烦，尿赤，舌红苔黄，脉数有力等为主要表现。治宜清热泻火，代表方剂白虎汤、黄连解毒汤等。因为气分证涉及的病变部位主要有肺、胃、脾、肠、胆、膜原、胸膈等，因而又会具有不同的兼证，亦当随症治之。
营分证：是指温热病邪内陷，劫灼营阴，心神被扰所表现的证候。营分证是温热病发展过程中较为深重的阶段，病位主要在心和心包。其临床特征有：身热夜甚，口干不欲饮，心烦不寐，甚则谵语，斑疹隐隐，舌质红绛。治宜清营泄热，代表方剂清营汤。
血分证：是指温热病邪深入血分，导致动血、动风、耗阴所表现的一类证候，是温热病发展过程中最为深重的阶段，病变主要累及心、肝、肾三脏。血分证是营分证病变的进一步加重及发展，其临床特征是：急性多部位、多窍道出血，斑疹显露，身热灼手，舌质深绛。治宜凉血散血，代表方剂犀角地黄汤。
卫气营血的病位传变，一般多从卫分开始经由卫分，而气、而营、而血的发展，称为“顺传”，反映出病邪由表入里，由浅至深，病势由轻转重的传变过程。假如邪从卫分直入心包，则称为“逆传”，往往病情较重，预后不良。
三焦辨证，是清代吴鞠通依据《内经》关于三焦所属部位的概念，将外感温热病的证候归纳为上、中、下三焦病证，用以阐明三焦所属脏腑在温热病过程中的病理变化、证候表现及其传变规律，并指导治疗的一种辨证方法。上焦病证主要包括手太阴肺、手厥阴心包的病变，其中手太阴肺的证候多为温病的初起阶段；中焦病证主要包括手阳明大肠、足阳明胃和足太阴脾的病变，属温病的中期阶段；下焦病证主要包括足少阴肾、足厥阴肝的病变，属温病的末期阶段。
上焦病证是指温热之邪侵袭手太阴肺经和手厥阴心包所表现的证候，多为温病的初期。由于肺主气属卫，故在上焦病证中，温热之邪初犯人体，既可能肺卫同时受邪，表现为卫分证特点，治如卫分证。也可能只限于肺脏受邪，邪热壅肺，而见身热、汗出、咳喘、口渴、苔黄、脉数等，治当清肺泄热，代表方白虎汤、麻杏甘石汤。亦可见湿热壅肺，出现身热不扬、咳嗽、咽痛、苔腻、脉濡，治当清热化湿解毒，代表方甘露消毒丹。若病情严重时，温热之邪可逆传心包，而见高热、神昏、肢厥、舌蹇等。则急当清心开窍，代表方剂安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹。
中焦病证是指温热之邪侵袭中焦脾胃，邪从燥化或邪从湿化所表现的证候。若邪从燥化，可见阳明燥热伤阴之证，表现有阳明热盛之身热、汗出、口渴、舌红、脉洪大，治当清解阳明，代表方剂白虎汤；或阳明热实之证，表现有大便秘结、腹满胀痛、日晡潮热，或有谵语，舌苔焦燥，脉沉实有力。治当通腑泄热，代表方剂三承气汤。若邪从湿化，则成为太阴湿热证，湿重热轻者，可见身热不扬、胸脘痞满、泛恶欲呕、舌苔白腻等，治当化湿清热，代表方剂三仁汤；若湿渐化热，则可见持续高热、不为汗衰、烦躁不安、脘腹痞满、舌苔黄腻等，治当燥湿泄热，代表方剂王氏连朴饮。总之，太阴湿热总以身热、脘痞、呕恶、苔腻为辨证要点。
下焦病证是指温热之邪犯及下焦，劫夺肝肾之阴所表现的证候，为外感热病的后期阶段。肾阴亏虚者，可见低热、神疲、乏力、消瘦、口燥咽干、手足心热、舌绛枯瘦、脉虚，治当滋补真阴，代表方剂如加减复脉汤。若肾阴耗伤过甚，可致阴竭阳脱，危及生命。若肾阴亏虚，水不涵木，肝木失荣，可致虚风内动，而见心中澹澹大动、手指蠕动，甚或瘛疭、神疲耳聋、五心烦热、脉虚等，治宜滋阴息风，代表方剂如大定风珠、三甲复脉汤。
三焦传变一般多由上焦手太阴肺开始，向中焦阳明传变，亦可传入心包；中焦不愈，则多传入下焦肝肾。病邪始于上焦手太阴肺，传至中焦阳明胃腑的过程，称为顺传；温邪自手太阴肺传至手厥阴心包的过程，称为逆传。
综上所述，卫气营血辨证与三焦辨证二者既独立，又相辅相成，临床应用时应将两者有机结合。一般先以卫气营血辨证确定病变深浅层次及发展趋势，再用三焦辨证确定病变部位。这样才能将病变层次及部位、病证类型及性质、病势轻重及转归等辨析清楚、准确，为治疗提供可靠的依据。