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1944年6月17日，第三舰队司令官哈尔西海军上将率众幕僚抵达珍珠港。美军夺取马里亚纳群岛的“征粮者行动”结束之后，哈尔西将从好友、第五舰队司令官斯普鲁恩斯海军上将手中接过大蓝舰队的指挥棒。他到珍珠港的首要任务，是谋划接棒后首战——针对帕劳群岛的军事行动。
尼米兹给哈尔西下达的命令是：夺取帕劳群岛主岛巴伯尔图阿普岛、贝里琉岛和安加尔岛，帕劳群岛东北方向450公里处的雅浦岛，同一方向再延伸190公里的乌利西环礁；战役发起时间为9月15日。这是华盛顿参谋长联席会议早在3月11日就已做出的决定，此节前文已有所述。5月29日，尼米兹正式签署了进攻帕劳的战备命令，战役代号“僵持行动”，进攻日暂定为9月8日。斯普鲁恩斯即将发起进攻马里亚纳群岛的作战，根据之前尼米兹与金上将达成的协定，“由哈尔西和斯普鲁恩斯轮换执掌第三或第五舰队”，进攻帕劳的作战就责无旁贷地落在了赋闲很久的哈尔西的头上。
得知要在极短时间内攻克多达五个目标，哈尔西第一时间提出了不同意见。他认为除乌利西环礁之外，其他目标缺乏足够价值，可以使用“蛙跳战术”直接跳过去。乌利西环礁可以作为大型舰队锚地，一旦夺取加以利用，将使埃尼威托克、夸贾林、马朱罗等成为二线基地。未来不管进攻菲律宾、中国台湾、硫黄岛抑或冲绳岛，舰队从乌利西出发将大大缩短前往战场的航程。主张夺取上述诸多目标者辩称，雅浦岛有现成的机场，占领帕劳可以为麦克阿瑟未来在菲律宾的作战扫除右翼障碍。但哈尔西坚持认为，美军对雅浦岛没有现实要求，快速航母舰队完全可以通过消灭日军空中力量使帕劳无效化，就像之前对待拉包尔和特鲁克那样。哈尔西强调，日军在帕劳和雅浦岛经营已久且布有重兵，夺取它们得到的好处不足以抵消为此付出的代价。综合两方面意见，尼米兹勉强同意绕过帕劳主岛巴伯尔图阿普岛不攻，其他目标保持不变。
“僵持行动”攻击目标帕劳群岛位于加罗林群岛西端，是由太平洋进入东南亚的门户。群岛正东1600公里是特鲁克，东北1180公里是关岛，正西600公里就是麦克阿瑟念念不忘的菲律宾，日本首都东京位于东北3800公里处，夏威夷则在东北偏东7400公里处。在美军相继拿下马绍尔群岛、马里亚纳群岛和新几内亚岛之后，珍珠港已逐渐沦落为一个二线基地，距战场远近也就无关痛痒了。
呈东北—西南走向的帕劳群岛长640公里，由超过200个火山岛和珊瑚礁组成，陆地总面积493平方公里。其主岛巴伯尔图阿普岛长25.8公里，最宽处16公里，总面积300平方公里。群岛大部分岛屿荒无人烟，只有8个岛有人居住，大部分人口居住在主岛以南8平方公里的科罗尔岛。群岛有人居住的历史可以追溯到4000年以前，原住民属于密克罗尼西亚语族。1710年，西班牙探险家发现此地，1875年西班牙宣布拥有其主权。和马绍尔群岛、马里亚纳群岛的历史类似，这里1898年被卖给德国，第一次世界大战时被日本占领，后来在巴黎和会上被国际联盟委托给日本管理。科罗尔岛是帕劳的行政中心，东京外务省的派出机构南洋厅治所就设在此处。1923年，美国海军陆战队少校厄尔·埃利斯就是在科罗尔岛离奇死亡的。当时他在太平洋上到处“巡逻”，实为刺探军情。埃利斯生前坚持认为，美国和日本在太平洋上的冲突不可避免，两国之间迟早将有一战。由于日本人严禁外人进入帕劳及周边海域，美国人缺乏有关群岛的详细资料和情报。
在珍珠港停留期间，哈尔西与已升任太平洋舰队副司令官的约翰·陶尔斯中将有过多次接触，两人同属“迟到的老哥”。陶尔斯一直主张在实施两栖作战时，快速航母舰队不应被羁绊在滩头附近。虽然它们必须为登陆部队提供支援，但不应该是近身保护，而是通过攻击敌军舰队和基地实现上述目标。换句话说，就是以攻为守，“进攻就是最好的防御”。陶尔斯认为，将航母舰队束缚在滩头附近，将使它们的机动能力无法得到充分发挥，这正是它们相较于陆上机场最大的优势。没有证据表明两人曾经讨论过马里亚纳海战，但从哈尔西随后在莱特湾海战中的指挥来看，他是赞成陶尔斯的观点的。
其间，哈尔西接到女儿玛格丽特打来的电话。范恩因长期焦虑患上了抑郁症，她认为只有父亲的出现才能使母亲重振精神。向尼米兹请假获准之后，哈尔西签署了自己紧急离队的命令，指定参谋长罗伯特·卡尼少将代理司令官职务，然后飞回国内帮助夫人度过危机。
哈尔西前脚刚走，金上将后脚就到了。金在尼米兹的陪同下视察了马绍尔群岛和刚刚占领的塞班岛，此时关岛和提尼安岛的战斗尚在激烈进行之中。7月20日，一行人返回珍珠港。金主持召开了战略研讨会，卡尼代表哈尔西出席会议。
