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阿姆拉特时期，或称涅伽达文化Ⅰ期，各遗址都展示出相当一致的特征。这些遗址与巴达里遗址非常相似，可能表明这两种文化密切相关。同时，墓地再次提供了珍贵的信息。社会等级制度似乎进一步发展，这一点在该阶段表现得十分明显。墓葬最丰富的墓穴集中在特定的墓地中，陶器纹饰（人面、狩猎场景、沙漠中或河边的生活场景）见证了当时存在一种已经成形并蓬勃发展的意识形态。这表明，当时权力体系已经建成，血统对于群体内部关系和对外关系而言都至关重要。
在尼罗河谷，文明的发展一直持续至涅伽达文化Ⅰ期之后，即大约公元前3500年的涅伽达文化Ⅱ期，或称为格尔塞时期。在这一时期，上埃及文化逐渐北下，逐步成为象岛至三角洲整个河谷地区的文化。
新石器时代和早王朝时期的埃及文化
在阿姆拉特（涅伽达文化Ⅰ期）和格尔塞（涅伽达文化Ⅱ期）墓穴中出土的陶罐数量甚多，种类丰富，为我们提供了关于最初的定居社会的丰富细节。
上埃及地区涅伽达文化I期和II期的陶器残片，对于考古学家而言是非常珍贵的信息来源。残片上的纹饰展现了五千多年前尼罗河谷居民日常生活的众多场景，这些场景很明显地显示出当时的社会已经完全定居化，人们经营农业、畜牧业并利用河流和沿海资源。例如，下图是一艘具有桅杆和船帆的大船，船上是一群有条不紊驾驶大船航行的桨手。毫无疑问，这些图像明显显示出当时的等级制社会结构复杂，权力体系业已完备，是早王朝时期之王国雏形的基础。
这意味着埃及在几个世纪后政治获得统一之前，文化已经完成了统一。在这段转变期，河流附近的热带稀树草原逐渐干旱，人口定居生活逐渐成为常态。这种作为粮食主要来源（狩猎和采集）的半干旱撒哈拉沙漠环境的消失，无疑是该地区人口在格尔塞时期转而投向从事农业和畜牧业的因素。尽管在沙漠及其道路上人们仍然熙来攘往，但在这一阶段游牧民族已经难觅影踪。
南部地区定居进程最为明显，在这一地区出现了相对较大的城市中心。例如，希拉康波里就是一个重要的中心，这要归功于被考古学家认定是仪式中心的一个重要建筑。这个建筑标被称为HK29A，主要由一个侧面由一些要素环绕的椭圆形的大庭院和一个中央支柱组成。在此建筑群的一部分中发现了动物遗骸（山羊羔和绵羊羔，野生动物和大鱼），表明了这里曾举行过仪式。格尔塞世界观逐渐形成，在其基础上形成了未来的法老观。
巴达里小塑像
这种极具性特征的女性形象，在男女墓穴中都有发现。象牙，现藏于伦敦大英博物馆。
有限的空间中生活着大量的人，这表明社会正在变得更加复杂，正在寻找一种能够使其运作的结构。涅伽达时期也是埃及人看待世界的方式发生变化的时期，而这解释了坟墓在此期间发生的明显变化。实际上，除了已经观察到的上一时期的传统外，还出现了新的习俗，特别是在墓地分配方面，最富有的人被集中在每个墓地的特定位置。在多数情况下，墓穴仍然是椭圆形的，但也发现了一些矩形的墓穴，有的覆有泥土，并被类似栅栏的元素包围。最早的棺材出现了，由于仪式品不断增加，随葬品被放置在墓内。在延续旧有习俗的基础上，还出现了一些不同寻常的丧葬习俗：有的尸骨缺少头骨，有的墓内有多个头骨，尤其有的尸骨遗骸清楚地表明死者生前被斩首或被剥皮，令人想到了人牲。
随葬品中的某些元素不难解释，可以想象墓中在烧造前已经变形的陶器暗示了死者生前身体畸形，而其他墓中的祭品则表明死者的职务或身份。
格尔塞时期的另一个重要方面是，上埃及与巴勒斯坦（该地区进口的陶器印证了这一点）、美索不达米亚（圆柱印章），或苏美尔和埃兰（产自阿富汗的青金石贸易的中间人）的外部联系。对这一时期墓地的研究表明，新崛起的精英阶层曾尝试限制奢侈品流通，无疑这对社会上已经存在的等级制度倾向起到了推波助澜的作用。到该时期末期，埃及成为由诸多听命于人的强大团体构成的社会。尼罗河沿岸的“政治”团体发展水平各异。但不可否认的是，在南部地区，其中三个地点的政治团体（希拉康波里、涅伽达和阿拜多斯）尤为重要，它们均已具备复杂的社会结构和成熟的群体，可被称为“原型王国”。