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病因，也称为致病因素、病原、病邪等，古人又称之为“病源”。《医学源流论》指出：“凡人之所苦，谓之病；所以致此病者，谓之因。”根据阴阳五行学说的观点，病因就是破坏了人体阴阳动态平衡和五行生克制化协调进而导致疾病的原因。因此，诸如自然气候异常、疫疠传染流行、精神情志刺激、饮食劳倦、遭受毒邪、过度安逸、负重弩伤、跌打金刃外伤，以及虫兽所伤等，在一定条件下均可以导致相应的疾病发生。同时在疾病的发生发展过程中，由于某种致病因素作用于机体产生的病理结果，反之又影响到脏腑功能等，从而成为整个疾病的下一阶段的致病因素。如痰饮、瘀血、结石等，既是疾病发展过程中脏腑气血津液等功能失调所产生的病理产物，又成为疾病发展过程中促使病情加重或者诱发新的疾病产生的因素。
病机，是指疾病发生、发展、变化和转归的机理。它揭示了疾病发生、发展与变化、转归全过程中的本质特点及其基本规律。因此，仔细研究和清晰分辨病机，是认识疾病本质特点的关键，也是进行正确诊断和恰当治疗的重要前提。故《素问·至真要大论》强调要“谨守病机”。
任何疾病的发生、发展和结局都是由致病因素（邪气）与机体抗病力（正气）之间的斗争所决定的，这是贯穿疾病全过程的基本矛盾。通过学习疾病发生的基本原理，掌握疾病全过程的基本病机和传变规律，了解各脏腑组织的病变特点，就能全面理解和掌握疾病过程中不同层次、不同阶段、不同部位“邪正相争”所导致的病变特点和规律，把握疾病的病变本质，更有效地指导临床实践。