金同意尼米兹取消巴伯尔图阿普岛进攻计划。在充分讨论了一些暂拟方案之后，与会者初步敲定接下来的作战按以下时间进行准备。
一、9月15日，西南太平洋部队进攻新几内亚岛和棉兰老岛之间的莫罗泰岛，中太平洋部队进攻帕劳群岛的贝里琉岛和安加尔岛。
二、10月5日，中太平洋部队进攻雅浦岛和乌利西环礁。
三、10月15日，西南太平洋部队进攻莫罗泰岛和棉兰老岛之间的塔劳群岛。
四、11月15日，西南太平洋部队登陆棉兰老岛。
五、12月20日，西南太平洋部队登陆中菲律宾的莱特岛。
占领棉兰老岛和莱特岛之后，美军将在岛上修建一系列前进机场，孤立和包围位于菲律宾其他地区特别是吕宋岛的日军主力。1945年3月1日，美军两路进攻部队将联合进攻中国台湾，下一步在中国厦门一带实施两栖登陆。这就意味着包括吕宋岛在内的菲律宾大部分地区被绕过去了。
麦克阿瑟绝对不会同意这种方案。7月26日，罗斯福专程赶往珍珠港，最终确定了不绕过菲律宾的方针，其过程之复杂后文详叙。尽管如此，两路美军9月15日分头进攻帕劳和莫罗泰岛的计划还是成功确立下来，这两次预计不会太激烈的作战将确保未来菲律宾作战的两翼安全。
攻打帕劳的任务由罗伊·盖格少将的第三两栖部队承担。美军迟迟无法拿下马里亚纳三岛严重影响了“僵持行动”，计划参战的陆战三师、陆战暂编一旅和陆军第七十七步兵师被拖在关岛无法脱身。此外，“征粮者行动”占用了大量运输船和登陆艇，导致“僵持计划”所需要的大量物资无法筹集或运出。
针对帕劳群岛，美军先期进行的是侦察工作。除出动战机实施航拍之外，从6月开始，美军先后出动潜艇“海狼”号、“刺鲀”号和蛙人部队对贝里琉岛、雅浦岛实施抵近侦察，就海水深度、沙堤及其他障碍物情况收集第一手资料。岛上日军甚众，蛙人未能深入腹地侦察。侦察雅浦岛的5名蛙人只有2人返回潜艇，其余3人成为日军的俘虏。
侦察结果显示，日军在巴伯尔图阿普岛有重兵把守，岛上地理条件也只适合修建有限的飞机跑道及辅助设施，无法供中型和重型轰炸机使用，对未来作战帮助不大。但在贝里琉岛，日军已经修建了一个设施完备的机场，安加尔岛也有足够空间进一步完善跑道及设施。由此看来，美军当初放弃巴伯尔图阿普岛不攻的做法是完全正确的。
一次意外事件使美军的情报工作得到了加强。7月攻占塞班岛后，美军缴获了日第三十一军的一份重要文件，还俘虏了一名情报官。从文件和情报官口中得知，日军在贝里琉岛上兵力约10500人，安加尔岛上只有一个步兵大队约1400人。结合马里亚纳群岛战斗的进展情况，尼米兹在7月7日发出补充命令：“僵持行动”发起日调整为9月15日。
盖格少将的第三两栖部队由陆战一师和陆军第八十一步兵师组成，前者负责攻打贝里琉岛，后者则夺取安加尔岛和乌利西环礁。凭借瓜岛之役一战成名的陆战一师是咱们的老熟人了。但是现在，参加过那场血腥战斗的老兵大部分已经回国，或被补充到后来组建的陆战师中，陆战一师补充了大量新兵。他们中的大部分人参加过二战“最潮湿战役”——格洛斯特角之战。打完这场战斗之后，这支王牌军回到了鲁塞尔群岛的不毛之地帕伏伏岛进行休整，战斗力尚未完全恢复，很多士兵出现体重减轻、细菌感染等症状。6月，陆战一师得到了4860名补充兵员，士兵年龄大多在18岁至25岁。
老师长范德格里夫特凭借瓜岛战功晋升中将，回国出任海军陆战队总司令，名利双收。副师长威廉·鲁普图斯准将晋升少将后，接替了范德格里夫特的师长职务。1944年的鲁普图斯已55岁，为人低调，与海军陆战队高级军官霍兰·史密斯、朱利安·史密斯等人都是好友。鲁普图斯战前曾在中国服役，其间他的妻子和女儿在一场流行病中去世。痛失家人的沉重打击使鲁普图斯变得极其情绪化，且时常郁郁寡欢，与下属关系也不太融洽。这给后来作战带来了一些负面影响。
鲁普图斯另一个显著特点和大部分陆战队军官类似，就是极端不信任陆军。第八十一步兵师除承担自身的任务之外，还充当陆战一师预备队。鲁普图斯对此一直叽叽歪歪：“陆军做我们的预备队？如果我们要指望他们的话，还不如自己跟日本人拼了！”他甚至没有告知第八十一步兵师自己的作战计划。情报显示，贝里琉岛上的日军只有万余人，其中半数以上是战斗力较弱的海军部队，普遍缺乏重武器。由于在提尼安岛战斗中损失较小，美国人自认找到了克敌制胜的秘诀，更加趾高气扬。美军判定，日军将集中兵力固守滩头和机场。美军一旦占领机场，日军就将发动“万岁冲锋”从而损失殆尽。陆战一师一名上校军官在详细测算后声称：“瓜岛那样的大岛都不在话下，弹丸之地贝里琉何足挂齿？要知道，我们的每名士兵只负责3平方米作战区域。”鲁普图斯更是高调宣称：“贝里琉之战将像塔拉瓦之战一样‘激烈但是迅速’，我们只需要4天时间就能拿下全岛！”后来战事的进展情况等于给了鲁普图斯一记响亮的耳光。
陆战一师的战前训练并不充分，最大的缺陷在于演习区域没有暗礁，士兵从运输舰换乘登陆艇的危险阶段只能模拟完成，新兵无法亲身体验暗礁边沿的真实险情。登陆演习造成一些士兵受伤，其中就包括鲁普图斯本人。他向盖格隐瞒了踝骨骨折的实情，带伤参战。按照美国人的习惯，他们是拒绝让伤兵或伤将参加战斗的。
绰号“野猫师”的第八十一步兵师称得上一支老部队，一战时曾在法国作战。战争爆发后，1942年6月，该师在阿拉巴马州洛克军营重新组建，士兵大多为新征入伍。该师成立后曾参加过沙漠作战训练，随后在加利福尼亚和夏威夷接受了两栖作战训练。师长保罗·穆勒少将早在一战时期就曾出任营长。出征之前，他带领全师官兵又在瓜岛进行了长达数月的丛林作战训练。穆勒坚信，他的部队虽然没有陆战一师那样的丰富经验，但已为即将到来的战斗做好了充分准备。之前霍兰和陆军第二十七师闹出的大纠纷世人皆知，穆勒和弟兄们都铆足了劲儿，想在即将到来的战斗中打出威风，给那些整天牛哄哄的陆战队员看看。
美军参加“僵持行动”的地面部队总兵力为军官2647人、士兵44914人。其中陆战队军官1438人，陆战队员24979人。战役总预备队为留守夏威夷的陆军第七十七步兵师和仍在西海岸整训的陆战五师。一旦前线攻击受挫，他们会立即登船快速驰援。
未来主战场贝里琉岛位于帕劳主岛巴伯尔图阿普岛西南40公里，其不规则外形颇似龙虾的大钳子。小岛从东北到西南长9.6公里，南部最宽处3.2公里。岛南地势低缓，日军在这里建有一个“X”形海军机场。岛西岸有一条宽1400米的堡礁体环绕是理想的登陆场所。岛东北方向是一座长3200米、宽900米的半岛，西北方向有一条较宽的暗礁。1944年，日军在半岛两岸修建了公路。半岛尽头是地势低平、灌木覆盖的埃塞布斯岛和孔阿乌鲁岛，前者通过一条长550米的木质堤道与半岛相连，日军正在那里修筑一条简易机场跑道。
登陆区域的选择往往决定着战役的成败。岛东南沿岸的“紫滩”条件最好，却因日军布有重兵且离海岸线不远就是茂密的红树林和沼泽、中间一条狭长干燥地带易于防守而被放弃。岛最南端的“绯滩”区域狭窄，因登陆部队过于集中容易造成误伤同样被放弃。西北海岸的“琥珀滩”较宽，其北侧极易遭到来自埃塞布斯岛日军火力的侧击，且向腹地深入270米就有一处高地，如果不能快速占领此处，登陆部队势必暴露在日军火力的直接打击之下。最后，岛西的“白滩”和“橙滩”因距离机场最近被选为登陆地。
美军次要攻击目标安加尔岛位于贝里琉岛西南11公里，是帕劳群岛的最南端。该岛南北长4公里，东西最宽处2.4公里。岛上地势平缓，塞班镇和磷酸盐工厂位于岛中西部海岸，四通八达的窄轨铁路因守军修筑防御工事已经停运。岛中部地带树木繁茂，其他地区多为灌木覆盖。侦察机拍回的照片显示，该岛缺乏永久性防御工事。美军认为，以一个步兵整师攻占此地难度不大。
实力强大的第三舰队将为登陆行动提供海上和空中支援，随时拦截并摧毁可能前来增援的日军舰队，其核心为马克·米切尔海军中将的第三十八特混舰队。杰西·奥尔登多夫海军少将的火力支援大队编有老式战列舰5艘、重巡洋舰5艘、轻巡洋舰3艘和驱逐舰14艘，将为登陆部队提供近距离舰炮火力支援。拉尔夫·奥夫斯迪海军少将的护航航母大队有11艘护航航母——实际行动中减为7艘——任务是提供近距离空中支援和反潜巡逻。
敌之急所即我之急所。帕劳群岛有深水锚地和大型机场，是连接马里亚纳群岛和菲律宾群岛的交通枢纽，美军看上的地方日军当然不会等闲视之。为加强中太平洋防御，大本营陆军部于1944年2月25日新组建了第三十一军，下辖特鲁克集团、小笠原集团、北马里亚纳集团、南马里亚纳集团和帕劳集团。帕劳集团主力部队原拟为第三十五师团，后来因形势紧迫换成了井上贞卫的第十四师团。
早在2月1日，驻中国豫北地区的第三十五师团就奉命在上海集结，适应炎热气候和临海地区的作战。2月25日，该师团正式编入第三十一军战斗序列，3月14日奉命从河南开封、新乡等地出发前往山东青岛，准备乘船前往帕劳。同年2月10日，驻中国东北齐齐哈尔的第十四师团接到命令，脱离关东军战斗序列，前往太平洋战场救急。为加强该师团的战斗力，除专门指定海上运输船队之外，参谋本部还为他们增配了一个迫击炮大队、一个机关炮中队和一个坦克中队。第十四师团原拟派往新几内亚岛西部，随着中太平洋压力不断加大，3月6日，刚兼任参谋总长的东条下令该师团转往马里亚纳方向。3月16日，大本营决定将两天前在旅顺完成集结的第十四师团派往马里亚纳群岛，命令在3月20日正式下达。
接到进驻马里亚纳群岛的命令之后，师团长井上立即着手进行准备。到3月28日，该部分乘3艘运输船从大连出发，两天后在朝鲜南部镇海湾与第三十五师团先头部队乘坐的“三池丸”号运输船会合。就在第十四师团尚在航途之中的3月29日，美军第五十八特混舰队大举空袭帕劳，联合舰队司令官古贺峰一神秘失踪。
面对敌人的海空打击，位于“绝对国防圈”纵深地带的帕劳群岛竟然毫无还手之力，东京大本营再次陷入了沉思。除命令驻塞班第三十一军和驻新几内亚第二方面军加强帕劳地区的防务之外，大本营判断，美军此次空袭除火力侦察、继续扩大空袭特鲁克的战果之外，最重要是为下一步进攻进行准备，敌人很可能从马绍尔群岛、所罗门群岛和新几内亚岛东部抽调至少3个师的兵力，向雅浦岛、沃莱艾环礁、松索罗尔群岛发起两栖登陆，最终目标很可能是帕劳。因为此前美军多次采用“蛙跳战术”跳过日军重兵把守的区域，东京大本营据此认为，美国人很可能跳过马里亚纳群岛直接进攻帕劳，必须在最短时间内加强帕劳及周边地区的防御。同一时期，麦克阿瑟西南太平洋战区部队发起了荷兰迪亚作战。
4月1日，美军快速航母舰队向沃莱艾环礁扔下若干炸弹后飘然而去，不见踪影。之后数天，其他地域并无空袭行动发生。经过两天紧急磋商，东京大本营形成如下结论：美军连续对帕劳和荷兰迪亚发起大规模空袭，说明他们下一步的进攻重点将放在以帕劳为中心的西加罗林群岛地区，必须尽快加强该地区及新几内亚西部、棉兰老岛三角地带的防御力量。
根据上述思路，东京于4月3日变更部署，原定用于马里亚纳群岛的第十四师团改变航向开往帕劳，尚未完成集结的第三十五师团改派新几内亚岛西部。这一变化不要紧，第十四师团过半数官兵就此保住了性命。前文说过，被派往塞班岛的第四十三师团、派往关岛的第二十九师团在美军的围攻下全军覆没。
由于美军两大战区分别专注于马里亚纳群岛和新几内亚西部的军事行动，日军第十四师团航途一帆风顺。4月24日，井上率13000名官兵乘16艘运输船在驱逐舰的护航下平安抵达帕劳。
接到移防中太平洋的命令之后，第十四师团进行了轻装，大量重装备被运回本土，按照海洋机动师团的编制重新编成。与同样转为海洋师团的第二十九师团不同，第十四师团出击南洋的序列并非由少数骨干士兵加上大量新兵组成，那些身经百战的老兵全部保留下来，基本没有新兵加入，战斗力极强，是名副其实的精锐部队。但由于炮兵部队及部分重装备被抽回本土，对该部的战斗力产生了一定负面影响。
师团长井上贞卫毕业于陆士第二十期，属于1942年已获晋升的资深中将。井上曾以第三十三师团步兵指挥官的身份参加过第一次长沙会战，1942年任第六十九师团师团长驻扎山西临汾。1944年井上已经55岁，外貌看上去和好莱坞电影中日本军官的惯有形象没什么区别。他中等身材、秃顶、近视，言辞严厉，作风严谨，家族中有5人担任过陆军高级军官。东条眼中的井上卓尔不群，在逆境中同样不会丧失斗志，完全有能力统率当地陆海军部队，是守卫帕劳核心地区的不二人选。可惜美军并未攻打帕劳北部诸岛，井上没能捞到露脸的机会，名气大大不如后来的栗林忠道、牛岛满，甚至比不上在贝里琉大出风头的属下中川州男。日本投降时井上已是日本陆军资历最深的师团长之一，因曾下令处死美军被俘飞行员被收审，1949年被关岛法庭判处死刑，1951年改判终身监禁。
驻守帕劳的日军除第十四师团之外，还有独立混成第五十三旅团、驻雅浦岛独立混成第四十九旅团以及海军第四十五警备队等部，总计兵员35000人。日军还征用了多达12000名朝鲜劳工，协助构筑防御工事。
史上未尝败绩的第十四师团接管帕劳防务之后，井上将主力部署于巴伯尔图阿普主岛，第二步兵联队和海军第四十五警备队部署于贝里琉岛，在安加尔岛派驻一个步兵大队。日军只在上述三岛布防，原因在于其他岛屿太小，缺乏军事价值。日军重点防御的巴伯尔图阿普岛和贝里琉岛建有大型航空基地，安加尔岛上一条跑道正在修筑，因此部署了一个大队。井上严令各部积极展开战备训练，熟悉地形环境，利用朝鲜劳工大肆构筑防御工事。
虽然下令各部积极备战，但井上并无在帕劳与美军大干一场的想法。大家普遍认为战争还很遥远，现在仅是训练和熟悉南洋的作战环境而已。第十四师团官兵普遍认为，自己未来的任务很可能是去增援外环的友军。但是随着拉包尔、特鲁克等重要基地相继无效化以及美军在马里亚纳群岛大动干戈，帕劳已处在美军的兵锋之下。东京和井上一致认为，美军在前阶段作战中损失惨重，急需休整和兵员补充。他们下一轮攻势不管是针对菲律宾还是中国台湾，都不太可能在9月之前发起。至于帕劳会不会被美军跳过去，谁也不敢肯定。
井上对自身防御能力进行了认真评估。兵棋推演的结果是：如果美军进攻帕劳，在孤立无援情况下，以师团现有战斗力虽无确保帕劳的把握，但与美军干上两三个月完全不成问题。日军在帕劳的弹药储备不太充足，但主岛的粮食供应不成问题，足够全体人员6个月食用。大家一致认为，目前全体官兵训练有素，经验丰富，枪法精准，只要注意节约弹药，主岛至少可以保证3个月之内不沦陷。贝里琉岛粮食不多且水源稀少，战斗打响后难以确保水源，但最少也可以坚持1个月以上。“胜利取决于我们能否吸取最近几次战役——特别是塞班岛之战——的教训，”井上激励部下，“美国人全靠雄厚的物质力量取胜，如果我们能用物质力量打败他们的话，将使他们受到难以想象的震动。”
开战之初，贝里琉岛尚有土著居民千余人。日军进驻，开始修建防御工事之后，当地居民被强制迁往科罗尔岛。截至美军登陆日，岛上日军总计10608人，陆海军各半。陆军包括第二步兵联队3323人，第十五步兵联队第三大队1030人，战车第十四中队100人配备有九五式轻型坦克16辆，独立混成第五十三旅团步兵第三四六大队685人，海上机动第一旅团输送队第一中队250人，总计5388人。海军包括西加罗林航空队2200人，第四十五警备队400人，第一一四、第一一六防空队共500人，第二一四设营队2200人，合计5300人。可以看出，岛上海军部队大多属于航空地勤和施工人员，野战能力较弱。
守军主要武备包括轻机枪200挺，重机枪58挺。第二步兵联队有九五式75毫米野炮4门、九一式100毫米榴弹炮4门，其他部队火炮合计九四式75毫米山炮4门、九七式90毫米迫击炮20门、九七式150毫米迫击炮4门，47毫米速射炮和海军120毫米高平两用炮数门。初看上去，弹丸小岛部署上万兵力及上述武器似乎不算少了，但比起财大气粗的美国人来说，这些不过是小菜一碟。第二步兵联队能在贝里琉打出迄今为止太平洋战场最出色的防御作战，与他们采取正确的战术密切相关。
自1943年下半年美军发起阿图岛作战以来，日军在抗登陆作战中屡战屡败。参谋本部逐渐对前线使用的战术产生了疑问。从诸多失败战例中日军发现，在滩头或距海岸5公里范围之内，美军往往借助空中力量和舰炮打击所向披靡，无坚不摧。一旦进入纵深地带，胆小怕死的美国大兵往往逡巡不前，很快就失去了进攻的锋芒。大本营陆军部据此认为，必须改变以往的岛屿防御战术思想，并把根据以往战争教训编成的《防御登陆教令》下发全军：
一、彻底改变以往依靠滩头一线阵地的岸边歼灭主义，从海岸线起延伸到纵深构筑多道防线，粉碎敌军的登陆企图。
二、岸边阵地：利用敌军登陆时的弱点，充分发挥指向岸边的火力给敌军以巨大杀伤的阵地。
三、主抵抗阵地：从海岸适当后退的战术要地，构筑纵深横宽配置的据点式阵地，由守备队主力据守。
四、预备主抵抗阵地：设在主抵抗阵地后方，主要为炮兵及高射炮阵地。
五、二道防线阵地：在情况不得已时也能长期持久防御的阵地。
《防御登陆教令》特别强调，各岛守军必须放弃鲁莽的“万岁冲锋”，保存实力与敌打持久战。同时充分发挥狙击手作用，力求以最少的弹药消耗对敌造成最大的杀伤。
实验新战术的任务落在了第二步兵联队联队长中川州男头上。中川1898年出生于熊本，1918年从陆士第三十期毕业后历任中队长、大队长之职。1937年“卢沟桥事变”后随第七十九步兵联队侵略中国，曾在天津和山西等地作战。1938年中川进入陆军大学深造，之后历任旅团参谋等职，1943年3月晋升大佐并出任第二步兵联队联队长，次年随第十四师团来到了太平洋战场。
根据东京的最新指示，具有丰富实战经验的中川充分利用岛上地形，修筑了一套由加强掩体、山洞和地道共同组合的复合式防御系统。中川将主阵地设在岛屿中部的乌默布罗格山区，制高点为五姐妹山，从山顶可以俯瞰岛上大部分地区包括岛南机场。他命令手下各部“藏兵于地下”，在陡峭山区里挖掘坑道，构筑掩体。海军挖掘的大型洞穴主要位于岛北，其中包括今日仍在，可容纳数百名士兵的“千人洞”。这个巨大的地道共有11个出入口，里面炮位、医院、宿舍一应俱全。陆军主要利用天然洞穴改造小型阵地500余处，其射界互相掩护、几乎没有死角，藏身其中的火炮、机枪可以压制机场，使美军即使占领也无法使用。这些洞穴多为矿洞，日军稍为改造就能成为绝佳的防御工事。日军工兵还在洞口安装了滑动式装甲铁门，用于架设机枪和大炮。为防御美军火焰喷射器或向洞中投掷手榴弹，山洞入口通道都采用向上的斜坡。中川特别强调，没有命令，各部不得擅自发动进攻。从贝里琉岛战役开始，这种深度防御战术将成为日军岛屿防御的主要模式。
中川并未完全放弃滩头。岛北部尽头有个仅9米高的海岬可以俯瞰滩头，这里后来被美军称作“点”。在这块小小的海岬上，中川部署了一门47毫米反坦克炮和6门20毫米双联机关炮，并且将入口完全堵死，仅留一条作为射击口的狭小缝隙。另外，中川还在滩头埋下了数千枚地雷，这些修改过引信的爆炸物只要有人或装甲车触动就会立即炸响。
中川将全岛分成四个防区：北区由第三四六独立大队负责，南区由第十五步兵联队第三大队驻防，西区由第二联队第二大队负责，第三大队则防守东部区域。剩余联队本部、第一大队、战车中队、工兵部队等主力部署在中部乌默布罗格山区一带。中川的指挥部设在内陆1公里处。前沿部队得到的命令是，迟滞美军进攻并把他们引入内陆坚固的防御工事面前。中川保留了足够数量的预备队，准备在适当时机发起反击。
尽管中川能力出众，但毕竟只有大佐军衔。之前贝里琉岛海军最高指挥官是海军中将伊藤贤三。将一名陆军大佐置于海军中将之上，只能进一步激化陆海军的矛盾。为解决这一问题，井上特意向贝里琉岛派出了师团步兵指挥官少将村井研次郎，协助中川进行指挥。在视察完岛上防御并审阅了中川的作战计划后，村井感到非常满意，决定不再干预中川的指挥。在整个战役过程中，村井实际上只起到了参谋作用。他和中川并肩战斗，直至最后一起自杀身亡。根据战后日军俘虏的供述，贝里琉岛的指挥权实际掌握在中川手中。
负责守卫安加尔岛的是后藤丑雄的第五十九步兵联队第一大队，辖有步兵炮中队、炮兵中队和高射炮部队。加上少量海军部队，岛上守军总数约1400人。因兵力实在太少，后藤无法部署全面防御，只在岛西北部海拔30米至40米的山地一带修筑工事，作为最后据守的阵地。
让井上稍感欣慰的是，由于对美军的进攻方向判断失误，在春季开始的加强内层防线备战中，日军把帕劳群岛放在比马里亚纳群岛更加优先的地位，主要物资包括建筑材料优先向帕劳倾斜。5月底，第三十一军后勤参谋泉莱三郎受军司令官小畑英良之托来到帕劳，希望从这里调拨一些建筑材料给驻塞班岛的第四十三师团，被井上以“这里最可能遭遇攻击，我的物资还不够呢”搪塞过去。小畑对帕劳防务给予了充分重视，曾多次亲自登岛视察。美军进攻塞班岛时小畑在帕劳充分说明了这一点。
还有一点是日军作战思想的转变。当初防卫马绍尔群岛和马里亚纳群岛时，日军水面舰艇和海军航空兵仍颇具实力，防御重心一定程度上是在天空、海上，而不是陆地。针对上述两群岛的防御计划都是以海军航空兵为基础制订的，对岛上防御不太上心。由于联合舰队主力在马里亚纳海战中遭遇惨败，岛上守军清楚今后的作战完全指望不上海军和航空兵了，必须依靠自身的力量拖住美国人。正因为此，他们在构筑防御工事时格外用心，这给美军后来的进攻增加了很大难度。
7月27日，重返珍珠港的哈尔西立即投入紧张的备战工作之中。帕劳和莫罗泰岛登陆战将同时打响，哈尔西第三舰队必须为两路部队提供充足的海上和空中保护，随时歼灭前来挑衅的日军舰队。跟斯普鲁恩斯一样，哈尔西选择跟随快速航母舰队一起行动，而不是和慢吞吞的运输船队待在一起，那实在太不过瘾了。两人的唯一区别是，斯普鲁恩斯选择重巡洋舰作为旗舰，哈尔西选择的旗舰是新式战列舰“新泽西”号。航空战专家哈尔西本可以选择一艘航母作为旗舰，但它更容易遭到攻击。哈尔西不选择航母并非因为怕死，他可不愿因旗舰受伤导致舰队指挥中断，就像南云和弗莱彻在中途岛、小泽在马里亚纳海战中那样。
8月24日，“新泽西”号在3艘驱逐舰的护卫下驶出珍珠港。哈尔西的离开给一大堆军官留下了好一阵子惊奇和感激。所有曾经给他接管大蓝舰队和首战准备工作提供过帮助的部门都收到了哈尔西亲笔签名的感谢信。这些单位的领导纷纷下令，将海军上将的感谢信张贴在大门上，以使更多人看到。
直到8月26日，第三舰队还只有1艘战列舰和3艘驱逐舰共4艘船。这天，哈尔西和斯普鲁恩斯完成交接。大蓝舰队由第五舰队更名为第三舰队，威尔金森少将取代特纳中将出任两栖舰队指挥官，新名称为第三两栖舰队。舰队核心打击力量第五十八特混舰队更名为第三十八特混舰队。唯一不同的是，本应由麦凯恩中将取代的米切尔中将暂时留任快速航母舰队指挥官。华盛顿高层认为，在很可能面临一场大规模海战的背景下，临时更换指挥官是不现实且冒险的。已被指定接替米切尔的麦凯恩将以见习身份暂时指挥一个快速航母大队。
没有举行指挥官正式交接仪式，因为哈尔西和威尔金森都未真正和自己的部队接触。实际上哈尔西从珍珠港出发时，第三十八特混舰队距他尚有4800公里之遥。8月29日清晨6时30分，米切尔率以16艘航母为核心的快速航母舰队驶出埃尼威托克环礁，前往执行空袭帕劳的任务，指挥官的交接仅仅停留在纸面上。
战役间隙，斯普鲁恩斯迎来了新助手阿瑟·戴维斯少将，前任参谋长卡尔·穆尔上校作为普通乘客也在“印第安纳波利斯”号上。穆尔将去华盛顿担任参谋，这是他近几个月来最轻松的时候。金曾提议让穆尔出任麦凯恩的参谋长，但穆尔拒绝接受这种变通。
当“印第安纳波利斯”号驶入珍珠港东海湾时，信号站发出了一封太平洋舰队总司令的祝贺信。旗舰泊港后，斯普鲁恩斯到马卡拉帕山向总司令报到。尼米兹热情接待了他：“下次战役很可能是攻打台湾和厦门，你马上乘机回加利福尼亚度假，两星期后回来。”
斯普鲁恩斯感到有些突然。两人几乎无话不谈，他坦诚地告诉上司：“我不喜欢打台湾。”
“你想打哪儿？”尼米兹问。
“我想打硫黄和冲绳。”
斯普鲁恩斯认为，硫黄岛不仅可以作为从马里亚纳群岛基地起飞空袭东京B-29重型轰炸机的护航战斗机机场，也是从冲绳岛经日本九州、四国、本州到东京的战略要冲。轰炸机可以在硫黄岛加油，在战斗机的护航下飞到这个区域的任何地方。硫黄岛上的战斗机可以支援舰队在日本近海作战，就像1943年底所罗门群岛上的战斗机支援航母编队进攻拉包尔那样。美军占有冲绳岛可以阻遏日军从南面运输石油和其他物资的舰船，直接切断日本同中国的联系。况且冲绳岛作为轰炸机基地，对轰炸日本南部位置优越。
“好啦，”尼米兹没有忘记金上将的命令，“还是暂时考虑进攻台湾吧！”
斯普鲁恩斯、特纳和他们的司令部成员将回国休假，米切尔在完成阶段性任务后将跟他们一样。假期结束之后，他们将重回珍珠港谋划下一步军事行动，同时恢复第五舰队、第五两栖舰队、第五十八特混舰队指挥官职务。这种双班子指挥体系史无前例。美国人的说法是让指挥官一班在前线作战，一班在后方谋划，从而加快战争进程。交替使用第三舰队和第五舰队的番号不但迷惑了日本人，连大部分美国人都被蒙在鼓里。东京一直认为，有两支强大的美军舰队在太平洋上和他们作战。老酒认为，此举难逃因人设事的嫌疑，当时太平洋战场经验丰富的指挥官实在太多了。
9月7日和8日，第三十八特混舰队出动舰载机400架次空袭了雅浦岛和帕劳群岛，为即将展开的“僵持行动”扫除障碍，同时为未来支援菲律宾的作战热身。此后米切尔下令向西航行，于9月9日和10日对棉兰老岛、达沃等地发起了两轮空袭。由于日军航母舰队在马里亚纳海战中被彻底打残，美军航母舰队的攻击行动一路畅通无阻。只有少许日军陆基战机起飞迎战，对美军造成的损失几乎可以忽略不计。
美军空袭行动令刚刚搬到马尼拉的南方军司令部大为恐慌，寺内寿一电告各部：“不出数日，敌军将开始大规模登陆，矛头必将指向帕劳或哈马黑拉。”整个南方军上下一片恐慌。10日，由于海岸观察哨误将达沃湾出现的异常波浪当作美军登陆舰船，一度引发菲律宾地区全线震动——“八公山上草木皆兵”。
9月11日，“新泽西”号终于汇入米切尔的大部队。站在舰桥上望去，哈尔西对这支无敌舰队的敬畏之情油然而生。舰队从脚下一直延伸到天边，由4个各有4至5艘快速航母为核心的航母大队组成，每个大队都比他和米切尔当年空袭东京时的那支舰队要强大得多。
哈尔西和米切尔关系一向融洽，不像后者和斯普鲁恩斯之间一直磕磕绊绊。哈尔西告诉米切尔，免去例行拜访旗舰的礼节，他会亲自到各舰访问。哈尔西还没近距离接触过新型埃塞克斯级航母。他离开“新泽西”号，乘驱逐舰登上了米切尔的旗舰“列克星敦”号。米切尔告诉老领导，对棉兰老岛的空袭纯属“贻误青春”，肯尼中将陆军第五航空队的陆基飞机已经摧毁了岛上大部分设施，航母舰队只受到零星几架日机的袭扰。
哈尔西坚信，威尔金森第三两栖舰队的老式战列舰及护航航母已足够保证登陆部队的安全，遂率快速航母舰队驶向菲律宾中部沿海。9月12日和13日，第三十八特混舰队出动舰载机2400架次，对宿务岛、棉兰老岛、莱特岛、吕宋岛南部黎牙实比等机场发起大规模空袭，超过200架日机被摧毁在地面上。停泊在宿务港的13艘日军作战舰艇、11艘民用船只，合计27000吨船舶被击沉。美军仅损失舰载机8架和机组成员10人。9月14日，美军竟然将炸弹投向了日军占领的主要石油产区——英属婆罗洲，连海军基地塔威-塔威也遭到500架次舰载机的攻击。如此强大且密集的打击力度，让联合舰队司令部一度做出了敌海军主力舰队已经深入苏拉威西海的错误判断。
空袭行动几乎未遇到任何阻力。哈尔西据此认为：“显然在菲律宾中部，是一个仅剩几个小据点的没什么战斗力的空壳了。”其间，“大黄蜂”号战斗机飞行员托马斯·凯拉少尉的“地狱猫”在莱特岛上空被日军高射炮火击落，跳伞的凯拉被菲律宾游击队救起。返回航母的凯拉汇报说，当地菲律宾游击队报告莱特岛上没有多少日本人。一向缺乏战略眼光的哈尔西此时灵机一现：为什么不省去前期的准备工作，直接进攻莱特岛呢？这样就可以将战争进程缩短好几个月。此前在7月下旬，由罗斯福亲自主持的珍珠港战略会议已经做出了进攻菲律宾的决定，此节后文详叙。
哈尔西和参谋重新研究了相关情报，比对了尼米兹和麦克阿瑟手头兵力后得出结论，加快这一进程是切实可行的，而且完全有取胜的把握。他坐在“新泽西”号舰桥的角落里苦苦思索。“这样一个提议，”哈尔西后来回忆说，“已经超出了我的职权范围，而且将可能影响到整个作战部署，或许需要罗斯福总统和丘吉尔先生来共同决策。”8月中旬，太平洋舰队作战处长谢尔曼少将曾经找到卡尼，直言不讳地指出“第三舰队的任务是执行参谋长联席会议和太平洋舰队司令部制订的作战计划”，言外之意就是不要多管闲事。其间，尼米兹也曾多次委婉地批评哈尔西越权或者未执行上级的命令。
思忖再三，哈尔西叫来了参谋长卡尼和秘书哈罗德·史塔生预备役中校。一句题外话，在来到哈尔西身边之前，史塔生是明尼苏达州最年轻的州长，35岁的他急需一段服役经历来实现自己当总统的梦想。时至今日，史塔生身上只剩下一个“常败将军”的标签。从1948年到1992年，这位精力旺盛的候选人先后10次参加竞选，毕生为入主白宫而奋斗，却始终未得一胜。“我已经豁出去了，”哈尔西对两人说，“给珍珠港发一份急电。”
哈尔西在发给尼米兹的电报中指出，在第三十八特混舰队轰炸菲律宾中部之后，日军在该地区已没有多少飞机了，“那里已没有什么舰船可供袭击了，敌人这种完全退缩的状态有点不可置信和让人诧异，这个地区现在已经门户洞开”。哈尔西建议：取消中间的一系列战斗，包括进攻塔劳群岛、棉兰老岛、帕劳群岛和雅浦岛的行动，集中兵力在最短时间里向莱特岛发起进攻。第三十八特混舰队可以为登陆行动提供支援，直至岛上陆基机场修建完毕投入使用。
尼米兹不愿取消进攻帕劳的行动。他认为帕劳位置重要，以此为基地西可攻击中国台湾或菲律宾，北可攻击硫黄岛甚至日本本土。帕劳有设施完善的良港，如不加以攻占，日后很可能成为日本海军残余力量逃避打击的避风港。另外，帕劳有数万名装备精良的日军，随时可以渡海增援菲律宾。哈尔西坚持认为，以上问题都可以通过空中打击和舰炮轰击来解决，不必要动用地面部队。尼米兹否决了他的说法，提出为确保对菲律宾群岛和日本本土的进攻稳操胜券，有必要占领乌利西环礁、安加尔岛和贝里琉岛。尼米兹同样认为，攻克上述三岛不需要花费太长时间，不会影响下一步针对菲律宾的军事行动。战争到了这个阶段，连一向矜持的尼米兹都或多或少出现了轻敌情绪。
但是尼米兹一贯讲求民主，他认为哈尔西直接进攻莱特岛的建议有可能使战争缩短好几个月。他将上述情况向华盛顿参谋长联席会议做了汇报，同时建议一俟帕劳之战完成，立即调遣当时正在珍珠港集结准备用于雅浦岛的陆军第二十四军，会合第三舰队进攻莱特岛。
马歇尔将哈尔西的建议以及尼米兹开出的支票一起转给麦克阿瑟，征求他对变更作战计划的意见。此时麦克阿瑟正搭乘“纳什维尔”号轻巡洋舰前往莫罗泰岛途中，必须保持无线电静默。在荷兰迪亚临时看家的参谋长萨瑟兰中将知道，他的上司一定会欢迎早日解放菲律宾，便以麦克阿瑟的名义迅速复电魁北克：虽然莱特岛上日军不多的信息是错误的，但是加上尼米兹提供的额外兵力，完全可以取消中间一系列作战直接进攻莱特岛。
萨瑟兰的回复抵达魁北克时，美国一众大腕儿正在参加加拿大官方举办的招待晚宴。参谋们读了电文后感到事情紧急，参谋长联席会议四大巨头莱希、马歇尔、金和阿诺德第一时间被从宴会厅叫了出来，到旁边一个小房间里紧急商议对策。“既然麦克阿瑟、尼米兹和哈尔西都信心满满，这并不是一件难下决心的事。”马歇尔说。魁北克接到电报90分钟后，麦克阿瑟和尼米兹同时收到了“10月20日开始莱特岛战役，取消此前已获批准的三场登陆作战”的指示。美国人的决策效率实在是高！
可惜这封可以挽救很多人生命的电报晚到了48小时，“僵持行动”已箭在弦上，不得不发。美军针对帕劳群岛的航空攻击已经发起，舰队正在向安加尔岛和贝里琉岛预定登陆滩头实施炮击。9月4日从鲁塞尔群岛出发的陆战一师经过3400公里长途跋涉已航行至目标附近。
一向颇具争议的贝里琉之战就这样戏剧性地走上了历史前台。